分子標記技術在海洋生物研究中的方法選擇

王惠君， 孫 妍， 王文泉， 范慶君， 王仕明， 謝詩宏

(1.海南農墾南繁種業有限公司，海南三亞 572000； 2.海南熱帶海洋學院，海南三亞 572022； 3.中國熱帶農業科學院熱帶生物技術研究所，海南海口 571101)

目前，對海洋生物遺傳育種工作[1]的研究剛剛起步，其研究的深度遠落后于陸地生物[2]的研究。雖然近20年來海水養殖業發展較為迅速，但其種類的選擇僅僅停留在少數幾種經濟型海洋生物上[3-4]，養殖方法也處于野生或半野生的狀態，這嚴重制約了海洋生物養殖業的發展。快速有效地挖掘海洋生物資源的潛力，對經濟型海洋生物優勢種的選育工作意義重大，研究內容具體包括合適生長周期的選育種、生長快肉質好的選育種、抗逆性強的選育種、藥用型生物的選育種等。

遺傳和變異作為生物的重要特征，決定著海洋生物的進化。遺傳標記是研究海洋生物遺傳和變異的基本手段和方法。作為能穩定遺傳、表達海洋生物變異性的這類可以被檢測形狀或物質的遺傳標記，前后主要經歷了形態學標記、細胞學標記、生化標記、DNA分子標記等4個發展階段。作為理想的標記有如下特性：標記遍布整個基因組并在整個基因組中的分布要均勻，多態性較高，共顯性遺傳，受外界環境影響較小，檢測簡單、快速、重復性好、成本低廉等。在具體的試驗過程中現有遺傳標記技術要想達到理想狀態仍須改進。DNA分子標記技術與形態學標記、細胞學標記、生化標記相比具有多態性較高、標記數量多、不受發育階段和環境條件的影響等優點，被廣泛應用在DNA指紋圖譜的構建、生物遺傳多樣性分析、親緣關系鑒定、生物進化、基因定位、基因克隆、基因組遺傳圖譜的構建、標記輔助選擇等方面。筆者依據對海洋生物基因組信息量掌握的多少，分別主要介紹分子標記的原理、優缺點及應用范圍，以期為海洋生物遺傳育種的相關研究工作提供有價值的參考。

1 海洋生物基因組信息未知的情況下對分子標記技術方法的選擇

在海洋生物基因組未知的情況下，應用標記技術對基因組進行探索，從難易程度和效率上綜合考慮選擇如下：擴增子長度多態性(amplicon length polymorphism，簡稱ALP)、內部簡單重復序列(inter simple sequence repeats，簡稱ISSR)、相關序列擴增多態性(sequence-related amplified polymorphism，簡稱SRAP)、擴增片段長度多態性(amplified fragment length polymorphism，簡稱AFLP)、多樣性芯片技術( diversity arrays technology，簡稱DArT)。

1.1 擴增子長度多態性

ALP是以隨機引物PCR技術擴增為基礎的一類標記合稱，它主要包括的分子標記有DNA擴增指紋印記(DNA amplified figerpriting，簡稱DAF)、隨機引物PCR擴增(arbitrarily primed polymerase chain reaction，簡稱AP-PCR)、隨機擴增多態性DNA標記(random amplified polymorphic DNA，簡稱RAPD)。其中，AP-PCR技術[5]和RAPD技術[6]是由Welsh等于1990年提出的，DAF是一種改進的RAPD分析技術。三者都是利用PCR技術為基礎來檢測DNA多態性的方法。基本原理：DAF使用的是高濃度短引物(5～8 bp)、RAPD使用隨機短引物(8～10 bp)、AP-PCR使用的引物長度范圍為 10～50 bp，通過PCR擴增反應得到非定點擴增DNA片段，只要基因組在擴增區域內DNA片段上發生堿基突變、缺失或插入就有可能導致該區域結合位點的分布發生改變，擴增出的DNA片段大小和數量隨即會發生變化。利用凝膠電泳分析該DNA片段，然后用銀染法進行顯色讀帶，將使擴增產物呈現不同或相同的多態性DNA片段。該技術的優點是技術簡單且成本低、DNA用量少、對基因組檢測速度快、具有通用性。該技術的缺點是不能鑒別純合子和雜合子、穩定性和重復性較差。其中，DAF技術使用高濃度的短引物進行PCR擴增，擴增出的DNA片段在凝膠上分離后通過銀染染色形成的譜帶過于復雜。由于ALP技術簡單、容易操作、可高效探索未知基因組多態性檢測等特性，使該技術得到廣泛應用。在海洋生物研究中，RAPD技術可以應用在種質鑒定、遺傳多樣性分析、功能基因的探索等領域[7-8]，RAPD技術與構建DNA混合近等基因池分離分析方法(bulked segregant analysis，簡稱BSA)相結合更有利于基因定位、遺傳圖譜的飽和分析等研究。AP-PCR和DAF技術則分別用于基因組指紋分析、遺傳圖譜的構建。ALP技術主要應用在大黃魚、馬氏珠母貝、翡翠貽貝、櫛孔扇貝、青蛤、文蛤、泥蚶等海洋生物物種上。

