美國《Emerging Infectious Diseases》2017年第10期有關(guān)人獸共患病論文摘譯

P1631 應(yīng)用全基因組測序?qū)Φ準(zhǔn)髠抽T氏菌及其單相變異的暴發(fā)調(diào)查//Pernille Gymoese, Gitte S?rensen, Eva Litrup, 等

在監(jiān)測中全基因組測序正迅速地取代當(dāng)前的分子分型方法。我們在丹麥進(jìn)行了為期7個月的監(jiān)測研究，旨在評估核心基因組單核苷酸多態(tài)性在暴發(fā)預(yù)警中的應(yīng)用和分析鼠傷寒沙門氏菌及其單相變異來源的關(guān)聯(lián)性。我們從分離株的親緣關(guān)系，流行病學(xué)數(shù)據(jù)和食物追蹤調(diào)查等方面對先前8個特征性暴發(fā)流行進(jìn)行了再分析和定義。我們對所有的疫情情況均進(jìn)行了鑒定，使得無關(guān)病例得以排除，相關(guān)的人類病例得以納入。此外，我們還將可能的食物源及動物源與疫情進(jìn)行關(guān)聯(lián)。以ST19，ST34及ST36序列分析結(jié)果為依據(jù)對菌株進(jìn)行聚類。我們的研究表明，核心基因組單核苷酸多態(tài)性分析適用于鼠傷寒沙門菌(ST19及ST36型)監(jiān)測及暴發(fā)調(diào)查，但對嚴(yán)格的基因克隆單相變異需要進(jìn)行全基因組分析(ST34型)(圖1)。

圖1 在丹麥的一次鼠傷寒沙門菌及其單相變異的暴發(fā)疫情中，以ST19基因組為參照進(jìn)行基因組內(nèi)部從頭測序，基于核心基因組SNP分析結(jié)果，構(gòu)建以ST19型為主的最大公約進(jìn)化樹，包含了98個人源和5個食源及動物源相關(guān)的鼠傷寒沙門菌分離株。分支長度與SNP數(shù)量相對應(yīng)。暴發(fā)疫情B及C來源的分離株此前進(jìn)行了MLVA分型定義。虛線圈內(nèi)所含的分離株是經(jīng)SNP分型定義的暴發(fā)分離株。MLVA, 多位點(diǎn)可變數(shù)目串聯(lián)重復(fù)序列分析; SNP, 單核苷酸多態(tài)性; ST, 序列分型

P1640 2011-2013年麥加朝圣期間腸道感染的傳播//Moataz Abd El Ghany, Mona Alsomali, Malak Almasri, 等

一年一度的沙特阿拉伯麥加朝圣，作為獨(dú)特的群體聚集性事件，引起了沙特阿拉伯及全球?qū)ζ涔残l(wèi)生問題的關(guān)注。雖然胃腸炎及腹瀉在朝覲者中普遍存在，但引起感染的微生物病原仍未知。我們收集了40個國家，2011-2013年麥加朝圣期間，以腹瀉病就醫(yī)的544份朝圣者的糞便標(biāo)本，并對其進(jìn)行了與腹瀉感染相關(guān)的16種常見致病菌的篩檢。在228份陽性標(biāo)本中，主要檢出的為細(xì)菌，占82.9%，其次為病毒(6.1%)和寄生蟲(5.3%)。與嚴(yán)重癥狀相關(guān)的主要病原菌是沙門菌，志賀桿菌，腸侵襲性大腸桿菌及腸產(chǎn)毒性大腸桿菌。我們在約40%的沙門菌和大腸桿菌陽性標(biāo)本中發(fā)現(xiàn)與第三代頭孢菌素耐藥相關(guān)的基因。麥加朝圣相關(guān)的食源性感染通過抗生素耐藥菌的出現(xiàn)和傳播，造成了重大公共衛(wèi)生風(fēng)險。

P1650 隱孢子蟲病水源性暴發(fā)的經(jīng)濟(jì)學(xué)評//Aksana Chyzheuskaya, Martin Cormican, Raghavendra Srivinas, 等

2007年，愛爾蘭西部發(fā)生人隱孢子蟲感染的水源性暴發(fā)，產(chǎn)生了242例實(shí)驗(yàn)室確診病例以及數(shù)目不詳?shù)奈创_診病例。發(fā)布的158天燒開水通知，影響了居住在該地區(qū)的120 432人口，商業(yè)，游客和通勤者。這是在愛爾蘭地區(qū)最大規(guī)模的隱孢子蟲暴發(fā)。本研究的目的是評估本次暴發(fā)的成本效益。我們采用社會視角來評估暴發(fā)相關(guān)的成本。經(jīng)濟(jì)成本的估算是基于公共和私人機(jī)構(gòu)所產(chǎn)生的直接和間接費(fèi)用的總額。以2007年的統(tǒng)計數(shù)據(jù)為依據(jù)估算本次暴發(fā)的成本。我們估算本次暴發(fā)的成本超過了1 900萬歐元(約為12萬歐元/天，暴發(fā))。以當(dāng)日美元匯率為基礎(chǔ)，相當(dāng)于2 244萬美元(約為14.2萬美元/天，暴發(fā))。本項(xiàng)研究凸顯了安全飲用水供應(yīng)的經(jīng)濟(jì)需求。

