楊其樂,丁一峰,張 宇,聶若男,李亞萌,王 佳,王小紅
(華中農業大學食品科學技術學院,湖北 武漢 430070)
沙門氏菌是導致食源性疾病的主要病原菌,在全球范圍內,每年約造成9 380萬 例腸胃炎疾病,以及15.5萬 人死亡[1]。沙門氏菌是一類革蘭氏陰性短桿菌,需氧或兼性厭氧,腸桿菌科沙門氏菌屬,由腸炎沙門氏菌種和邦戈沙門氏菌種組成[2-3]。沙門氏菌分布廣泛,菌型繁多,目前使用標準Kauffman-White方案已鑒定超過2 600 種血清型,而大多數血清型能夠在包括人類在內的多種動物宿主中寄生,其中腸炎沙門氏菌、鼠傷寒沙門氏菌是導致人畜共患病的兩種主要血清型[4]。近年來,抗生素的大量使用導致了耐藥性沙門氏菌的出現,耐藥沙門氏菌的強毒力、高死亡率引起了廣泛關注[5]。因此,為預防沙門氏菌對人類健康以及經濟發展造成重大危害,對其進行有效的安全監控和監督、建立快速準確的檢測方法具有重要意義。
噬菌體作為一種細菌病毒,能夠特異性吸附、侵染細菌并完成自我復制[6],最早發現于一個世紀以前,用于對分子生物學基本原理的探究[7]。在自然環境中,噬菌體幾乎無處不在,海洋、土壤、深海噴口以及飲用水、食物中都存在噬菌體。同時,噬菌體也是地球上數量最多的生物體,其數目約為1030~1031,且具有多樣性[8]。噬菌體侵染細菌,完成其生命周期的第一步是特異性識別并結合細菌表面受體,其主要識別的細菌表面受體為脂多糖和細菌表面蛋白上特定的殘基[9],噬菌體顆粒中承擔這一重要功能的蛋白被稱為受體結合蛋白(receptor binding proteins,RBPs),存在于噬菌體尾纖維或者尾刺的末端[10-12]。由于RBPs介導的宿主識別是高度特異性的,因此,可以利用RBPs作為分子識別元件進行宿主菌的特異性檢測技術研究[13-14]。
目前報道較多的噬菌體RBPs有:T4 gp37、gp12;T2 gp38;P22 gp9和T7 gp17[15-16]。一般而言,RBPs具有如下特點:具有模塊化性質,N端連接噬菌體粒子主體,序列同源性較高,C端為受體識別區決定宿主范圍,序列相似度較低;許多已知的RBPs受體識別區富含β結構,通常會形成三聚體且結構穩定[16-17];許多尾刺蛋白還具有水解活性,目前已知的具有水解活性的尾刺蛋白已被鑒定有215 個,這些RBPs能夠降解脂多糖、磷壁酸等生物聚合物,為噬菌體進入細胞膜注入DNA掃清道路[17];一個噬菌體可以有多個RBPs,例如T4噬菌體具有短尾纖維(gp12)和長尾纖維(gp37)[18],且在吸附過程中承擔著不同的功能,T4噬菌體與宿主菌靠近后,長尾纖維(gp37)識別連接細菌表面一級受體,此時的結合可逆,隨后T4噬菌體在細菌表面依靠長尾纖維移動,當周圍有2~3 個一級受體并與之相連后,信號傳遞導致底板構象改變,釋放短尾纖維(gp12),其不可逆地結合宿主二級受體,最后尾部收縮,注入噬菌體DNA[19]。由于RBPs具有以上特點,將其用作檢測探針有以下優點:易于大量獲得;RBPs具有模塊化的性質,可將受體結合區分離,改造優化,可將具有不同宿主范圍的RBPs融合表達,擴大宿主范圍[20-21];與易發生重組和突變的完整噬菌體粒子相反,克隆原性在生產過程中保持不變,性質穩定,更適于商業化[16,22]。同時RBPs的一些性質也導致了研究的困難:首先,RBPs序列多樣性大,受體識別區序列相似性低,且一種噬菌體可能同時具有一種或者一種以上的RBPs[23],這些特點導致生物信息學方法預測的困難[24];其次,了解噬菌體RBPs的結構能極大促進噬菌體識別機制理論的發展,而尾纖維的柔性結構導致結晶困難,因此對結構研究和識別機制理論的揭示和發展造成了巨大的挑戰[25]。
