基于RNA-Seq分析茶樹新品系‘春綠’生物信息

林鄭和，孔祥瑞，陳常頌,2*，李鑫磊，張亞真，游小妹，陳志輝，單睿陽，鐘秋生

（1. 福建省農業科學院茶葉研究所/國家茶樹改良中心福建分中心，福建 福州 350013；2. 國家土壤質量福安觀測實驗站，福建 福安 355015）

0 引言

【研究意義】伴隨著高通量測序新技術（RNA-Seq）的廣泛應用，越來越多的研究者利用轉錄組學研究茶樹生長發育、抗性、物質代謝的分子調控機制，探索茶樹基因表達的轉錄調控機制，并試圖通過基因工程技術培育出優良品種。【前人研究進展】昆明植物研究所的研究團隊發布了茶樹大葉種‘云抗10號’基因組[1]，開啟了茶樹基因組學的研究序幕，之后安徽農業大學的茶學團隊基于三代PacBio測序方法，獲得了茶樹小葉種‘舒茶早’的基因組序列[2]；華南農業大學也公布了茶樹小葉種‘碧云’的染色體級別基因組序列[3]；同時中國農業科學院茶葉研究所也公布了‘龍井43’的染色體級別基因組序列[4]；之后‘黃棪’與‘鐵觀音’染色體級別基因組序列的公布[5,6]，探索茶樹基因表達的轉錄調控機制，并試圖通過基因工程技術培育出優良品種，現已成為茶樹研究新興熱點之一。李娜娜等[7]以‘福鼎大白茶’和‘小雪芽’葉片為研究材料，發現小雪芽新梢白化的可能遺傳機理存在于蛋白質翻譯后的修飾過程，而且這些變異主要發生在細胞內。朱興正等[8]采用PacBio平臺進行‘云茶1號’全長轉錄組測，發現云茶1號中216個代謝途徑分支，包括茶葉品質、活性物質代謝以及抗逆等相關基因。然而，茶樹龐大的3 Gb大小基因組、超過70%的重復序列含量以及自交不親和導致的高度雜合特性[7]，遺傳結構十分復雜，遺傳分析很困難。……