陸川豬IGFBP5基因克隆及其差異表達分析

焦迪 潘鵬丞 謝 婉 張其偉 曾令湖 孫甜甜 陳寶劍 關志惠 謝炳坤

摘要：【目的】克隆陸川豬胰島素生長因子結合蛋白5（IGFBP5）基因，并明確其在不同豬種中的表達情況，為今后揭示IGFBP5基因在陸川豬肌肉發育中的作用機理提供理論依據?！痉椒ā客ㄟ^TRIzol法提取陸川豬背最長肌總RNA，反轉錄合成cDNA后進行PCR擴增，將正確的測序結果采用在線生物信息軟件進行生物信息學分析，并以實時熒光定量PCR檢測分析IGFBP5基因在陸川豬和杜洛克豬背最長肌中的表達差異?！窘Y果】陸川豬IGFBP5基因編碼區（CDS）序列全長816 bp，編碼271個氨基酸，與NCBI上已公布的野豬IGFBP5基因（NM_214099.1）CDS序列相比，存在3處堿基差異，其核苷酸同源性為99.6%。陸川豬IGFBP5氨基酸序列與NCBI上已公布的野豬（NM_214099.1）、牛（NM_001105327.2）、水牛（NM_001290940.1）、馬（NM_001308603.2）、人類（NM_000599.3）、獼猴（NM_001284032.1）、小鼠（NM_010518.2）和大鼠（NM_012817.1）IGFBP5氨基酸序列同源性分別為98.9%、98.2%、98.9%、97.4%、96.7%、97.4%、95.2%和95.2%;基于IGFBP5氨基酸序列同源性構建的系統發育進化樹也顯示，陸川豬與野豬的遺傳距離最近。陸川豬IGFBP5蛋白二級結構由α-螺旋、延伸鏈、β-轉角和無規則卷曲組成，其中無規則卷曲占比最高，為65.68%;陸川豬IGFBP5蛋白不存在跨膜結構，在第1～20位氨基酸殘基存在1個信號肽序列;蛋白修飾結構預測結果表明，陸川豬IGFBP5蛋白存在2個O糖基化位點、2個N糖基化位點和多個潛在磷酸化位點，包含IB保守結構域和Thyroglobulin-1保守結構域。IGFBP5基因在杜洛克豬背最長肌中的相對表達量極顯著高于其在陸川豬背最長肌中的相對表達量（P<0.01）?！窘Y論】IGFBP5基因保守性較強，其在不同豬種間的差異表達可能是導致豬肉瘦肉率差異的主要原因，可作為陸川豬胴體重和瘦肉率等生長性狀的遺傳標記予以開發利用?！?br>