周禮紅 陳平 趙永霞 荊雯雯 李祝 葛永儀
摘要:為了構建限制性內切酶介導的整合(REMI)技術介導的紅曲霉(Monascus anka)遺傳轉化系統,以潮霉素B作為抗性篩選標記,pBC-Hygro、pCB1003、pAN7-1作為轉化質粒,采用REMI技術轉化紅曲霉。結果表明,用REMI技術介導紅曲霉轉化時,質粒pBC-Hygro和pCB1003適合于紅曲霉的轉化。環狀質粒與線性質粒的轉化率無顯著差別;在用REMI技術介導轉化時添加酶切緩沖液不利于轉化;原生質體濃度為1×107~1×108個/mL時,每微克質粒可獲得的潮霉素B抗性轉化子為2 800~3 200個;HindⅢ介導轉化時的最佳酶用量為105~120 U;在質粒用量為8 μg/100 μL時轉化率最高。
關鍵詞:紅曲霉(Monascus anka);遺傳轉化;限制性內切酶介導的整合(REMI)
中圖分類號:Q933文獻標識碼:A文章編號:0439-8114(2012)18-4129-05
Optimizing of Genetic Transformation Conditions from Monascus anka by Restriction Enzyme-Mediated DNA Integration (REMI)
ZHOU Li-hong,CHEN Ping,ZHAO Yong-xia,JING Wen-wen,LI Zhu,GE Yong-yi
(College of Life Science,Guizhou University,Guiyang 550025,China)
Abstract:To establish a genetic transformation system of Monascus anka by restriction enzyme-mediated integration(REMI), using the hph gene as selectable marker and pBC-Hygro, pCB1003 and pAN7-1 as vector, the fungus M. anka was transformed to be hygromycin B-resistant by REMI. Addition of restriction enzymes to transformation mixtures resulted in increase of transformation rate when using pBC-Hygro and pCB1003 as vectors. The transformation rate had no significant difference no matter if vectors were digested by restriction enzyme or not. Addition of enzyme digestion buffer resulted in reducing of transformation. Protoplasts at the concentration of 1×107~1×108 mL were fit for transforming M. anka, transformation number was 2 800~3 200 ind./μg vector DNA. The optimum Hind III and vector dose was 105~120 U and 8 μg/100 μL, respectively.
Key words:Monascus sp.; genetic transformation; restriction enzyme-mediated integration(REMI)
