基于生物信息學(xué)分析P-Rex1在胃癌組織中的表達(dá)及臨床意義①

張 剛 杜 娟 劉 敏 余 瓊 夏伶俐 (江漢大學(xué)附屬醫(yī)院武漢市第六醫(yī)院消化內(nèi)科，武漢 430015)

胃癌是最常見的消化道腫瘤之一，其具有惡性程度高、轉(zhuǎn)移性高等特點，近年來，胃癌發(fā)病率持續(xù)升高，與食品安全、毒物暴露和不良生活習(xí)慣等存在密切的聯(lián)系[1]。目前胃癌的治療手段相對較少，同時由于胃癌的早期診斷不完善，因此胃癌患者大多發(fā)現(xiàn)于中晚期，因此治療效果不理想，5年生存期相對較低，患者生活品質(zhì)顯著下降[2,3]。因此探索新的與胃癌發(fā)生發(fā)展密切相關(guān)的基因，對于開發(fā)新的胃癌靶向藥物具有非常大的意義。

3,4,5-三磷酸肌醇依賴的Rac交換因子1(phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchanger 1,P-Rex1)最初在中性粒細(xì)胞中被發(fā)現(xiàn)并分離純化出來，可以調(diào)節(jié)Rac的活性，在細(xì)胞增殖、骨架結(jié)構(gòu)、細(xì)胞間交互作用中發(fā)揮重要的功能[4]。Dillon等[5]發(fā)現(xiàn)P-Rex1能夠通過激活A(yù)KT/ERK信號通路促進(jìn)乳腺癌的發(fā)展。P-Rex1被報道能夠通過影響成黑色素纖維細(xì)胞的遷移參與黑色素瘤的轉(zhuǎn)移過程[6]。也有一些研究表明P-Rex1能夠通過活化Rac1促進(jìn)前列腺癌的疾病進(jìn)程[7]。然而在胃癌中關(guān)于P-Rex1的功能未見相關(guān)的報道。本研究從胃癌腫瘤標(biāo)本出發(fā)，分析P-Rex1在胃癌中的表達(dá)，結(jié)合臨床病理特征分析P-Rex1與預(yù)后的關(guān)系，并利用生物信息學(xué)的方法分析P-Rex1在胃癌中可能的信號調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò)。

1 資料與方法

1.1Oncomine數(shù)據(jù)庫分析 Oncomine數(shù)據(jù)平臺提供了多種腫瘤基因芯片數(shù)據(jù)(https://www.oncomine.org)，覆蓋了七百多個獨立數(shù)據(jù)庫和高質(zhì)量的專業(yè)數(shù)據(jù)分析方法。數(shù)據(jù)分析時，analysis type 設(shè)置為cancer vs.normal，dataset type選擇TCGA datasets，cancer type選擇gastric cancer，調(diào)取P-Rex1基因的mRNA表達(dá)數(shù)據(jù)。

1.2UALCAN數(shù)據(jù)庫分析 采用UALCAN數(shù)據(jù)庫中TCGA胃癌數(shù)據(jù)，根據(jù)不同的Tumor stage和Tumor grade，分析P-Rex1基因在不同胃癌分期中的表達(dá)變化。……