本研究分析實驗室前期分離得到的1 株沙門氏菌噬菌體LPST144尾纖維gp38的理化性質、遺傳進化關系和二級結構,旨在完成尾纖維基因orf38異源表達純化以及其特異性結合活性的驗證,為后續開發基于噬菌體RBPs為分子探針建立沙門氏菌檢測方法奠定實驗基礎。
噬菌體LPST144由實驗室前期分離保存,為1 株鼠傷寒沙門氏菌(Salmonella typhimuriumATCC13311)烈性噬菌體,短尾科,T7類噬菌體;已完成其基因組測序,GenBank登錄號為MN252582;鼠傷寒沙門氏菌ATCC13311(S. typhimuriumATCC13311)、鼠傷寒沙門氏菌ATCC14028(S. typhimuriumATCC14028)、鼠傷寒沙門氏菌ST-8(S. typhimuriumST-8)、鼠傷寒沙門氏菌UK-1(S. typhimuriumUK-1)、腸炎沙門氏菌SJTUF10978(S. enteritidisSJTUF10978)、腸炎沙門氏菌SJTUF10984(S. enteritidisSJTUF10984)、腸炎沙門氏菌10960(S. enteritidis10960)、金黃色葡萄球菌6538(Staphylococcus aureus6538)和大腸桿菌T10(Escherichia coliT10)為實驗室保藏菌種;沙門氏菌外膜蛋白Ompc為實驗室異源表達純化得到。
根據噬菌體LPST144基因組注釋結果,設計上下游引物擴增orf38基因序列,引物序列如下:orf38F:5’-CGGGATCCCGATGGCACTTAAATT-3’,orf38R:5’-CCGCTCGAGCGGATAGAAGTAGTGAAT-3’(下劃線分別代表BamH I和XhoI酶切位點),由生工生物工程(上海)股份有限公司合成。
限制性內切酶、T4 DNA連接酶、聚會酶鏈式反應產物回收試劑盒 寶日醫生物技術(北京)有限公司;質粒pSmart-I、E.coliBL21 美國Addgene公司;HisPur Ni-NTA Resin蛋白純化樹脂 美國Thermo Fisher公司;BCA蛋白定量試劑盒 默克生命科學;鼠抗組氨酸抗體、山羊抗鼠抗體 北京中杉金橋生物技術有限公司;脫脂奶粉 美國BD-Difco公司;9018型酶標板 美國康寧公司。
5417R小型臺式冷凍離心機 貝克曼庫爾特公司;BSO-130011A2超凈臺 蘇凈集團蘇州安泰空氣技術有限公司;HNY-2102C全溫振蕩培養箱 武漢瑞華儀器設備有限責任公司;M200 PRO酶標儀 瑞士Tecan公司。
1.3.1 噬菌體LPST144 gp38序列理化性質、二級結構和遺傳進化分析
通過在線工具ProtParam(https://web.expasy.org/protparam/)預測gp38序列的理化性質,包括等電點、不穩定系數和親水系數;使用軟件DNAMAN作多序列比對;使用NCBI CDD和Pfam數據庫預測序列保守結構域;通過在線工具PredictProtein(https://www.predictprotein.org/)預測gp38序列的二級結構;利用NCBI BLAST工具查找GenBank數據庫中與gp38具有相似性的序列,并使用MEGA7繪制進化樹(Tree method:Maximum likelihood;Max Seq Difference:0.85;Distance:Grishin)。