限制性內切酶介導的整合(Restriction enzyme-mediated DNA integration,REMI)技術是將DNA轉化進入真核細胞,并產生非同源整合的一種方法。REMI的非同源整合機理與非同源末端連接(Nonhomologous end-joining,NHEJ)相關[1-4],整合的過程[5]可簡單歸結為三步:首先在轉化過程中使線性化DNA的酶隨線性化DNA進入核內;第二,限制性內切酶在特定識別位點酶切宿主染色體DNA;第三,染色體DNA和轉化片段在體內互補末端連接產生非同源整合事件。
1991年Schiestl等[6]首次將REMI技術應用于極易同源整合的Saccharomyces cerevisiae。Kuspa等[7]首先將REMI技術應用于Dictyostelium discoidium克隆發育基因,構建了REMI-RFLP(限制性片段長度多態性)圖譜[8,9],并克隆了很多發育基因,使發育途徑的研究變得更加容易。應用該方法已分離到幾個植物致病真菌的毒力因子[5]。REMI技術還成功應用于子囊菌Cochliobolus heterostrophus[10]和玉米致病真菌Ustilago maydis[11]、 Aspergillus nidulans[12]的遺傳互補分析,以及啟動子捕獲等。
研究探討了不同限制性內切酶介導轉化紅曲霉的能力,以及酶切緩沖液和不同質粒對轉化率的影響,同時優化了酶的用量、受體細胞濃度等條件。
1材料與方法
1.1材料
1.1.1菌株、質粒與培養基菌株M7577是野生型紅曲霉(Monascus anka),由貴州大學真菌資源研究所分離、保存。
用于遺傳轉化的質粒pBC-Hygro由法國Silar教授惠贈,該質粒攜帶潮霉素B抗性基因(hph)[13],是用限制性內切酶HindⅢ酶切線性化的。
質粒pAN7-1[14]帶有來自A. nidulans的gpd基因的啟動子和trpC基因[15]的終止子。用HphⅠ酶切質粒pAN52-1,用T4 DNA聚合酶補平末端,再用BamHⅠ酶切得到1.1 kb hph基因片段(hph基因缺失了不影響酶功能的前3個密碼子)[16],與A. nidulans 帶有起始密碼子ATG的gpd基因5′端融合;hph基因下游密碼子區域與A. nidulans trpC基因末端區域的HphⅠ-BamHⅠ片段融合,克隆到質粒pAN52-1(克隆前先用NcoⅠ酶切pAN52-1,用T4 DNA聚合酶補平末端,再用Bam H I酶切)上構建得到pAN7-1。
質粒pCB1003帶有來自pCSN43[17]的2.4 kb SalⅠ片段(含有潮霉素B抗性基因hph和來自A. nidulans的trpC啟動子和終止子),通過單個堿基的改良消除了hph基因中的4個限制性內切酶位點:EcoRⅠ(GAGTTC)、PstⅠ(CTGGAG)、SstⅡ(CCGCGC)和Bam HI (GGTTCC),但hph基因編碼的氨基酸序列未變。通過PCR技術消除trpC終止子,獲得了1.4 kb的片段,并在片段兩端引入EcoRⅠ、SalⅠ和HpaⅠ位點,最后通過EcoRⅠ位點亞克隆到pUC19構建得到pCB1003。
菌絲生長的CM培養基和產孢培養基按文獻[18]配制,原生質體再生液體和固體培養基是分別于CM液體和瓊脂糖固體培養基中加入蔗糖,終濃度為0.6 mol/L;復蘇液體培養基、馬鈴薯葡萄糖液體培養基中加蔗糖,終濃度為0.6 mol/L。
1.1.2藥品與試劑各種限制性內切酶和pfu DNA聚合酶為Fermentas公司產品,Cellulase、Lysing enzyme購于Sigma公司,Snailase購于華美生物工程公司,瓊脂糖購于Biowest公司,質粒中量制備試劑盒為德國Qiagen公司產品,其余試劑均為進口或國產分析純。
