碳青霉烯類肺炎克雷伯菌耐藥基因型分析

徐淑曄，郭政新

腸桿菌科細(xì)菌是醫(yī)院感染的常見病原體。碳青霉烯類藥物是治療革蘭陰性桿菌特別是腸桿菌科細(xì)菌感染最強(qiáng)效的β內(nèi)酰胺類抗生素[1]。由于抗生素的不合理的應(yīng)用[2]，耐碳青霉烯類腸桿菌科細(xì)菌隨之出現(xiàn)，尤其以耐碳青霉烯類肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant klebsiella pneumoniae,CRKP)最為嚴(yán)重[3]，由CRKP引起的院內(nèi)感染因其高傳播率、高病死率、高耐藥率引起廣泛關(guān)注[4- 5]。我院近年來CRKP感染的患者逐漸增多，細(xì)菌耐藥形勢較為嚴(yán)峻。為了防止我院CRKP的擴(kuò)散，了解我院流行菌株背景是前提[6]。本文擬通過全基因組測序[7]，以MLST、核心基因組多位點(diǎn)序列分型(core genome multilocus sequence typing,cgMLST)和構(gòu)建最小生成樹(minimum spanning tree,MST)等手段系統(tǒng)的分析了本院院內(nèi)感染流行菌株的特點(diǎn)，為醫(yī)院感染防控提供數(shù)據(jù)支持。

1 資料與方法

1.1 菌株來源 收集蚌埠市第三人民醫(yī)院2018年11月—2019年3月臨床標(biāo)本分離得到的CRKP(對于任一種碳青霉烯類藥物耐藥的肺炎克雷伯即認(rèn)為CRKP)21株，剔除同一患者、同一部位的重復(fù)分離株。

1.2 儀器與試劑 Vitek 2 Compact 全自動細(xì)菌藥敏分析儀(法國生物梅里埃公司)及配套革蘭陰性菌的鑒定卡(Vitek-GN)。MH干粉培養(yǎng)基，恒溫培養(yǎng)搖床(上海一恒科學(xué)儀器有限公司)， Bio-Rad電泳儀 (Bio-Rad公司,美國)，超微量分光光度計(jì)(Biochrom公司、英國)，美國Bio-Rad凝膠成像系統(tǒng)，細(xì)菌基因組DNA提取試劑盒(天根生化科技有限公司)，DNA Marker D，4S Red plus 核酸染色劑，上樣緩沖液均購自生工生物工程(上海)股份有限公司。

1.3 菌株鑒定及藥敏實(shí)驗(yàn) 所有菌株使用法國生物梅里埃Vitek 2 Compact 全自動細(xì)菌藥敏分析儀及配套革蘭陰性菌的鑒定卡(AST-GN13)進(jìn)行細(xì)菌鑒定和藥敏實(shí)驗(yàn)，結(jié)果判定根據(jù)美國臨床實(shí)驗(yàn)室標(biāo)準(zhǔn)化協(xié)會 (CLSI) 2017年推薦的標(biāo)準(zhǔn)執(zhí)行。……