利用MiSeq測序技術分析錦江牛瘤胃細菌多樣性

高雨飛　歐陽克蕙　瞿明仁　熊小文　溫慶琪　許蘭嬌

(江西農業大學江西省動物營養重點實驗室，營養飼料開發工程研究中心，南昌330045)

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利用MiSeq測序技術分析錦江牛瘤胃細菌多樣性

高雨飛歐陽克蕙*瞿明仁熊小文溫慶琪許蘭嬌

(江西農業大學江西省動物營養重點實驗室，營養飼料開發工程研究中心，南昌330045)

摘要：本研究旨在利用MiSeq高通量測序技術揭示錦江牛瘤胃細菌組成及多樣性。選用3頭裝有永久性瘤胃瘺管的錦江牛成年公牛[體重(400±20) kg]，采集瘤胃液樣品后提取細菌DNA，對瘤胃細菌的16S rDNA序列V4～V5區進行MiSeq測序，分析物種的豐度、分布及α-多樣性。結果表明：3個樣本共獲得56 763條高質量16S rDNA序列，946個分類操作單元(OTU)，錦江牛瘤胃細菌豐富度指數Chao指數、Ace指數分別為836、841，α-多樣性指數Shannon指數、Simpson指數分別為4.96、0.021 5；經過物種注釋，15個門、23個綱、26個科以及44個屬在所有樣品中被鑒定。在門水平，擬桿菌門(Bacteroidetes)(64.37%)、厚壁菌門(Firmicutes)(21.20%)和變形菌門(Proteobacteria)(7.59%)數量最多；在綱水平，主要包括擬桿菌綱(Bacteroidia)(52.88%)和梭菌綱(Clostridia)(17.03%)；在科水平，主要包括普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)(36.26%)、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)(9.33%)和毛螺菌科(Lachnospiraceae)(4.89%)；在屬水平，優勢細菌主要包括普雷沃氏菌屬(Prevotella)(28.97%)、帕拉普氏菌屬(Paraprevotella)(3.08%)、理研菌屬(Rikenella)(2.28%)、梭菌_Ⅳ(Clostridium Ⅳ)(1.77%)、解琥珀酸菌屬(Succiniclastium)(1.62%)和瘤胃球菌屬(Ruminococcus)(1.53%)。結果證明，錦江牛瘤胃細菌多樣性相對較低；錦江牛瘤胃中最優勢菌門是擬桿菌門，其次是厚壁菌門；普雷沃氏菌屬是錦江牛瘤胃中最優勢細菌屬。

關鍵詞：錦江牛；瘤胃細菌；多樣性；MiSeq測序

瘤胃微生物是指棲息在反芻動物瘤胃中的微生物，對反芻動物的生長，特別是消化代謝具有特殊的意義[1-2]。……