1.2 內部簡單重復序列

內部簡單重復序列又稱為錨定簡單重復序列(anchored simple sequence reapeats，簡稱ASSR)，該標記是依據真核生物中SSR的分布較為普遍，且進化速度較快的特性，檢測出基因組中較多的多態性位點。ISSR標記利用常出現的SSR本身作為錨定引物(在SSR序列的3′端或5′端加入2～4個隨機堿基)，再配1個隨機引物進行組合之后進行擴增，因具有無須克隆和測序的特性。該技術的優點為DNA用量較少、成本低、技術門檻不高、穩定性和重復性較好，多態性表現為中等。該技術的缺點為有些物種的ISSR標記可能較少，不能推廣到所有物種。該技術可以應用在對海洋生物的生物遺傳多樣性分析[9-12]等研究中。

1.3 序列相關擴增多態性

SRAP又稱為基于序列擴增多態性(sequence based amplified polymorphism，簡稱SBAP)，由美國加州大學Li等提出，其原理是依據基因外顯子中鳥嘌呤(G)、胞嘧啶(C)含量豐富而內含子、啟動子中腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)含量豐富的特點設計2套不同的引物進行擴增[13]。在基因組中主要檢測對象為開放讀碼框(open reading frame，簡稱ORF)區域。該技術的優點為成本低、技術簡單、試驗穩定、多態性中等。該技術的缺點為該標記的設計在對著絲粒和端粒附近基因組區域屬于盲區，且并非對所有生物具有通用性，仍須針對不同的生物進行開發。該技術已經應用在對物種質資源多態性評價[14]、遺傳圖譜的構建以及基因定位等方面。

1.4 擴增片段長度多態性

AFLP又被稱為選擇性限制片段擴增(selective restrictive fragment amplification，簡稱SRFA)，是由荷蘭科學家Zabeau等發現一種分析基因組DNA多態性的方法[15]。它以PCR技術為基礎，結合擴增片段的多態性(restriction fragment length polymorphism，簡稱RFLP)和RAPD 2種技術的優點。首先用1對限制性內切酶把基因組DNA進行雙酶切，接著對酶切片段的兩端用連接酶增加上帶有特定堿基序列的“接頭”，然后用選擇性引物對酶切片段進行PCR特異擴增，通過聚丙烯酰胺測序膠進行電泳，將特異的DNA擴增產物片段分離開，然后用熒光法、放射性法、銀染法等進行檢測，最后用生物分析軟件對DNA譜帶進行分析。該技術發展較快，同時有些學者在研究過程中根據試驗的內容進行了改進。在原有雙酶切法基礎上增加了單限制性內切酶選擇擴增片段技術和三限制性內切酶選擇擴增性擴增片段技術，借助以上2種方法對AFLP技術進行了完善。該技術的優點集RFLP和RAPD技術的優點于一身，具有高通用性、高多態性、高穩定性、高分辨率、高效性等特點。該技術的缺點為所需樣品DNA質量高、試驗成本較高、步驟復雜且操作要求嚴格等。AFLP技術應用到海洋生物的種類包括鮸魚、金鯛、大黃魚、石斑魚、斑馬魚、舌齒鱸、紫菜、翅藻等，該技術被廣泛應用在生物遺傳多樣性分析基因的表達與調控研究[16-19]、遺傳連鎖圖譜的構建和種質鑒定等研究領域。

