核糖體小亞基V4和V9區引物擴增大亞灣真核浮游生物的比較研究

郭雨沛, 黃良民, 鐘瑜, 陳靖夫, 譚燁輝, 陳綿潤, 邱大俊,*

核糖體小亞基V4和V9區引物擴增大亞灣真核浮游生物的比較研究

郭雨沛1,2, 黃良民1,2, 鐘瑜1, 陳靖夫1,2, 譚燁輝1,2, 陳綿潤3, 邱大俊1,2,*

1. 中國科學院南海海洋研究所, 中科院熱帶生物資源與生態重點實驗室, 廣州 510301 2. 中國科學院大學, 北京 101408 3. 國家海洋局南海規劃與環境研究院，廣州 510300

對大亞灣水體的環境DNA分別進行18S rDNA的V4和V9區的引物擴增, 通過高通量測序技術進行測序, 并比較分析二者浮游真核生物基因多樣性和相對豐度。18S rDNA V4區引物擴增共檢測出浮游動物56 綱, 101 目, 浮游植物52 綱, 69 目; 18S rDNA V9區引物擴增共檢測出浮游動物47 綱, 81目, 浮游植物56 綱, 101 目。兩對引物對浮游真核生物擴增都具有較高覆蓋度, 在綱級別上二者的結果相近: 顎足綱(Maxillopoda)是浮游動物優勢類群; 甲藻綱(Dinophyceae)、圓篩藻綱(Coscinodiscophyceae)、小豆藻綱(Mamiellophyceae)是浮游植物優勢類群, 其中甲藻綱多樣性與豐度的結果相近, 而18S rDNA V9區引物擴增得到的圓篩藻綱豐度高于18S rDNA V4區引物。分析結果表明, 18S rDNA V4區引物擴增的浮游動物多樣性比18S rDNA V9區引物高, 而18S rDNA V9區引物擴增的浮游植物多樣性比18S rDNA V4區引物高。同時, 通過高通量測序技術首次確定大亞灣海區大量存在著寄生型甲藻(Syndiniales), 小豆藻目(Mamiellales)。

高通量測序; 真核浮游生物; 基因多樣性; 浮游植物; 浮游動物; 大亞灣

0 前言

真核浮游生物是海洋生態系統的重要組成部分, 具有種類多樣性高, 分布廣等特征[1—2]。浮游植物和浮游動物是真核浮游生物的主要類群。浮游植物是海洋初級生產力的最主要的貢獻者, 為維持生態系統的物質循環和能量傳遞提供了重要的基礎[1]。……