南寧市肉牛的Y染色體遺傳多樣性分析

宣澤義,曹艷紅,吳柱月,黃明光,陳少梅,王凱悅，陳 宏， 雷初朝*

(1.廣西壯族自治區畜牧研究所，廣西 南寧 530001; 2.西北農林科技大學動物科技學院，陜西 楊凌 712100)

動物Y染色體單倍型保持完整，不容易受重組和回復突變的影響，突變率較低，是進化事件的忠實記錄者[1]。Y染色體單倍型分析可以揭示牛父系起源進化的信息，G?therstr?m等[2]利用Y染色體單核苷酸多態性(Y-SNPs)定義了家牛3個Y染色體單倍型組(普通牛Y1和Y2以及瘤牛Y3單倍型組)。Bonfiglio等[3]在牛USP9Y基因的第26內含子處鑒定了1個新的分子標記，81 bp的插入能將Y1單倍型組與Y2和Y3單倍型組區分開，而4個Y3特異性序列變異能把Y3單倍型組和Y2單倍型組區分開。

我國黃牛品種資源十分豐富，根據2011年修訂的《中國畜禽遺傳資源志：牛志》記載，目前有53個地方黃牛品種、8個培育品種和11個國外引入品種[4]。本研究采集的公牛樣本采自廣西壯族自治區首府南寧市的一個大型肉牛屠宰場，按照區域地理分布將其統稱為“南寧牛”。為了探究廣西南寧市肉牛屠宰場屠宰的黃牛Y染色體單倍型組組成和父系起源，本研究對所采集的南寧肉牛樣本進行Y染色體USP9Y基因多態性分析，以調查南寧屠宰市場上黃牛的父系遺傳背景，為了解南寧市場上肉牛的來源與遺傳組成奠定基礎。

1 材料與方法

1.1 樣本采集與基因組DNA提取

在廣西南寧市一屠宰場中采集73頭公牛的耳組織樣帶回實驗室，采用苯酚—氯仿法提取全基因組DNA，放在-20 ℃保存備用。

1.2 引物合成與PCR擴增

參照Bonfiglio等[3]發表的牛Y染色體USP9Y基因序列合成引物，上游引物為：F-5′-AAACCCTTCAAGGTAATAAAACAAAA-3′，下游引物為R：5′-CACAGCTCCTCAAAACCAGA-3′。……