人星狀病毒臨床分離株感染CaCo-2細胞的轉錄組分析

吳立夢，滕崢，劉晶，張曦，崔曉嫻，林慶能，吳寰宇，袁政安，謝幼華

1.上海市疾病預防控制中心，上海 200336；2.復旦大學基礎醫學院教育部/衛生部醫學分子病毒學重點實驗室，上海 200032

?

*同為第一作者

人星狀病毒臨床分離株感染CaCo-2細胞的轉錄組分析

吳立夢1,2,*，滕崢1,*，劉晶2，張曦1，崔曉嫻2，林慶能1，吳寰宇1，袁政安1，謝幼華2

1.上海市疾病預防控制中心，上海 200336；2.復旦大學基礎醫學院教育部/衛生部醫學分子病毒學重點實驗室，上海 200032

摘要：人星狀病毒(human astrovirus，HAstV)是引起嬰幼兒病毒性腹瀉的重要病原之一，但其致病機制及與宿主相互作用的數據非常有限。本研究旨在了解HAstV感染細胞后對宿主基因在轉錄水平上的影響。首先，利用臨床分離HAstV毒株感染CaCo-2細胞，用實時定量反轉錄-聚合酶鏈反應(reverse transcriptase-polymerase chain reaction，RT-PCR)檢測細胞培養上清液中的病毒總RNA，結果顯示接種后9～24 h病毒總RNA拷貝數明顯增加。然后，利用轉錄組測序全面比較感染與未感染HAstV的CaCo-2細胞轉錄本，篩選兩者間的差異表達基因；并應用KEGG信號通路富集性方法分析差異表達基因相關的信號通路。結果顯示，差異基因富集在兩條信號通路上(P<0.05)，分別為軸突導向通路和Ras信號通路。本研究首次利用深度測序技術分析了HAstV感染對宿主基因在轉錄水平上的影響，為進一步研究HAstV致病機制等提供了方向。

關鍵詞：人星狀病毒；轉錄組測序；轉錄組

人星狀病毒(human astrovirus，HAstV)是病毒性腹瀉的重要病原之一，可導致急性胃腸炎，主要感染5歲以下嬰幼兒，也可感染老人及免疫缺陷患者[1-4]。HAstV主要通過糞-口途徑傳播，既可引起散發性腹瀉，也可引起暴發性腹瀉，目前還沒有疫苗及有效藥物。

HAstV是無包膜單股正鏈RNA病毒，屬于星狀病毒科。病毒顆粒直徑為……