實驗涉及到的尾纖維同源序列包括:LPST144(QEP53513);BP12A(YP_009303689);phiSG-JL2(YP_001949790);SH2(YP_009289339);SH1(YP_009289339);phiIBBPF7A(YP_004306354);Pf-10(YP_009145638);Ebrios(AVJ51925);Kvp1(YP_002308420);Patroon(QBQ72909);fPS-21(SOO46777);fPS-9(SOL37536);fPS-19(SOO46422);fPS-89(SOO46625);vB_KpnP_NahiliMali(QEG13382.1);fPS-10(SOO46575.1);vB_KpnP_Sibilus(QEG12954.1);fPS-59(SOO46827);vB_KpnP_Emp27(QEG11854.1);E-2(YP_009226215);2050H2(ASZ79018);phiYeO3-12(NP_052117);T7(AAM43539);13a(YP_002003979);YpsP-G(AFK13534);T3(NP_523342);phiA1122(NP_848304)。
1.3.2 尾纖維基因orf38的克隆以及重組表達載體的構建
以噬菌體LPST144的基因組為模板,設計引物orf38F(5’-CGGGATCCCGATGGCACTTAAATT-3’)、orf38R(5’-CCGCTCGAGCGGATAGA-AGTAGTGAAT-3’)(下劃線分別代表BamH I和XhoI酶切位點)擴增目的基因orf38。使用限制性內切酶BamH I和XhoI酶切擴增產物和質粒pSmart-I,參照TaKaRa公司的BamH I和XhoI說明書,配制酶切體系并選擇最佳酶切條件。按照QIAquick Gel Extraction Kit操作說明書對酶切產物進行回收,根據T4 DNA連接酶的說明書,將目的基因與質粒pSmart-I的雙酶切產物進行連接,構建重組表達載體,然后轉化BL21感受態細胞。使用質粒提取試劑盒提取重組質粒后用EcoR I和XhoI進行雙酶切鑒定,將酶切鑒定正確的重組質粒送至公司測序。
1.3.3 重組蛋白的表達和純化
挑取陽性單克隆接種于含50 μg/mL卡那霉素的LB培養基中,37 ℃過夜培養。取1 mL轉接于100 mL含卡那霉素的LB培養基中,37 ℃培養至OD600nm值為0.6~0.8左右。吸取1 mL未經誘導的菌液作為陰性對照,在剩余的菌液中加入異丙基-β-D-硫代半乳糖苷(isopropyl-β-D-thiogalactoside,IPTG)(終濃度1 mmol/L)誘導,將加入IPTG后的菌液分別按下列條件進行培養:16 ℃培養12 h,37 ℃培養12 h,16 ℃培養4 h以及37 ℃培養4 h。收集不同表達條件的樣品,12 000 r/min離心15 min收集菌體。用10 mL的磷酸鹽緩沖液(phosphate buffered solution,PBS)重懸菌體,超聲破碎細胞(功率200 W),超聲時間2 s,間隔2 s,總計40 min,之后12 000 r/min離心10 min收集上清液。分別取10 μL樣品進行十二烷基硫酸鈉-聚丙烯酰胺凝膠電泳(sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis,SDS-PAGE)驗證表達情況。
取上述最佳表達條件下的上清液樣品,采用HisPur Ni-NTA樹脂親和層析純化目的蛋白,取1 mL親和樹脂裝柱,鎳柱用PBS平衡后,加入破碎后的上清樣品過柱,分別使用含有50、300 mmol/L咪唑的PBS洗去雜蛋白,并洗脫目的蛋白。純化后的目的蛋白透析處理,在0.01 mol/L PBS中,4 ℃過夜去除咪唑。將透析后的蛋白樣品利用10 kDa超濾管濃縮,4 000 r/min低溫離心30 min,棄去濾出液。將最終截留的蛋白樣品分裝置于-20 ℃保存,取5 μL進行SDS-PAGE檢測。采用BCA蛋白定量試劑盒繪制標準曲線,計算樣品中的蛋白濃度。