1.5 多樣性芯片技術

2001年，Jaccoud等在酶切連接技術、芯片雜交技術等基礎上研發了一項辨別不同基因組之間多態性的方法，即多樣性芯片技術[20]。該方法對不同樣本的基因組DNA等量混合并進行限制性內切酶消化后，及時將酶切片段與接頭連接，隨后用與接頭對應的特異性引物對該基因組進行PCR擴增，得到該基因組的代表性片段。將該片段用不同的熒光進行標記后作為探針再與芯片進行雜交。利用掃描儀檢測雜交信號的有無或強弱來確定待檢測樣本的遺傳差別，這些差別的標記就是DArT標記。該技術的優點為試驗重復性好、信息穩定可靠、高通量信息可實現自動化分析、可用于沒有序列信息的任何海洋類物種、新的標記發現和標記評價都是在同一芯片上同時進行的、不易受發育階段時空表達的影響。該技術的缺點為試驗成本較高、不適合普通實驗室、標記為顯性、不能區分純/雜合型。該技術可以應用于遺傳分類及進化的分析[21]、遺傳多樣性分析、遺傳連鎖圖譜的構建、輔助育種[22]等研究領域。

2 掌握較少海洋生物基因組信息情況下分子標記技術方法的選擇

在已知較少海洋生物基因組信息的情況下，用標記技術方法對基因組進行探索，從難易程度和效率上綜合考慮選擇排序如下：(1)以重復序列為基礎的分子標記技術，包含簡單序列重復(simple sequence repeat，簡稱SSR)、數目串聯重復多態性(variable number of tandem repeat，簡稱VNTR)、單引物擴增反應(single primer amplification reaction，簡稱SPAR)、小衛星區域DNA直接擴增(directed amplification of minisatellite region，簡稱DAMD)等；(2)序列特征化擴增區域(sequence characterized amplified region，簡稱SCAR)；(3)靶位區域擴增多態性(target region amplified polymorphism，簡稱TRAP)；(4)以mRNA為基礎的分子標記技術，包含表達序列標簽(expressed seque tags，簡稱ESTs)、逆轉錄PCR(reverse transcription PCR，簡稱RT-PCR)、差異顯示逆轉錄PCR(different display reverse transcript PCR，簡稱DDRT-PCR)、特征性差異分析(representive difference analysis，簡稱RAD)；(5)序列標簽位點(sequence tagged site，簡稱STS)；(6)線粒體DNA(mitochondrial DNA，簡稱mtDNA)標記；(7)擴增的片段多態性(restriction fragment length polymorphism，簡稱RFLP)；(8)染色體原位雜交(chromosome in situ hybridization，簡稱CISH)。

2.1 以重復序列為基礎的分子標記技術

該系列的分子標記技術包括SSR、VNTR、SPAR、DAMD等。其主要依據為在真核生物普遍存在的遍布整個基因組的排列為2～5 bp或10～1 000 bp不等的重復序列，稱之為衛星。2～5 bp較短串聯重復序列稱之為微衛星，其中(CA)n重復序列較為普遍。SSR[又稱微衛星DNA(microsatellite DNA)]和VNTR[又稱小衛星DNA(mini satellite DNA)]的引物是依據重復序列兩翼特異保守序列進行設計的，擴增出片段的多態性即為衛星的多態性。SPAR技術又稱為微衛星引物聚合酶鏈式反應(microsatellite-primed PCR，簡稱MP-PCR)，與RAPD相類似，常用1個引物，在SPAR分子標記技術中不同的是所用引物不是隨機的而是在SSR標記基礎上開發設計的，擴增出的片段是SSR之間的DNA序列。DAMD標記技術直接以小衛星的核心序列為引物對基因組進行多態性擴增。該類標記的優點為試驗技術成熟且易操作、檢測穩定且快速、信息量較大、分辨率較高、多態性中、為顯性標記。但也存在缺點，前期研發的成本高，每個物種須要針對性開發引物因而不具有通用性。在科學研究中通常以SSR標記作為首選。該類標記已成為種群研究和生物進化領域首選的分子標記之一，廣泛應用于種群生物遺傳多樣性分析[23]、遺傳連鎖圖譜構建、生物雜交育種分析和系統發生等領域。