電擊轉化緩沖液Ⅰ含有10 mmol/L Tris-HCl(pH 7.5)、600 mmol/L蔗糖、1 mmol/L LiAc,用于不含聚乙二醇4 000的原生質體電擊轉化;電擊轉化緩沖液Ⅱ含有10 mmol/L Tris-HCl(pH 7.5)、600 mmol/L蔗糖、1 mmol/L LiAc、300 g/L聚乙二醇4 000,用于含聚乙二醇4 000的原生質體電擊轉化;電擊轉化緩沖液Ⅲ含有10 mmol/L Tris-HCl(pH 7.5)、270 mmol/L蔗糖、1 mmol/L LiAc,用于萌發孢子的電擊轉化。
STC溶液含有1 mol/L山梨醇、50 mmol/L Tris-HCl(pH 8.0)、50 mmol/L CaCl2,PTC溶液含有400 g/L聚乙二醇4 000、50 mmol/L Tris-HCl(pH 8.0)、50 mmol/L CaCl2。
1.2方法
1.2.1原生質體的制備參考文獻[19]。菌株M7577在產孢培養基上于30 ℃培養7~10 d,收集孢子并制備成均一的濃度為1×108~1×109 個/mL的孢子懸液。取200 μL孢子懸液涂布于鋪有玻璃紙的PDA平板上,于30 ℃培養30 h,收集菌絲體,用1 mol/L MgSO4溶液洗1次。約300 mg菌絲體加30 mL裂解酶液,于30 ℃以60 r/min酶解2~3 h,過濾,濾液于4 ℃、以3 200 r/min離心10 min。棄上清,用1.2 mol/L預冷的山梨醇溶液洗原生質體沉淀2次,分為2份。一份重懸于1.2 mol/L預冷的山梨醇溶液中,一份用預冷的STC溶液洗1次。兩份樣品均置于冰浴備用。
1.2.2質粒的線性化用HindⅢ酶切線性化質粒pBC-Hygro。酶切反應體系:36 μL 10×Enzyme Buffer,20 μg pBC-Hygro,12 μL 10 U/μL HindⅢ,加ddH2O至360 μL,置于37 ℃水浴2~4 h,于65 ℃水浴反應15 min,停止反應,然后分為2份,一份備用,稱為質粒A液;另一份用苯酚-氯仿抽提純化,然后溶解于無菌去離子水,稱為質粒B液。
1.2.3REMI技術的轉化方法參考文獻[20]。用預冷的STC溶液洗原生質體并再重懸,濃度調整至5×107個/mL。取100 μL轉化用原生質體液,加入1 μg環狀質粒pBC-Hygro,輕輕吹吸混勻;分別加限制性內切酶HindⅢ 30~190 U,冰浴30 min,加1 mL PTC,于室溫靜置40~60 min,涂布于含有120 μg/mL潮霉素B的再生瓊脂糖固體培養基平板上,每個平板涂布200 μL轉化液。于30 ℃暗培養4~5 d,統計轉化子數。
1.2.4最適質粒的選擇采用3個啟動子序列來源不同的環狀質粒pBC-Hygro、pCB1003、pAN7-1,用量為75或105 U的限制性內切酶HindⅢ、SacⅠ、BamHⅠ,將1 μg不同質粒和限制性內切酶分別加到100 μL 5×107個/mL原生質體中,對紅曲霉進行轉化試驗,以潮霉素B抗性轉化子數為指標評價和篩選適合轉化紅曲霉的質粒。
1.2.5最適限制性內切酶的選擇選擇7種不同的限制性內切酶為轉化質粒,其中平末端酶有SmaⅠ和HpaⅠ,5′端突出末端酶有HindⅢ、SalⅠ和EcoRⅠ,3′端突出末端酶有KpnⅠ、SacⅠ,向100 μL 5×106個/mL原生質體液中加入1 μg線性或環狀質粒pBC-Hygro和75 U限制性內切酶進行轉化試驗,以不加酶處理的作對照,以潮霉素B抗性轉化子數為指標評價和篩選合適的限制性內切酶。
1.2.6酶切緩沖液對轉化的影響試驗有7種試驗方案,100 μL原生質體液中,①加質粒A液和105 U HindⅢ,②加質粒B液、105 U HindⅢ和10×酶切緩沖液,③加質粒B液和105 U HindⅢ,④加環狀質粒、105 U HindⅢ和10×酶切緩沖液,⑤加環狀質粒和105 U HindⅢ,⑥加質粒B液,⑦加環狀質粒作為對照。然后輕輕吹吸混勻,冰浴30 min,加1 mL PTC溶液,于室溫靜置40~60 min。取轉化液涂布于含有120 μg/mL潮霉素B的再生瓊脂糖固體培養基平板上,每個平板涂布200 μL,于30 ℃暗培養4~5 d,統計潮霉素B抗性轉化子數。
