RPUSD1基因在骨肉瘤中的表達(dá)及其預(yù)后價(jià)值分析△

李純璞，張立清，侯存強(qiáng)，李紅巖b，于 鑫，張開剛，郭冬梅c*

（1.泰安市中心醫(yī)院a：骨科；b：麻醉科；c：血液內(nèi)科；2.泰安市榮軍醫(yī)院；3解放軍第960醫(yī)院泰安院區(qū)；4.泰安市中醫(yī)醫(yī)院，泰安 271000）

骨肉瘤起源于間充質(zhì)組織，是兒童和青少年中最常見(jiàn)的原發(fā)性惡性骨腫瘤［1,2］。骨肉瘤惡性度高，早期即可發(fā)生肺轉(zhuǎn)移，危害性大。當(dāng)前骨肉瘤的主要治療方法包括手術(shù)、化學(xué)療法和放射治療［3］。隨著治療的不斷改進(jìn)，骨肉瘤患者5年生存率達(dá)到60%～70%，但對(duì)于復(fù)發(fā)、轉(zhuǎn)移和化療耐藥的患者，生存時(shí)間明顯縮短［4］。已有學(xué)者研究發(fā)現(xiàn)許多與骨肉瘤進(jìn)展密切相關(guān)的基因，包括 CDC2［5］，ANRIL［6］，HER2和CD44［7］。然而，骨肉瘤發(fā)生和發(fā)展的分子機(jī)制仍不清楚［8-10］。RPUSD1（RNA pseudouridylate synthase domain containing 1）是一個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因，目前研究顯示其在多種腫瘤中發(fā)揮重要作用［11-13］。然而，RPUSD1在骨肉瘤發(fā)生發(fā)展中的作用及其潛在的分子機(jī)制尚不清楚。本研究通過(guò)Gene Expression Omnibus（GEO）公共數(shù)據(jù)庫(kù)，利用生物信息學(xué)的方法研究骨肉瘤中基因表達(dá)譜芯片數(shù)據(jù)［14］，分析RPUSD1在骨肉瘤中的表達(dá)及對(duì)預(yù)后的影響，并采用基因集富集分析（gene set enrichment analysis,GSEA）和基因集變異分析（gene set variation analysis,GSVA）方法探索RPUSD1 可能參與的腫瘤相關(guān)生物學(xué)通路［15，16］，為明確RPUSD1在骨肉瘤中預(yù)后預(yù)測(cè)價(jià)值及在骨肉瘤發(fā)生發(fā)展中的作用奠定基礎(chǔ)。

1 材料與方法

1.1 芯片數(shù)據(jù)

利用美國(guó)國(guó)立生物技術(shù)信息中心（NCBI）的GEO 芯片數(shù)據(jù)庫(kù) （http：//www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/），以“osteosarcoma，Homo”為關(guān)鍵詞搜索相關(guān)芯片。篩選后，獲取3組轉(zhuǎn)錄組基因芯片數(shù)據(jù)：基于GPL13376芯片分析平臺(tái)（Illumina HumanWG-6 v2.0 expression beadchip）的 GSE28424數(shù)據(jù)集、基于GPL10295芯片分析平臺(tái)（Illumina HumanWG-6 v2.0 expression beadchip）的 GSE42352與 GSE21257數(shù)據(jù)集。GSE28424包括19例骨肉瘤細(xì)胞樣本和4例正常對(duì)照骨樣本。……