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基于深度學(xué)習(xí)的中醫(yī)舌象圖像分割研究

2021-08-03 06:22:26鐘振楊朝陽(yáng)福建中醫(yī)藥大學(xué)中醫(yī)證研究基地福州350122
江西中醫(yī)藥 2021年7期
關(guān)鍵詞:特征模型

★ 鐘振 楊朝陽(yáng)(福建中醫(yī)藥大學(xué)中醫(yī)證研究基地 福州 350122)

中醫(yī)通過“望聞問切”四種診斷方式,獲取患者與疾病相關(guān)的體征信息,再基于辨證論治對(duì)疾病進(jìn)行診斷。舌診是中醫(yī)臨床診斷的重要內(nèi)容之一,對(duì)舌診進(jìn)行客觀化研究是中醫(yī)現(xiàn)代化研究的重要組成部分。其中,舌象圖像分割技術(shù)在舌診客觀化中扮演了一個(gè)非常重要的角色。具體來說,這種技術(shù)將舌體從中醫(yī)舌象圖像中分離出來[1],它可以確定舌體的邊緣,減少周圍環(huán)境的影響,更能為之后的舌診客觀化研究提供方便。

1 研究背景

常用的舌象圖像分割方法主要包括基于邊緣檢測(cè)的分割法[2-3]、基于顏色與模型的分割法[4-9]、基于深度學(xué)習(xí)的分割法[10-11]。

在基于邊緣檢測(cè)的分割法中,王愛民等[2]采用矢量Prewitt算子和多尺度組合正則化,提出一種新的邊緣檢測(cè)方法。該算法先對(duì)圖像進(jìn)行正則化處理,然后結(jié)合多尺度的矢量Prewitt算子對(duì)圖像邊緣進(jìn)行檢測(cè),最后將檢測(cè)出的邊緣對(duì)舌象圖像進(jìn)行分割。Zuo W等[3]結(jié)合邊緣檢測(cè)和主動(dòng)輪廓模型進(jìn)行分割,該方法首先檢測(cè)舌體的初始邊緣,然后過濾無用邊緣,最后結(jié)合主動(dòng)輪廓模型分離舌體與背景。

在基于顏色與模型的分割法中,Li Z等[4]提出了基于HSI和RGB色度空間的閾值化中醫(yī)舌象圖像分割方法。該方法首先對(duì)HSI(色相,飽和度和強(qiáng)度)色度空間的色相分量進(jìn)行轉(zhuǎn)換以確定初始舌體區(qū)域。然后對(duì)RGB色度空間的紅色分量進(jìn)行圖像閾值處理,找到舌根與上唇之間的間隙區(qū)域,最后進(jìn)行形態(tài)學(xué)運(yùn)算確定最終舌體區(qū)域。Ning J[5]提出了一種基于區(qū)域融合的自動(dòng)舌象圖像分割算法。該算法首先使用分水嶺算法將舌象圖像分割成許多小區(qū)域,然后將顏色相似的區(qū)域合并,最后使用Snake算法來細(xì)化區(qū)域合并結(jié)果并獲得最終的分割舌體。衛(wèi)保國(guó)等[6]首先使用半自動(dòng)分割方法大致描繪出舌體區(qū)域的邊緣輪廓線,獲得初始邊緣點(diǎn),再對(duì)初始的邊緣點(diǎn)進(jìn)行擬合得到更平滑的舌體輪廓。孫煬等[7]提出分裂-合并算法進(jìn)行中醫(yī)舌象圖像分割。該方法基于舌像的RGB顏色特征,根據(jù)顏色將舌像分裂成不同區(qū)域,合并相似的區(qū)域,最終合并的結(jié)果為分割結(jié)果。Li W等[8]提出了一種新的主動(dòng)輪廓模型作為分割方法。通過HSV空間中的舌頭特征初始化Snake的初始輪廓。再用多分辨率小波(Gabor)生成圖像邊緣能量的主動(dòng)輪廓模型并分割出最終的舌體。Pang B等[9]提出了一種基于雙橢圓形可變形模板和活動(dòng)輪廓模型(即雙橢圓形可變形輪廓)的中醫(yī)舌象圖像分割方法,該方法先采用雙橢圓形可變形模板得到大體的形狀特征,然后使用活動(dòng)輪廓模型約束形狀特征,得到分割的舌像。然而,舌體與嘴唇顏色接近,用上述方法很難將舌體與嘴唇分開。