2.2 序列特征化擴增區域

SCAR技術是在綜合了RAPD和SSR優點的基礎上發展起來的。為了提高RAPD標記的穩定性，對基因組DNA分析之后再對目標RAPD片段進行克隆分析，在該片段末端采取類似SSR引物兩翼序列進行測序，設計特定引物，最后再對基因組DNA進行PCR特異性擴增，這樣使得該片段與原RAPD片段相比穩定性和專一性更強。該標記的優點為穩定性好、為共顯性遺傳；該標的記缺點是操作相對復雜、須要測序、成本比ISSR和SRAP標記略高。該標記可應用于基因定位和作圖[24]等研究領域。

2.3 以mRNA為基礎的分子標記

該系列的分子標記技術主要包括EST、RT-PCR、DDRT-PCR、cDNA-AFLP、cDNA-RFLP等。該類分子標記都是在構建cDNA文庫基礎上進行研究的，其中表達序列標簽(expressed seque tags，簡稱EST)是從cDNA文庫中隨機挑選克隆，然后對該序列進行測序從而獲得長度為300～500 bp的短cDNA序列，以此為基礎開發出來的引物標記技術稱之為EST標記，EST標記分別與SSR、AFLP、RFLP、核苷酸多態性(single nucleotide polymorphism，簡稱SNP)等相結合開發出EST-SSR[25-26]、EST-AFLP、EST-RFLP、EST-SNP[27]等標記方法。RT-PCR、DDRT-PCR、cDNA-AFLP、cDNA-RFLP等標記主要是研究mRNA基因差異表達的多態性分析。該類技術的優點為除了cDNA-AFLP和cDNA-RFLP 2類技術外其他技術都相對簡單、操作方便，該類技術廣泛應用于基因組學研究的各個領域。該技術的缺點為EST測序方法存在誤差、匹配的應用軟件存在局限性、揭示的基因信息不全、cDNA文庫的質量要求異常嚴格、檢測到低豐度表達的基因較為困難、中豐度和高豐度表達的基因EST存在冗余性。

2.4 靶位區域擴增多態性

TRAP技術是由Hu等開發的，其原理是以EST信息庫和生物信息工具信息等數據庫為基礎，用目標候選基因區域的DNA片段分析其該區域的多態性[28]。該技術采用2條約 18 bp 的引物，一條是依據EST數據庫設計的固定引物，另一條是針對外顯子和內含子的特點設計的隨機引物。該技術通過對靶位區域進行PCR特異性擴增，圍繞目標候選基因序列產生多態性標記。該標記的優點為高通量、高效率、易操作。該標記的缺點為必須以EST和生物信息大數據庫為基礎，不能遍布整個基因組，只能針對特定的基因區域發現多態性。

2.5 序列標簽位點

序列標簽位點是通過一段特定引物序列所界定的一類能夠在生物基因組中作為“路標”使用的DNA標記的統稱。該標記必須滿足2個條件：序列已知、位置明確。該標記的優點是可用于界定基因組的特異位點；該標記的缺點是可利用的數量太少。該標記作為遺傳圖譜與物理圖譜整合的共同位標，隨著模式生物全基因組的測序開發，會發現更多的STS標記。除此以外還有基因組概覽序列標記(genome survey sequences，簡稱GSS)，主要來源于基因組序列。STS和GSS標記是以mRNA為基礎的一類分子標記的重要補充。

2.6 線粒體DNA標記

線粒體DNA在細胞基因組中具有相對獨立性。基因組DNA可以通過母性遺傳，它不僅結構簡單而且具有較高的專一性。大量生物的線粒體全基因組已被測序，發現其堿基序列和組成較為保守，利用其保守的特性開發出通用性較強的PCR反應引物作為線粒體DNA標記。該標記的優點為簡單快速；該標記的缺點為作為一種核外遺傳物質的mtDNA反映出的遺傳信息較為片面。近年來，mtDNA技術主要應用于進化遺傳學領域，該技術已成為研究真核生物發育生物學、分子遺傳學、分子系統進化[29]的一類重要模式體系。用該技術可檢測自然界的雜交漸滲現象，如海洋生物中的北美太陽魚等，還可用于追蹤特異物種的生活史，如追蹤大西洋鮭等。

2.7 擴增的片段多態性

RFLP技術是用限制性內切酶對基因組DNA進行酶切，根據其所產生的DNA分子片段的大小反映基因組DNA由于堿基的替換、缺失、重復、插入等導致限制性酶切位點改變的現象。該技術需要探針DNA標記技術和Southern雜交技術。該技術的優點為具有廣泛適用性、全基因組檢測、等位基因為共顯性；該技術的缺點為要求DNA的質量較高、多態性偏低、試驗操作繁瑣且因涉及放射性同位素的使用而不便、技術難度大且周期長、成本偏高。目前該技術已被應用于基因突變分析、基因定位及診斷、親緣關系鑒定[30]、物種進化及分類關系研究等方面，尤其在組建高密度遺傳圖譜[31]方面具有重要的實用價值。