1.3.4 重組蛋白的活性檢測
將宿主鼠傷寒沙門氏菌ATCC13311培養至OD600nm值為0.8~1.2,平板計數,離心收集菌體,用1 mL無菌PBS將菌體懸浮于離心管,終質量分數為0.4%的甲醛滅活,4 ℃過夜;將滅活后的菌體用無菌PBS洗滌4 次,并以無菌PBS調整菌濃度至107CFU/mL,取100 μL宿主菌和其他6 株不同血清型的沙門氏菌(鼠傷寒沙門氏菌ATCC14028、鼠傷寒沙門氏菌ST-8、鼠傷寒沙門氏菌UK-1、腸炎沙門氏菌SJTUF10978、腸炎沙門氏菌SJTUF10984、腸炎沙門氏菌10960)包被于96 孔板,同時包被100 μL 5 μg/mL沙門氏菌外膜蛋白、100 μL 107CFU/mL滅活后的金黃色葡萄球菌6538和大腸桿菌T10以及100 μL PBS對照,4 ℃過夜;加入300 μL 3%脫脂牛奶于37 ℃封阻2 h,用PBST(含0.05%吐溫20的PBS)洗滌5 次后每孔加入100 μL 0.05 mg/mL的gp38蛋白(加100 μL PBS作為對照),37 ℃孵育1 h,再依次加入50 μL 0.2 μg/mL鼠抗組氨酸抗體(一抗)、50 μL 0.2 μg/mL山羊抗鼠抗體(二抗),每一步之間用PBST洗滌5 次。然后加入底物3,3’,5,5’-四甲基聯苯胺在37 ℃顯色15 min,最后加入50 μL 2 mol/L硫酸溶液終止反應,并在450 nm波長處測定吸光度。
實驗重復3 次,每次設3 個平行。運用GraphPad Prism軟件進行繪圖和分析,實驗數據采用ANOVA進行Duncan差異分析(P<0.05,差異顯著)。
利用ProtParam工具對gp38序列理化性質進行分析,gp38由646 個氨基酸組成,等電點為5.94。不穩定系數為22.37,親水系數為-0.368。一般而言,不穩定系數小于40表明該蛋白較為穩定,親水系數為負值表明該蛋白具有一定的親水性。從圖1可見,gp38的氨基酸中含量最高的是丙氨酸(A),占全部氨基酸的11.5%,甘氨酸(G)、蘇氨酸(T)、纈氨酸(V)、精氨酸(R)和天冬酰胺(N)含量較高,占比在6.5%~9.4%之間,含量最低的是半胱氨酸(C),占全部氨基酸的0.5%。非極性氨基酸占比為39.8%,極性氨基酸的占比較高為60.2%,其中帶正電荷的極性氨基酸(K+R+H)有82 個,占12.7%,帶負電的極性氨基酸(D+E)有74 個,占11.4%,其余的極性氨基酸為233 個,占36.1%。

圖1 噬菌體LPST144尾纖維gp38氨基酸組成Fig. 1 Amino acid compositions of phage LPST144 tail fiber gp38
將噬菌體LPST144 gp38的氨基酸序列與NCBI nr數據庫做BLAST比對,根據比對結果,選擇相似度較高的序列用于后續的進化分析。如圖2所示,噬菌體LPST144與噬菌體BP12A單獨聚為一簇,相似度最高、親緣關系最近,而與其他噬菌體T7、T3等親緣關系明顯較遠,表明噬菌體LPST144和BP12A的尾纖維在序列上與nr數據庫中其他噬菌體的尾纖維具有明顯的差異。

圖2 噬菌體LPST144尾纖維gp38的遺傳進化分析Fig. 2 Genetic evolution analysis of phage LPST144 tail fiber gp38