在基于深度學(xué)習(xí)的分割法中,王麗冉[10]采用兩階段卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行舌體分割,第一階段確定舌體定位,降低背景信息的干擾,第二階段通過Fs-net對(duì)定位的舌體進(jìn)行精細(xì)分割。該方法能較好地分割舌象圖像。Zhou C[11]針對(duì)舌體定位和分割的提出了一種端到端的網(wǎng)絡(luò)模型。該網(wǎng)絡(luò)運(yùn)用特征金字塔網(wǎng)絡(luò)提取多尺度舌體特征。然后利用多尺度舌體特征圖分離舌體與背景。

2 方法

本網(wǎng)絡(luò)基于PyTorch框架,實(shí)驗(yàn)的具體流程為:收集舌象圖像、標(biāo)注舌象標(biāo)簽、進(jìn)行數(shù)據(jù)增強(qiáng)、部署深度學(xué)習(xí)框架。并采用數(shù)據(jù)增強(qiáng)之后的數(shù)據(jù)集進(jìn)行舌象圖像分割的訓(xùn)練與測(cè)試。

2.1 數(shù)據(jù)收集與數(shù)據(jù)準(zhǔn)備本文選用國(guó)際照明委員會(huì)(CIE)推薦使用的代表日光的標(biāo)準(zhǔn)光源D65進(jìn)行照明。自然光下使用該標(biāo)準(zhǔn)光源,采集中醫(yī)高清舌診圖像120張,像素為480×640,照片格式為jpg。在標(biāo)簽制作部分首先使用人工檢查的方式對(duì)舌體和背景進(jìn)行判斷,再使用PhotoShop對(duì)舌體和背景進(jìn)行分割生成標(biāo)簽,最后交由中醫(yī)學(xué)教授進(jìn)行二次評(píng)估篩選不合格的標(biāo)簽,并進(jìn)行重新分割,直到合格。此外,舌象圖像按數(shù)字排列順序進(jìn)行命名,起點(diǎn)為000,舌像和標(biāo)簽形式如圖1。

圖1 原始中醫(yī)舌象圖像與標(biāo)簽

2.2 數(shù)據(jù)增強(qiáng)由于深度學(xué)習(xí)的模型在小數(shù)據(jù)集下容易出現(xiàn)過擬合,因此訓(xùn)練一個(gè)成熟的模型需要大量的舌象圖像數(shù)據(jù)。本文使用數(shù)據(jù)增強(qiáng)技術(shù)獲取足夠的訓(xùn)練數(shù)據(jù)。具體來說,先用python語言編寫數(shù)據(jù)增強(qiáng)程序,然后輸入原始圖像和標(biāo)簽,并運(yùn)用數(shù)據(jù)增強(qiáng)程序旋轉(zhuǎn),平移,縮放,添加噪聲等方法,將原始的120張帶標(biāo)簽的舌診圖片增加到12000張以進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)訓(xùn)練。原始舌象圖像及增強(qiáng)之后的舌象圖像見圖2。

圖2 原始中醫(yī)舌象圖像與增強(qiáng)圖像

2.3 舌像分割網(wǎng)絡(luò)本文使用U-Net進(jìn)行中醫(yī)舌象圖像分割。該網(wǎng)絡(luò)包含兩個(gè)部分:編碼器和解碼器(見圖3)。編碼主要用于壓縮和提取舌像特征,它包含10層卷積核為3×3卷積層。每層卷積層之后采用批歸一化加速網(wǎng)絡(luò)訓(xùn)練,以及ReLU激活函數(shù)提高神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)對(duì)模型的表達(dá)能力。此外,在壓縮特征步驟,筆者在每?jī)蓚€(gè)卷積層后使用池化核為2×2最大池化層,該池化層只保留每個(gè)2×2網(wǎng)格內(nèi)像素特征的最大值,通過最大池化層,特征被壓縮至原來的四分之一,以便后續(xù)的特征提取。

解碼器通過基于編碼器提取的特征重構(gòu)輸出。其中,卷積核為3×3反卷積層用于重構(gòu)需要預(yù)測(cè)的特征。此外,為了加強(qiáng)淺表特征的表達(dá)能力,筆者采用跳躍連接操作,該操作直接將對(duì)應(yīng)的編碼特征層和解碼層特征一一拼接(如圖3),該操作顯著加強(qiáng)網(wǎng)絡(luò)的分割能力。網(wǎng)絡(luò)框架如下。

