通過生物信息學(xué)篩選與結(jié)直腸癌轉(zhuǎn)移相關(guān)的基因及在結(jié)直腸癌轉(zhuǎn)移研究中的應(yīng)用

吳 驍，高振遠(yuǎn)，蘇 方，張?zhí)鹛穑蹩”?/p>

(蚌埠醫(yī)學(xué)院第一附屬醫(yī)院腫瘤科，安徽 蚌埠 233000)

結(jié)直腸癌在我國的發(fā)病率僅次于肝癌和肺癌，并且超過50%的結(jié)直腸癌患者會(huì)出現(xiàn)復(fù)發(fā)和轉(zhuǎn)移[1-2]。在臨床上，治療轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸癌存在一定的困難，以往采用氟尿嘧啶及其衍生物為基礎(chǔ)的化療藥物對(duì)結(jié)直腸癌進(jìn)行治療。近些年來，隨著腫瘤分子靶向治療的不斷發(fā)展，越來越多的腫瘤患者從靶向藥物中獲益。靶向藥物的不良反應(yīng)發(fā)生率低，在控制腫瘤方面有廣闊前景。靶向藥物的使用能夠延長(zhǎng)結(jié)直腸癌患者的生存期，提高患者的生活質(zhì)量[3-4]。因此，發(fā)現(xiàn)與結(jié)直腸癌轉(zhuǎn)移相關(guān)的基因，為今后尋找轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸治療的新靶點(diǎn)提供理論依據(jù)。GEO數(shù)據(jù)庫是美國生物技術(shù)信息中心(NCBI)的基因表達(dá)綜合庫，是全球最大的基因芯片數(shù)據(jù)庫之一[5-6]。其中存儲(chǔ)了科研機(jī)構(gòu)提交的芯片數(shù)據(jù)，二代測(cè)序數(shù)據(jù)和高通量功能基因組等數(shù)據(jù)。隨著分子生物學(xué)的不斷發(fā)展，積累了大量的蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)(Protein-protein interaction network，PPIN)數(shù)據(jù)，且這些數(shù)據(jù)構(gòu)建出了腫瘤等疾病的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)[7-8]。本研究旨在通過GEO數(shù)據(jù)庫及PPI互作網(wǎng)絡(luò)篩選與結(jié)直腸轉(zhuǎn)移相關(guān)的核心基因，并評(píng)估其作為生物標(biāo)志物的預(yù)測(cè)價(jià)值。

1 資料與方法

1.1資料來源從GEO數(shù)據(jù)庫(http://www.ncbi.nlm. nih.gov/geo)下載GSE68468和 GSE81558數(shù)據(jù)集。兩個(gè)數(shù)據(jù)集均符合以下兩個(gè)條件：(1)均為全基因組RNA表達(dá)譜數(shù)據(jù)。(2)實(shí)驗(yàn)使用人類結(jié)直腸癌患者轉(zhuǎn)移灶組織與原發(fā)灶組織。

1.2方法通過GEO2R(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/)分別對(duì)GSE68468和 GSE81558數(shù)據(jù)集進(jìn)行分析，DEGs篩選的條件為P<0.05，|logFC|>1。……