2.8 染色體原位雜交

CISH是在Southern雜交的基礎上利用特異性核苷酸片段為探針與細胞基因組染色體DNA片段進行雜交后直接在染色體上顯示特異DNA的方法。染色體原位雜交的優點為精準、直觀；缺點為涉及到同位素標記或熒光標記等技術，試驗非常復雜。該技術主要應用于物理圖譜的構建。

3 掌握海洋生物基因組較多背景信息的情況下分子標記技術方法的選擇

在掌握海洋生物基因組較多背景信息的情況下，對分子標記技術方法存在2類選擇：一類是對海洋生物具體某等位基因多態性分析時所選的分子標記技術；另一類是對海洋生物基因組信息的多態性進行高通量分析時所選的分子標記技術。

3.1 對海洋生物某個具體等位基因分析時選用的分子標記技術

該類標記技術主要有單鏈構象多態(single- strand conformation poly-morphism，簡稱SSCP)和酶切擴增多態性序列(cleaved amplified polymorphism sequences，簡稱CAPS)技術。2種技術的共同之處都是首先利用特定引物定點PCR擴增基因組DNA中的特異序列片段。不同之處是SSCP把擴增出的特異序列片段進行變形處理，即雙鏈分開形成2條單鏈，然后通過非變性聚丙烯酞胺凝膠電泳對片段進行分離，最后染色并依據譜帶位置變化來判斷特異片段中是否存在突變；而CAPS技術是把擴增出的特異序列片段使用1種限制性內切酶及時進行酶切，然后通過非變性聚丙烯酞胺凝膠電泳對酶切片段進行分離，最后染色并依據譜帶進行RFLP分析。二者共同的優點是操作簡單、結果可靠；其共同的缺點是只能針對基因組的某一特異序列片段進行分析。其中SSCP技術與雜交雙鏈分析(heterocluplex analysis，簡稱Het)法結合可進一步提高檢出率。該技術主要應用于遺傳性疾病以及癌癥突變位點的檢測。而CAPS技術是PCR技術和RFLP技術相結合的一種檢測方法。CAPS技術揭示的是基因組特異性片段的限制性長度變異信息，是共顯性分子標記，可以保持RFLP分析的精確度，可以分析基因組某一特異序列片段的多態性[32]。由于可供選的限制性內切酶較多，因此該方法檢測到多態性的機會也較大。這2項技術是檢驗SNP變異位點最簡便的方法。

3.2 高通量分析海洋生物基因組時選用的分子標記技術

該類標記技術是以mRNA轉錄本為基礎的分子標記技術，其中以基因表達系列分析(serial analysis of gene expression，簡稱SAGE)作為代表；另一類是以開發核苷酸多態性的一類高通量分析技術，包括代表性寡核苷酸芯片分析(representational oligonu-cleotide microarray analysis，簡稱ROMA)、限制性內切酶位點標簽(restriction-site associated DNA，簡稱RAD)。

3.2.1 基因表達系列分析 1995年，美國學者Velculescu等提出了SAGE分子標記技術[33]，該技術主要應用于基因表達模式的分析。其原理是從一個轉錄本內分離得到10～14 bp的短標簽，將多個短標簽連接并集中到一個克隆里面進行測序，以連續的數據形式進行軟件運算處理，借助該模式可以對較多的mRNA轉錄本進行高通量運算分析。該標記的優點為與EST、DDRT-PCR、RAD等技術相比具有更強的靈敏性，較容易檢測到低豐度表達的基因，可以在不須要知道基因組信息的情況下檢測出所有基因的表達情況[34]；該標記的缺點為所得到的低豐度基因表達標簽很難與網絡上現有Genbank等基因庫中的基因序列相互匹配。在該技術的基礎上又發展出了Long SAGE、3′ Long SAGE、5′ Long SAGE等技術，其與SAGE相比提高了基因標簽的特異性，增強了標簽的匹配率。2004年Trinklein等在 SAGE 基礎上又研發出使用配對末端雙標簽進行基因識別特征分析(gene-identification signature analysis using paired-end ditags，簡稱GIS-PET)技術[35]，該技術不僅可獲得完整全長基因的5′ 端和3′端標簽，還可以通過PCR擴增技術得到基因全序列。該技術應用于染色體基因注釋的同時還可以應用于構建基因啟動子圖譜。該技術的優點為可定量、全面地對基因表達模式進行分析、具有較高的標簽特異性、可以擴增新基因全長序列。該技術的缺點為通量上有缺陷，只能適合于對小規模樣品基因差異表達譜的分析，其通量遠比不上其他高通量上分析的分子標記，如微陣列技術等。

