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國內外HER-2/neu基因擴增型胃癌臨床病理及預后特征分析

2018-11-17 04:25:00黃秀芳原向偉劉瓊茹梁津杰方曉華蔡育波楊文麗陳艷虹陳仙蘭張林碧華
中國醫(yī)藥科學 2018年19期
關鍵詞:胃癌數據庫信息

黃秀芳 原向偉 劉瓊茹 梁津杰 方曉華 蔡育波 楊文麗 黃 輝 陳艷虹 陳仙蘭張 鑫,3 林碧華

1.廣東省江門市中心醫(yī)院病理科,廣東江門 529030;2.廣東省江門市中心醫(yī)院脊柱骨科,廣東江門 529030;3.廣東醫(yī)科大學廣東省醫(yī)學分子診斷重點實驗室,廣東東莞 523808;4.廣東醫(yī)科大學生物化學與分子生物學教研室,廣東東莞 523808

胃癌(gastric carcinoma)是常見的消化道惡性腫瘤,其中胃腺癌最為常見,可占85%以上[1-2]。世界新發(fā)胃癌的患者,一半以上位于我國[3],由于早期癥狀不典型,普查不及時,我國早期胃癌的診斷率不足10%,5年生存率較低[4-5],可見我國胃癌防治的嚴峻,深入研究胃癌的發(fā)生機制,尋找更為有效的診斷標記物及潛在的治療靶點意義重大。曲妥珠單抗(Trastuzumab)在人類表皮生長因子受體2(human epidermal growth factor receptor 2, HER-2)陽性胃癌分子靶向治療過程中的療效已明確,熒光原位雜交(Fluorescence in situ hybridization, FISH)技術是檢測HER-2/neu擴增的金標準,也是重要的胃癌伴隨診斷項目[6]。雖然HER-2/neu擴增可指導患者用藥,但HER-2/neu擴增的胃癌患者中,其臨床病理特征及預后仍有爭論。本文利用癌癥基因組圖譜(the cancer genome atlas,TCGA)的數據和我院胃癌患者數據進行比較,探索HER-2/neu擴增與胃癌臨床病理特征及預后的相關性。

1 資料與方法

1.1 TCGA胃腺癌數據下載

參考文獻[7-8],在R語言軟件平臺(v3.2)上通過TCGAbiolinks程序的GDCquery函數下載癌癥基因組圖譜中胃腺癌的基因組拷貝數信息(由Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 6.0芯片過濾得到)及對應樣品的臨床信息;利用GDCprepare_clinic函數輸出整理各患者的病理臨床信息。數據庫的更新下載日期為2018年5月31日,基礎信息較為完整的有效患者數為441例。

1.2 全基因組拷貝數變異分析

參考文獻[9-11],在GenePattern公共服務器平臺(https://genepattern.broadinstitute.org/),利用 GISTIC 2.0軟件分析各組腫瘤樣品的全基因組拷貝信息,參考基因組為人類19版基因組(human genome 19,hg19),探針標記的物理位點信息(Markers file)和CNV參照信息(CNV file)均整理自SNP Array 6.0的第 35版本信息(http://www.affymetrix.com/);關鍵的運行參數均為默認,并分析HER-2/neu基因(ERBB2)的拷貝數變異情況。

1.3 臨床資料

選擇2008年1月~2014年12月,在我院進行手術切除的胃癌標本404例,術前或活檢前均未接受放、化療及免疫治療,所有標本均經病理學明確診斷為胃腺癌。三組數據集的一般臨床病理信息比較見表1。

1.4 FISH法檢測HER-2/neu基因擴增水平

HER-2/neu基因檢測試劑盒購自廣州達安基因股份有限公司(國械注冊20153402099),操作步驟及判讀標準參考說明書。根據病理醫(yī)師選定的檢測區(qū)域在蠟塊上做標記,按4.0μm石蠟切片,65℃烤片1h;二甲苯室溫脫蠟,逐級酒精水化,超純水浸泡3min,沸水煮片20min;蛋白酶K反應液覆蓋組織,37℃消化5min,過2×SSC緩沖液,逐級酒精脫水;探針雜交液覆蓋組織,加蓋蓋玻片,橡皮膠水封邊,85℃變性5min,37℃避光雜交過夜;孵育結束后,過2×SSC緩沖液,過0.1% NP-40/2×SSC緩沖液,70%乙醇脫水3min,滴加DAPI染液,加蓋蓋玻片,熒光顯微鏡觀察計數,并參考文獻[12]進行判讀。