根據圖2結果,選擇親緣關系不同的8 種噬菌體尾纖維(表1)進一步比對分析。如圖3A所示,序列比對結果顯示N端保守性較好,同時在該區域預測到兩個保守結構域,分別是:1~261位尾纖維蛋白,CDD數據庫索引號為cl28018;279~331位噬菌體尾部領狀區域,Pfam數據庫索引號為pfam07484;而C端序列變異度較大。據文獻報道,噬菌體尾纖維的N端通常與噬菌體主體連接,C端負責結合宿主菌,宿主菌表面受體的多樣性導致C端序列的多樣性[26]。前期工作中鑒定了T7與LPST144同屬于Teseptimavirus屬,T7噬菌體的尾纖維gp17與噬菌體LPST144的尾纖維gp38的氨基酸序列相似度為41%,覆蓋率為54.21%。Garcia-Doval等[27]于2012年對T7噬菌體尾纖維gp17 C端377~533位進行了結構解析,結果表明T7噬菌體gp17最后84 個氨基酸(470~553位)由8 個β-折疊結構(B~I)和無規卷曲組成,形成4 個主要環狀結構(BC、DE、FG和HI環),構成T7噬菌體尾纖維尖端結構域的一個單體,是識別和結合宿主菌受體的關鍵序列。因此將這一部分區域進一步比對分析,結果如圖3B所示,總體來看,LPST144與BP12A尾纖維序列匹配非常好,在這一區間內僅有兩個堿基的差異,而與phiSGJL2、SH1、SH2和T7、YpsP-G、T3、phiA1122,分為3 組,組內各自匹配度較好,驗證了圖2進化分析的結果,另一方面,由于各組之間序列差異大,未找到整體的核心保守區。

表1 噬菌體LPST144尾纖維gp38的同源性分析Table 1 Homology analysis of phage LPST144 tail fiber gp38
噬菌體T7 gp17的C末端富含β-折疊的區域是受體識別結合關鍵區,目前已知其520位的天冬氨酸(D)突變為谷氨酸(E)后可裂解E. coliB,544位的纈氨酸(V)突變為丙氨酸(A)后可裂解E. coliK12[28],高同源性噬菌體phiA1122尾纖維523位亮氨酸(L)突變為絲氨酸(S)后,其宿主譜也發生了改變[29](圖3B下劃線標記處)。通過分析比較LPST144 gp38 C末端的二級結構,發現同樣存在大量的β-折疊結構,推測這些富含β-折疊的區域可能與宿主表面受體的識別和結合有關。不同的是T7 gp17的金字塔結構和頂端結構之間由1 個α-螺旋結構連接,頂端結構由8 個β-折疊和無規卷曲結構組成,gp38的C末端由12 個β-折疊(a~n)結構組成,緊接的是1 個α-螺旋結構(o)。T7 gp17具有2 個半胱氨酸(C),不形成二硫鍵,gp38具有3 個半胱氨酸(C),預測結果顯示同樣未形成二硫鍵。另一方面,前期工作中已經鑒定了LPST144與BP12A屬于兩個不同的物種(未發表),理論上兩者的宿主范圍會有一定的差異,其gp38 C末端與噬菌體BP12A尾纖維C末端高度相似,僅有2 個氨基酸(533位和612位)的差異(圖3B方框標記位點),推測這2 個位點可能是受體識別和結合的關鍵位點。

圖3 噬菌體LPST144尾纖維gp38序列比對分析Fig. 3 Amino acid sequence alignment analysis of phage LPST144 tail fiber gp38

圖4 重組質粒pSmart-I-gp38雙酶切電泳圖Fig. 4 Electrophoresis profile of recombinant plasmid pSmart-I-gp38 after double enzyme digestion
以噬菌體LPST144的基因組序列為模板,設計上下游引物擴增目的基因,使用限制酶BamH I和Xho I酶切擴增產物和pSmart-I空質粒,使用T4連接酶進行連接,構建重組表達載體pSmart-I-gp38。采用Xho I和EcoR I對重組表達載體進行雙酶切鑒定,結果如圖4所示,酶切產物中包括目的條帶(約2 100 bp)和載體條帶(約5 400 bp)。同時根據重組質粒的測序結果,表明基因orf38正確插入載體pSmart-I中,重組表達載體pSmart-I-gp38構建成功。