3.2.2 核苷酸多態性 1996年美國學者Lander等第1次提出了SNP標記[36]，即第3代的DNA遺傳標記。SNP是指同一特異性位點的不同等位基因之間的差異，其原理是由于單堿基顛倒、轉換、缺失、插入機制導致在DNA序列上單個核苷酸的變異產生的DNA序列多態性。目前SNP標記已被廣泛應用于遺傳性疾病的檢測[37-38]、特定功能基因或片段的分型[39-40]、種群生物學特征、基因作圖以及數量性狀定位[41-42]等研究領域。SNP的廣泛應用是建立在高通量檢測技術基礎之上的。

3.2.2.1 代表性寡核苷酸芯片分析 2003年，Dahl等在代表性差異分析方法(representative differential analysis，簡稱RDA)的基礎上研發出一種芯片分析技術，該技術借助反向雜交技術，將經過熒光標記的待測樣品與固定在玻片上的 10～70 bp寡核苷酸片斷進行雜交，通過激光共聚焦熒光檢測系統檢測雜交信號技術，對樣品序列信息進行分析[43]。該技術主要用于檢測基因拷貝倍數的變化以及基因差異表達分析等方面。

3.2.2.2 限制性內切酶位點標簽 RAD是由Miller等在2007 年開發的一類高通量分子標記，其是將酶切連接技術、PCR技術和短片段海量平行測序技術相偶聯的一種高效率的分子標記技術[44]。該技術選擇不同的限制性內切酶得到不同數量的RAD標記。該技術的優點為作為簡化全基因組的代表在酶切位點附近進行測序可發現較多的SNP標記，快速、高效、成本較高。主要用于遺傳作圖[45-46]和定位突變分析[47-49]等領域。后來由美國康奈爾大學發展為通過測序基因分型(genotyping bysequencing，簡稱GBS)，使其具備了低成本高通量的特征，該技術研究的前提是所研究的物種已經完成基因組測序。該技術的優點是可以同時對大量的樣本進行測序，大大降低了測序成本；缺點是只適合于已有基因組草圖的基因組重測序。2014年中國熱帶農業科學院熱帶生物技術研究所的夏志強等在RAD技術的基礎上研發出了改進重測序技術[50](amplified fragment SNP and methylation，簡稱AFSM)，即首先根據基因組的大小進行設計選擇標簽，通常在50～100個范圍內，待測基因組DNA樣品進行混合并用雙限制性內切酶進行酶切，并將酶切產物及時與選擇標簽接頭連接，然后進行PCR擴增反應來構建混合池；最后進行高通量測序并進行全基因組關聯分析(genome wide association study，簡稱GWAS)。GWAS通常是建立在基因組測序基礎上，需要有足夠覆蓋基因組的分子標記以及能對大量分子標記同時檢測的高通量技術。基因組學的迅速發展為種質評價和分子育種提供了新的契機，GWAS成為發掘優異基因資源和基因組輔助選擇育種的重要工具。

4 結束語

分子標記技術的快速發展對生物遺傳學研究領域的拓展起到了非常重要的作用。分子標記技術被廣泛應用于性狀標記、遺傳多樣性分析、基因定位和克隆、構建遺傳圖譜、親緣關系鑒定、物種進化及分類關系等方面。隨著低成本、高通量以及高精度基因組DNA 測序新技術的發展，分子標記技術將會展現更為廣闊的應用前景。人類對海洋生物領域的研究遠遠落后于常規作物的研究，因此本文重點介紹了分子標記技術的選擇方法，希望能夠對海洋生物種質資源調查研究、海洋生物重要經濟性狀基因的分子標記篩選技術、海洋生物分子輔助育種技術、海水養殖品種的遺傳改良技術及新品種選育研究等方面提供參考。