1.5 統(tǒng)計學方法

計數資料用頻數表示,用Excel 2010及GraphPad Prism 5.0軟件處理數據,各組間頻數數據(2×2頻數表)統(tǒng)計使用χ2檢驗(Chi-squared test)或Fisher’s精確檢驗(Fisher’sexact test),生存分析使用Kaplan-Meier分析、Log-rank檢驗,檢驗水平α=0.05。

2 結果

2.1 一般臨床病理信息比較

比較TCGA數據庫與我院患者一般臨床病理信息,可知兩群患者在年齡(χ2=30.082,P< 0.001)、T分期(χ2=46.662,P<0.001)和N分期(χ2=27.073,P<0.001)的分布中有差異,在性別、病理分級、M分期及臨床分期中的分布無差異。

2.2 HER-2/neu基因擴增情況

TCGA數據庫中,HER-2/neu基因擴增65例,占全部患者的14.7%;我院HER-2基因擴增69例,占全部患者的17.1%,兩組數據分布無統(tǒng)計學差異(χ2=0.865,P=0.352)。

2.3 HER-2/neu基因擴增與胃癌臨床病理學特征間關系

TCGA數據庫和我院樣品中,男性HER-2/neu擴增率高于女性,差異均具顯著性(χ2=5.165,P=0.023及χ2=4.127,P=0.042);低、中病理分級的 HER-2/neu

擴增情況明顯高于高病理級別,差異均具顯著性(χ2=11.314,P<0.001及χ2=7.121,P=0.008)。此外,不同年齡、T分期、N分期、M分期及臨床分期的胃癌HER2陽性率均無統(tǒng)計學差異,見表2。在性別、年齡、病理分期及TNM分期中,HER-2/neu擴增分布在TCGA數據庫與我院樣品間差異無統(tǒng)計學意義。

表1 TCGA及江門市中心醫(yī)院胃癌患者的基本信息

表2 TCGA及江門市中心醫(yī)院胃癌患者的基本信息

2.4 HER-2/neu基因擴增與胃癌患者預后間關系

TCGA數據庫和我院胃癌患者生存曲線的對比,見圖1,其中HER-2/neu擴增患者的中位生存時間是26.4個月和38.8個月,HER-2/neu非擴增患者的中位生存時間是29.4個月和39.1個月,兩群患者的生存預后差異無顯著性(P=0.170和P=0.602)。

圖1 TCGA胃癌患者生存預后情況

3 討論

HER-2/neu的編碼基因(又稱 ERBB2),位于人染色體17q21,編碼185kD的I型跨膜酪氨酸激酶,其基因擴增存在于乳腺癌、胃癌、卵巢癌、子宮內膜癌、結直腸癌和肺癌等惡性腫瘤[13-14]。HER-2/neu在胃癌及胃食管結合部癌的陽性率為4.4%~53.4%,均值為17.9%[15]; TCGA數據庫中,HER-2/neu的陽性率為14.7%,我院樣品HER-2/neu的陽性率為17.1%,兩組數據差異無顯著性,均符合文獻報道[15-16],表明國內外胃癌中HER-2/neu的擴增情況較為一致。

HER-2/neu的擴增和過表達,可通過磷脂酰肌醇 3-激酶(phosphatidylinositol 3-kinase, PI3K)/蛋 白 激 酶 B(protein kinase B, PKB,又 稱 Akt)及絲裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinases, MAPK)途徑影響腫瘤細胞的增殖、凋亡、粘附、分化及浸潤等[17]。乳腺癌中HER-2/neu的擴增明確與差的病理臨床特征相關[13],但在胃癌未見統(tǒng)一的結果。本研究顯示,在TCGA數據庫和我院樣品中,HER-2/neu的擴增與患者的年齡、T、N、M分期及臨床分期均不相關,但男性患者HER-2/neu擴增率高于女性;低病理級別胃癌HER-2/neu擴增率顯著高于高級別的胃癌,表明HER-2/neu擴增與男性及胃癌高分化程度相關,符合文獻報道[18],提示男性、分化較好的胃癌是曲妥珠單抗治療的主要人群。

HER-2/neu擴增是胃癌重要的預后因素,HER-2/neu擴增患者的5年生存率較非擴增低,是胃癌患者預后的獨立檢測指標[19];也有文獻報道[20],HER-2/neu的擴增與患者總生存時間及無復發(fā)生存時間均無關系。我們發(fā)現(xiàn)HER-2/neu的擴增情況不能區(qū)分患者的總生存時間,表明在綜合臨床分期、病理分級和靶向HER-2藥物使用情況下,HER-2/neu的擴增不能作為判斷患者預后的關鍵因素。是否在特定臨床分期、病理分級及治療手段下,HER-2/neu的擴增能作為胃癌患者預后判斷指標,這需要我們進一步的研究。

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