圖3 U-Net網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)圖

2.4 基于PyTorch構(gòu)建模型結(jié)合U-Net和數(shù)據(jù)增強(qiáng)技術(shù),訓(xùn)練的中醫(yī)舌像模型能在中醫(yī)舌像分割中有良好的表現(xiàn)。為了構(gòu)建精確模型,筆者首先參照論文,用PyTorch框架構(gòu)建U-Net[12]模型。然后使用經(jīng)過人工分割的舌像圖片訓(xùn)練模型的參數(shù)。具體的訓(xùn)練流程為:初始化網(wǎng)絡(luò)權(quán)重,加載實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù),提取舌象圖像特征,預(yù)測(cè)舌象圖像標(biāo)簽,判斷預(yù)測(cè)的標(biāo)簽是否與人工標(biāo)簽相符合,計(jì)算損失,反向傳遞損失并更新網(wǎng)絡(luò)參數(shù),迭代前面的步驟直到達(dá)到目標(biāo)迭代次數(shù),完成訓(xùn)練,生成中醫(yī)舌象圖像分割模型,在測(cè)試集上進(jìn)行測(cè)試,評(píng)估模型的性能。

在訓(xùn)練過程中,訓(xùn)練迭代次數(shù)為1 000次,學(xué)習(xí)率為10-3,訓(xùn)練批量設(shè)置為8,網(wǎng)絡(luò)優(yōu)化器設(shè)置為Adam,損失函數(shù)為交叉熵?fù)p失函數(shù)。該網(wǎng)絡(luò)的實(shí)驗(yàn)環(huán)境:CPU處理器為i7八代處理器,GPU處理器為NVIDIA 1080ti,內(nèi)存為16G,硬盤500G。實(shí)驗(yàn)平臺(tái)為Window 10。

3 結(jié)果

3.1 模型效果評(píng)估為了評(píng)估白細(xì)胞分割算法的性能,本次實(shí)驗(yàn)采用精確率(Precision)、Dice系數(shù)(Dice coefficient)、mIoU(MeanIntersection over Union)、以及錯(cuò)分類誤差(Misclassification Error, ME)進(jìn)行評(píng)價(jià)。這些參數(shù)通過網(wǎng)絡(luò)預(yù)測(cè)的結(jié)果與人工分割的標(biāo)簽進(jìn)行對(duì)比以判別結(jié)果。例如,同一張舌象圖像,預(yù)測(cè)的舌體與人工標(biāo)簽相同則為真陽(yáng)性(TP),若不同則為加假陰性(FN),若人工標(biāo)注的舌體像素沒有被預(yù)測(cè)則稱為真陰性(FP),若預(yù)測(cè)的和人工標(biāo)注的都為背景則為真陰性(TN)。計(jì)算公式為:

3.2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果為了驗(yàn)證本文算法的有效性,筆者把本文的算法、基于深度學(xué)習(xí)及數(shù)據(jù)增強(qiáng)的FCN[13]算法和未進(jìn)行數(shù)據(jù)增強(qiáng)的U-Net算法在包含30張舌像數(shù)據(jù)集上進(jìn)行測(cè)試。筆者采用了4個(gè)評(píng)估指標(biāo):精確率(Precision)、Dice系數(shù)(Dice coefficient)、mIoU(MeanIntersection over Union)、以及錯(cuò)分類誤差(Misclassification Error, ME)來評(píng)價(jià)分割效果。其中精確率、Dice、mIoU越高效果越好,錯(cuò)分類誤差越低效果越好。表1是幾個(gè)算法的測(cè)度平均值,筆者把最好的結(jié)果進(jìn)行加粗標(biāo)記。從表1可以看出,本文算法的精確率為0.9545、Dice系數(shù)為0.967 3、mIoU系數(shù)為0.956 3、錯(cuò)分類誤差為0.017 8。從實(shí)驗(yàn)結(jié)果分析,相較其他算法,本文算法取得了最優(yōu)的結(jié)果。

表1 舌像分割結(jié)果

從可視化結(jié)果分析(見圖4),在宏觀上,基于深度學(xué)習(xí)的算法均可以精準(zhǔn)定位舌體方位,且對(duì)舌體周圍環(huán)境不敏感,對(duì)中醫(yī)舌象圖像表現(xiàn)出較強(qiáng)的適應(yīng)性。但在微觀上,本文算法對(duì)于舌體邊緣的分割好于FCN及未進(jìn)行數(shù)據(jù)增強(qiáng)的U-Net。