P1657 2005-2013年，抗菌處方與淋病奈瑟菌的易感性，美國//Robert D. Kirkcaldy, Monina G. Bartoces, Olusegun O. Soge, 等

我們調(diào)查了門診抗菌藥物處方是否與美國奈瑟淋球菌的抗菌藥物敏感性相關(guān)。利用2005-2013年美國淋球菌監(jiān)測項(xiàng)目的藥物敏感性數(shù)據(jù)以及昆泰醫(yī)藥公司關(guān)于頭孢菌素，大環(huán)內(nèi)酯類和氟喹諾酮類門診處方的數(shù)據(jù)，我們對每種抗菌素，以每年每千人處方的1年滯后為暴露變量，以最低抑菌濃度幾何均數(shù)為目標(biāo)結(jié)果，構(gòu)建了多元線性混合模型。多變量模型未能證明2005-2013年間抗菌藥物處方與所研究的奈瑟淋球菌抗生素敏感性間存在相關(guān)性。有必要闡明耐藥性發(fā)生的流行病學(xué)因素，并進(jìn)一步調(diào)查抗生素使用的潛在作用。

P1664 印度原發(fā)性免疫缺陷患兒脊髓灰質(zhì)炎病毒的排出//Madhu Chhanda Mohanty, Manisha Rajan Madkaikar, Mukesh Desai, 等

免疫缺陷患者接受口服脊髓灰質(zhì)炎疫苗會出現(xiàn)脊髓灰質(zhì)炎病毒長期排出的現(xiàn)象，這可能導(dǎo)致高度分化的脊髓灰質(zhì)炎疫苗衍生株的擴(kuò)散傳播，為全球脊灰的根除提出了一個問題。本研究旨在評估原發(fā)性免疫缺陷兒童中腸道病毒感染的比例并確定在印度孟買一個三級醫(yī)療機(jī)構(gòu)中長期的脊髓灰質(zhì)炎/非脊髓灰質(zhì)炎腸道病毒排出者。2014年9月至2017年4月間，共有151個病人被診斷為原發(fā)性免疫缺陷病。我們在收集的42個患者105份糞便標(biāo)本的細(xì)胞培養(yǎng)中，分離出8株腸道病毒(3株脊髓灰質(zhì)炎病毒和5株非脊髓灰質(zhì)炎病毒)。僅1例重癥聯(lián)合免疫缺陷的病人被確定為長期的脊髓灰質(zhì)炎疫苗衍生株排出者(感染后2年確證)。我們的研究表明，印度原發(fā)性免疫缺陷患兒腸道病毒排出的風(fēng)險很低，然而，直到口服脊灰疫苗停用前，有必要進(jìn)行系統(tǒng)篩查以識別長期的脊髓灰質(zhì)炎病毒排出情況。

P1686 澳大利亞農(nóng)業(yè)展覽期間暴發(fā)輕癥腸產(chǎn)毒性大腸桿菌O157感染//Bhakti R. Vasant, Russell J. Stafford, Amy V. Jennison, 等

在澳大利亞農(nóng)業(yè)展覽相關(guān)的產(chǎn)志賀毒素大腸桿菌病大暴發(fā)期間，我們采用全基因組測序方法在腸產(chǎn)毒性志賀桿菌志賀毒素2c亞基A基因中發(fā)現(xiàn)了插入序列1 203變種。我們的研究顯示其臨床癥狀輕微，沒有發(fā)現(xiàn)溶血性尿毒癥綜合征。

P1694 宏基因組測序診斷人致命性圣路易斯腦炎病毒感染病例，加利福利亞，2016年//Charles Y. Chiu, Lark L. Coffey, Jamie Murkey, 等

2016年9月，我們使用無偏宏基因組新一代測序方法診斷了一例來自加利福利亞，圣路易斯腦炎病毒引起的致死性腦膜炎病例，該病例與新近2015-2016年美國西南部地區(qū)該病毒的重現(xiàn)有關(guān)。

P1699 2014-2015年以色列蚊群中的烏蘇圖病毒RNA//Batya Mannasse, Ella Mendelson, Laor Orshan, 等

2014-2015年，我們在以色列北部捕獲的6個蚊群中發(fā)現(xiàn)了烏蘇圖病毒RNA。這些以色列病毒株與塞內(nèi)加爾及德國發(fā)現(xiàn)的病毒株最為相似，這進(jìn)一步闡明了烏蘇圖病毒共同的祖先和進(jìn)化動力學(xué)。我們的研究結(jié)果表明，以色列可能發(fā)生人類烏蘇圖病毒感染。

P1722 2008-2016年法屬圭亞那棕櫚病毒引起的漢坦病毒肺綜合征//Séverine Matheus, Hatem Kallel, Claire Mayence, 等

我們報告了法屬圭亞那2008-2016年監(jiān)測期間發(fā)現(xiàn)的5例人漢坦病毒肺綜合征，其中4例已死亡。要繼續(xù)在人及嚙齒類動物中進(jìn)行該病原監(jiān)測，以減少由于生態(tài)系統(tǒng)紊亂引起的此類人致命性感染的發(fā)生。