1.2.7最適原生質體濃度的選擇將8 μg質粒pBC-Hygro和105 U限制性內切酶HindⅢ分別加入100 μL濃度分別為1.0×106、5.0×106、1.0×107、5.0×107、1.0×108、1.5×108個/mL原生質體中進行轉化試驗。以潮霉素B抗性轉化子數為指標確定適合轉化的紅曲霉原生質體濃度。
1.2.8最適HindⅢ用量的選擇在100 μL含有8 μg環狀質粒pBC-Hygro的5×107個/mL原生質體中分別加入0、30、45、60、75、90、105、120、135、150、190 U HindⅢ進行轉化試驗。以潮霉素B抗性轉化子數為指標確定最適合轉化的HindⅢ用量。
1.2.9最適質粒用量的選擇在100 μL含有100 U HindⅢ的5×107個/mL原生質體中分別加入1、2、4、8、16 μg質粒pBC-Hygro進行轉化試驗。以潮霉素B抗性轉化子數為指標確定最適合紅曲霉轉化的質粒用量。
2結果與分析
2.1最適質粒的選擇結果
為了探討不同構建方法得到的質粒對紅曲霉轉化的影響,試驗中用了3個啟動子序列來源不同的質粒進行轉化(質粒均未線性化),試驗中環狀質粒用量為1 μg,原生質體濃度為5×107個/mL。由表1可知,質粒pBC-Hygro對紅曲霉的轉化率非常高,轉化子達(2 679±8)個/μg;pCB1003次之;pAN7-1的轉化率最差,僅為15~41個/μg。由此可知,質粒pBC-Hygro和pCB1003適合于紅曲霉的轉化,而pAN7-1用于紅曲霉的轉化不理想。因此后續試驗所用質粒均為pBC-Hygro。
2.2最適限制性內切酶的選擇結果
應用REMI技術建立遺傳轉化系統時,限制性內切酶種類的選擇至關重要。為了選擇合適的限制性內切酶,首先選擇7種不同的限制性內切酶(包括5′端突出末端酶、3′端突出末端酶及平末端酶),以pBC-Hygro為轉化質粒,轉化紅曲霉并確定轉化能力。
向100 μL 5×106個/mL原生質體液中加入1 μg線性或環狀質粒和75 U限制性內切酶進行轉化試驗。由圖1可知,3種不同末端酶都能較好地介導質粒pBC-Hygro轉化進入紅曲霉,潮霉素B抗性轉化子數都較未加限制性內切酶的對照提高了3倍以上,但提高幅度卻因酶種類的不同而存在較大差異。對于環狀質粒,5′端突出末端酶(HindⅢ和SalⅠ)的作用效果優于平末端酶(HpaⅠ和SmaⅠ)和3′端突出末端酶(KpnⅠ)。其中,HindⅢ和SalⅠ對轉化能力的提高和改善最有效,每微克質粒DNA的轉化子數約是對照的15倍。并且穩定性檢測表明約有70%的轉化子穩定。
由圖1還可知,具有同種類型末端的限制性內切酶介導DNA轉化紅曲霉的能力也存在很大差異。如平末端酶SmaⅠ就優于HpaⅠ,HindⅢ、SalⅠ優于EcoRⅠ。此外,選用的限制性內切酶即使在被轉化的DNA上不存在酶切位點,也仍能較好地介導DNA轉化紅曲霉,如EcoRⅠ。
因此,限制性內切酶HindⅢ和SalⅠ有利于轉化。
2.3酶切緩沖液對轉化紅曲霉的影響
限制性內切酶在特定的環境條件和反應體系里才能很好地發揮功能。為了探討酶切緩沖液是否會影響限制性內切酶介導DNA的轉化,選用了HindⅢ來進行試驗,原生質體濃度為5×106個/mL。由表2可知,無論是線性質粒還是環狀質粒,在由限制性內切酶HindⅢ介導轉化紅曲霉時,添加酶切緩沖液導致轉化率降低,以環狀質粒介導轉化DNA時,轉化率下降尤為顯著。在限制性內切酶介導轉化時添加酶切緩沖液,不僅沒有促進轉化率的提高,反而降低了轉化能力。其原因可能是加入酶切緩沖液后,離子濃度增大,離子種類也增多,改變了轉化反應環境,從而影響到紅曲霉細胞膜的通透性。