圖4 中醫(yī)舌象圖像分割測(cè)試結(jié)果可視化圖

4 討論

舌診是中醫(yī)辨證論治的一個(gè)重要核心之一,它在中醫(yī)臨床診斷中起著重要的作用。通過舌診中醫(yī)醫(yī)生可以了解人體臟腑的虛實(shí),辨別病邪的深淺,病性的寒熱,判斷病勢(shì)的輕重變化。然而,傳統(tǒng)的中醫(yī)舌象辨識(shí)依賴醫(yī)生肉眼的觀察與經(jīng)驗(yàn)[14],容易被個(gè)人的主觀意志、外部環(huán)境(比如光線、溫度等)影響[15]。中醫(yī)舌診客觀化旨在建立客觀統(tǒng)一的辨識(shí)標(biāo)準(zhǔn)。中醫(yī)舌象圖像分割是舌診客觀化的基礎(chǔ)之一,主要用于分割舌體和背景,減少周圍環(huán)境的影響,為后續(xù)的舌象圖像處理打下基礎(chǔ)。傳統(tǒng)的算法在它們的數(shù)據(jù)集上展現(xiàn)了不錯(cuò)的性能,但它們依賴一些特定的光照條件和環(huán)境,且容易混淆舌體和嘴唇,這將為后續(xù)的舌診客觀化帶來困難。本研究模型首先通過編碼器進(jìn)行舌象圖像特征提取,再通過解碼器進(jìn)行舌象圖像分割預(yù)測(cè),以端到端的方式精確分割舌象圖像的舌體和背景,且結(jié)合數(shù)據(jù)增強(qiáng)技術(shù)解決了中醫(yī)舌像數(shù)據(jù)量少的問題,具有較強(qiáng)的泛化能力,能較好地完成舌診客觀化下的舌象圖像分割。

從實(shí)驗(yàn)結(jié)果分析,本模型可以較好地分割從中醫(yī)舌象圖像中分割出舌體和背景,且不受舌象圖像位置的影響,當(dāng)舌體位置或舌體方向不一致時(shí),該模型仍能進(jìn)行較好的分割。同其他深度學(xué)習(xí)分割算法相比,本算法對(duì)舌體邊緣的分割優(yōu)于FCN。這是由于FCN結(jié)構(gòu)簡(jiǎn)單,細(xì)節(jié)分割較差;此外,本算法顯著優(yōu)于未進(jìn)行數(shù)據(jù)增強(qiáng)的U-Net,這是因?yàn)樵紨?shù)據(jù)的訓(xùn)練數(shù)據(jù)較少。因此未進(jìn)行數(shù)據(jù)增強(qiáng)的U-Net很容易出現(xiàn)過擬合,導(dǎo)致分割結(jié)果不佳。

此外,從可視化結(jié)果(圖4)可以看出,本模型分割的舌體邊緣常附帶背景像素或缺失少量的舌體像素,因此本模型對(duì)舌體邊緣分割的精確度還需加強(qiáng)。雖然本研究已經(jīng)通過跳躍連接融合淺層特征和深層特征,但融合的淺層特征不夠充足,這也是導(dǎo)致舌象圖像的邊緣精度不夠高的原因。盡管本模型對(duì)舌體邊緣的分割稍顯不足,但0.954 5的精確率,Dice系數(shù)為0.967 3、mIoU系數(shù)為0.956 3、0.017 8的錯(cuò)分類率,以及對(duì)周圍環(huán)境較強(qiáng)的適應(yīng)性說明:本模型可以較好的完成中醫(yī)舌象圖像分割。

雖然基于深度學(xué)習(xí)和數(shù)據(jù)增強(qiáng)技術(shù)舌象圖像分割具有一定優(yōu)點(diǎn),但仍存在一些問題。(1)標(biāo)簽問題,深度學(xué)習(xí)的標(biāo)簽來源于人工分割,但是人為的分割會(huì)不可避免的帶來一些誤差,因此需要設(shè)計(jì)一種程序客觀地評(píng)估誤差的范圍是否合理。(2)應(yīng)用問題,舌象圖像分割在舌診客觀化中扮演了一個(gè)十分重要的角色,但它主要起輔助作用。因此需要設(shè)計(jì)一種新的網(wǎng)絡(luò),結(jié)合分割網(wǎng)絡(luò)自動(dòng)進(jìn)行舌象診斷。例如,輸入圖片,系統(tǒng)自動(dòng)診斷舌象圖像的舌質(zhì)與舌苔。(3)邊緣精度問題,雖然基于深度學(xué)習(xí)的舌象圖像分割取得了較好的結(jié)果,但網(wǎng)絡(luò)淺層特征提取欠缺,邊緣分割精度較差。因此需要設(shè)計(jì)一種更有效的淺層特征提取層結(jié)合U-Net,減少舌體邊緣分割的誤差。此外,深度網(wǎng)絡(luò)模型對(duì)邊緣的分割精度較差,如何設(shè)計(jì)一種更有效的淺層特征提取模型,如何結(jié)合分割網(wǎng)絡(luò)對(duì)舌象圖像進(jìn)行自動(dòng)診斷,使之能實(shí)地的應(yīng)用,仍值得進(jìn)一步研究。

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