骨質疏松易感SNP rs4325274通過增強子遠程調控SOX6基因的功能機制研究

妥曉梅，朱東麗,2，陳曉峰，榮譽，郭燕，楊鐵林,2

研究報告

骨質疏松易感SNP rs4325274通過增強子遠程調控基因的功能機制研究

妥曉梅1，朱東麗1,2，陳曉峰1，榮譽1，郭燕1，楊鐵林1,2

1. 西安交通大學生命科學與技術學院，生物醫學信息工程教育部重點實驗室，生物醫學信息與基因組學中心，西安 710049 2. 浙江西安交通大學研究院，杭州 311215

骨質疏松癥是一種典型的多基因復雜疾病，遺傳力高達85%，其發病率已躍居常見疾病的第5位。盡管已經鑒定出大量骨質疏松易感SNP，但大多數SNP位點位于基因組非編碼區，且功能機制未知。本研究旨在通過生物信息學分析和功能實驗探究骨質疏松非編碼功能性易感SNP rs4325274的分子調控機制。首先，通過表觀注釋發現該SNP所在區域處在增強子上，eQTL和Hi-C分析結果發現SNP調控的潛在靶基因是；然后，利用多種數據庫進行Motif預測，并結合GEO數據庫中的ChIP-seq數據分析進行了驗證，結果發現轉錄因子更傾向于結合SNP rs4325274-G堿基；進一步通過雙熒光素酶報告基因實驗驗證了該SNP對基因表達的增強作用；最后，利用shRNA敲低轉錄因子實驗，檢測靶基因的表達變化。以上研究結果初步解析了非編碼區功能性SNPrs4325274作為增強子遠程調控基因表達的分子機制，為復雜疾病非編碼易感SNP的遺傳調控研究提供新思路。

SNP rs4325274；基因；轉錄因子；骨質疏松癥發生機制

骨質疏松癥是一種世界范圍內流行的全身性骨代謝性疾病，以骨量減少和骨組織微結構損壞為特征[1]。由于其高發病率、高死亡率以及高醫療花費[2~4]，骨質疏松癥已成為當前亟需解決的公共健康問題之一。……