基于DNA池測序法篩選奶牛高信息量SNP標記的可行性

初芹, 李東, 侯詩宇, 石萬海, 劉林, 王雅春

1. 北京市農林科學院畜牧獸醫研究所, 北京 100097;

2. 中國農業大學動物科技學院, 畜禽育種國家工程實驗室, 北京 100193;

3. 鞍山恒利奶牛場, 遼寧 114200;

4. 北京奶牛中心, 北京 100192

基于DNA池測序法篩選奶牛高信息量SNP標記的可行性

初芹1, 李東2, 侯詩宇3, 石萬海4, 劉林4, 王雅春2

1. 北京市農林科學院畜牧獸醫研究所, 北京 100097;

2. 中國農業大學動物科技學院, 畜禽育種國家工程實驗室, 北京 100193;

3. 鞍山恒利奶牛場, 遼寧 114200;

4. 北京奶牛中心, 北京 100192

首先選擇139個牛SNP標記, 利用DNA池測序法, 根據測序峰圖中不同堿基信號峰高的比值確定了92個SNP為高信息量標記(比值＞1/2); 為了進一步驗證篩選的準確性, 對其中59個標記采用基質輔助激光解析電離飛行時間質譜(Matrix-assisted laser desorption/ionisation time-of-flight mass spectrometry, MALDI-TOF MS)技術檢測了 122頭荷斯坦牛的基因型。結果顯示, 檢出率高于 85%的標記有 56個, 其平均最小等位基因頻率(Minor allele frequency, MAF)為0.41, 最小值為0.27, 最大值為0.5; MAF＞0.3的標記有54個, 占96.4%(54/56)。文章結果表明, 采用DNA池測序法篩選高信息量SNP標記是可行和可信的。

奶牛; DNA池; SNP標記; 基質輔助激光解析電離飛行時間質譜技術; 最小等位基因頻率

DNA池(DNA pooling)是將幾個或多個個體的DNA按照一定比例混合后再進行 PCR擴增、位點掃描和分型的一種方法, 具有低成本、高效率的優點[1]。研究表明, DNA池與測序技術相結合, 在尋找突變位點[2～4]、估計等位基因頻率[5～7]、單倍型推斷[8]、病例-對照研究[9]等領域都有著廣泛的應用。

對奶牛進行親子鑒定或個體識別時, 為了增加鑒定效率, 需要選擇信息量高的 SNP標記, 如最小等位基因頻率(Minor allele frequency, MAF)高于0.3或以上[10～12]。……