豬耳成纖維細胞轉錄組異質性及對核移植胚胎發育的潛在影響

周俊，趙成成，吳霄，石俊松，周榮，吳珍芳，李紫聰

研究報告

豬耳成纖維細胞轉錄組異質性及對核移植胚胎發育的潛在影響

周俊1，趙成成1，吳霄1，石俊松2，周榮2，吳珍芳1，李紫聰1

1. 華南農業大學動物科學院，國家生豬種業工程技術研究中心，廣州 510642 2. 廣東溫氏種豬科技有限公司，新興 527400

同一來源的供體細胞之間存在異質性。許多研究已經表明體細胞核移植(somatic cell nuclear transfer, SCNT)效率與供體細胞有關。然而，鮮有在單細胞水平分析供體細胞異質性對核移植效率的潛在影響。本研究利用單細胞轉錄組測序技術對同一來源且隨機挑選的52個豬耳組織成纖維細胞進行測序分析。結果表明有48個單細胞的基因表達模式相似，4個單細胞(編號為D11_1、D12_1、DW61_2和DW99_2)的基因表達模式與其他單細胞存在較大的差異，并且不存在基因表達模式完全相同的兩個單細胞。以基因表達模式相似的48個單細胞作為對照，進一步分析了單細胞D11_1、D12_1、DW61_2和DW99_2的差異基因表達模式：首先利用R語言篩選4個單細胞的差異表達基因，并對前50差異表達基因進行匯總；然后對差異表達基因進行GO富集分析和KEGG通路分析。富集分析發現差異表達基因的主要分子功能包括能量代謝、蛋白質代謝和細胞對刺激的反應等；主要通路包括KEGG中富集的與細胞周期、細胞代謝、DNA復制相關的通路。根據以上研究結果并結合SCNT研究進展討論了4個單細胞的差異基因表達模式對核移植胚胎發育效率的潛在影響。本研究揭示了豬耳組織成纖維細胞的轉錄組異質性，并提供了分析精英供體細胞的一種有效方法，為提高克隆效率帶來新的思路。……