從圖1和表2可知,質粒是否線性化對紅曲霉的轉化效果(包括轉化子數和轉化子穩定性)影響不顯著(P>0.05),為了簡便和節約,后續試驗用環狀質粒進行轉化更為合適。
2.4最適原生質體濃度的選擇結果
無論是真核生物還是原核生物,轉化時受體細胞(或者感受態細胞)的濃度是影響轉化率的一個重要因素。因此,用質粒pBC-Hygro和105 U限制性內切酶HindⅢ探討了原生質體濃度對于轉化紅曲霉的影響。由圖2可知,原生質體濃度為1×107~1×108個/mL時,每微克質粒DNA可獲得的潮霉素B抗性轉化子為2 800~3 300個。當原生質體濃度低于1×107個/mL和高于1×108個/mL時,轉化子數開始大幅下降,表明原生質體濃度過低和過高都會不利于外源DNA進入受體細胞內。
因此,原生質體濃度為1×107~1×108個/mL時最有利于轉化。
2.5最適HindⅢ用量的選擇結果
REMI介導轉化時,限制性內切酶的濃度是需要優化的重要條件之一,是影響轉化效率的關鍵因素。在100 μL含有環狀質粒的5×107個/mL原生質體中分別加入不同濃度的HindⅢ,結果如圖3,當HindⅢ用量為0~75 U時,隨著HindⅢ用量的增加潮霉素B抗性轉化子數緩慢增多;當HindⅢ用量超過75 U時,轉化子數陡然上升,至105 U時達到最大。然后,隨著HindⅢ用量繼續增大,轉化子數則開始減少,且差異顯著(P<0.05)。因而,HindⅢ用量為105~120 U時最有利于轉化。
2.6最適質粒用量的選擇結果
100 μL反應體系中加1、2 μg質粒時的轉化子數很少;當增到4 μg時轉化子數陡然增加,較1 μg時提高了1倍多;加到8 μg時,轉化子數較4 μg時顯著增多(P<0.05),有約3 200個/μg。再增加至16 μg時轉化率又大幅下降(圖4)。表明質粒用量對轉化率有很大影響,最佳質粒用量約為8 μg/100 μL。
3小結與討論
采用REMI技術介導轉化時,質粒pBC-Hygro和pCB1003適合于紅曲霉的轉化。質粒是否線性化對轉化率影響不大,但添加酶切緩沖液不利于轉化;原生質體濃度為1×107~1×108個/mL時最有利于轉化,HindⅢ介導紅曲霉轉化時的最佳酶用量為105~120 U,質粒用量為8 μg/100 μL時轉化率最高。
REMI技術首次報道的是用于Saccharomyces cerevisiae的非同源DNA轉化[6],Aspergillus nidulans是第一個成功應用REMI作為遺傳工具的絲狀真菌[12],隨后屢有報道。該技術不僅用于提高轉化率,還應用于其他的遺傳分析如基因和啟動子捕獲,遺傳互補分析等。
轉化反應體系中,外源DNA和受體細胞(原生質體)的濃度之所以影響轉化子的數量,很大程度上可能是因為它們影響了外源DNA進入細胞的能力,其原因可能是,原生質體細胞之間的碰撞頻率以及外源DNA與受體細胞之間的碰撞頻率都會因反應體系中細胞和外源DNA的濃度而發生變化,從而影響外源DNA與受體細胞膜表面的接觸機率;在小生態中,細胞個體之間存在信號物質的傳遞,以此來調控細胞內外環境的平衡以及群落個體之間的平衡,由此來維持群落的生命,因此,反應體系中原生質體濃度會影響到細胞間的信號傳遞,從而調整細胞膜對胞外物質的識別、結合與輸送等;此外,外源DNA在反應體系中的濃度也會影響到受體細胞信號物質的分泌及其在細胞間的傳遞,進而影響到細胞對特定胞外物質的攝入量。
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收稿日期:2012-04-28
基金項目:貴州省科技廳農業攻關項目(黔科合NY字[2008]3058);貴州大學研究生創新基金項目(校研農2010003)
作者簡介:周禮紅(1975-),女,貴州清鎮人,副教授,博士,主要從事發酵工程、真菌遺傳與育種研究工作,(電話)0851-3851158(電子信箱)
lhzhou33@yahoo.com.cn。