重組表達載體pSmart-I-gp38轉化感受態大腸桿菌BL21后,使用IPTG誘導表達,并探究在不同誘導條件下的表達效果。從圖5A可知,在80 kDa左右出現預期目的條帶,目的蛋白為82.89 kDa。另外,37 ℃誘導4 h上清蛋白表達效果最佳,目的條帶明顯,雜帶淺,因此確定選擇37 ℃誘導4 h,并選擇上清蛋白作為目的蛋白源進行純化。重組蛋白純化結果如圖5B所示,可知在75~100 kDa之間出現目標條帶,經BCA試劑盒定量測定其質量濃度為0.5 mg/mL。

圖5 gp38蛋白的表達與純化Fig. 5 SDS-PAGE profiles of expressed and purified gp38 protein
將宿主沙門氏菌ATCC13311加入酶標板過夜,使其附著在酶標板上;脫脂牛奶封阻后加入gp38蛋白進行孵育;然后依次加入一抗、二抗和底物進行顯色,加入濃硫酸終止反應,檢測重組蛋白的結合活性。結果表明(圖6),實驗組(加gp38蛋白)的吸光度為0.94±0.02,極顯著高于陰性對照(PBS代替gp38蛋白)的吸光度0.17±0.01,表明gp38蛋白具有受體結合活性。為進一步驗證gp38蛋白的結合特異性,分別用大腸桿菌T10、沙門氏菌外膜蛋白、金黃色葡萄球菌6538和PBS代替宿主沙門氏菌ATCC13311作為對照組,并測試其他6 株不同血清型的沙門氏菌。如圖7所示,對照組吸光度分別為0.58±0.03、0.56±0.01、0.59±0.03、0.53±0.005,實驗組(包括宿主在內的7 株沙門氏菌組)的吸光度較各對照組明顯更高,且gp38蛋白與大腸桿菌T10、金黃色葡萄球菌6538和外膜蛋白的結合較PBS無明顯差異,表明LPST144尾纖維gp38具有特異的受體結合活性。

圖6 重組蛋白gp38對宿主菌的結合活性Fig. 6 Binding activity of recombinant protein gp38 to host cells

圖7 重組蛋白gp38的特異性結合活性Fig. 7 Specific binding activity of recombinant protein gp38
沙門氏菌噬菌體LPST144是本實驗室前期分離得到的1 株短尾科噬菌體,其吸附時間短,9 min便達到最大吸附量77.57%,具有用于沙門氏菌快速檢測方法開發的潛力。通過測序分析,鑒定其與T7噬菌體同屬于Teseptimavirus屬,預測了其尾纖維gp38(發表中),本研究對其尾纖維進行了進一步的序列分析和活性鑒定。目前已知晶體結構信息的尾纖維或尾刺數量非常有限,現已有報道的RBPs晶體結構有短尾科噬菌體P22的尾刺gp9[30]、T4噬菌體的gp37[31]以及T7噬菌體的尾纖維gp17[27],通過對LPST144 gp38進行序列分析,發現LPST144尾纖維gp38與T7噬菌體尾纖維gp17的N端序列具有較好的相似性,C端相似性卻極差。并通過遺傳進化、多序列比對和二級結構分析,發現其滿足RBPs的以下特征:具有模塊化的性質,N端保守性強而C端多樣性大;C端富含β折疊結構;序列相似性低。將其C端序列與GenBank數據庫比對,發現僅與BP12A的尾纖維具有較好的相似性,而與其他序列同源性不高。BP12A為1 株沙門氏菌噬菌體,GenBank登錄號為KM366096,經基因組比較鑒定,其與噬菌體LPST144是2 個不同的物種,理論上宿主范圍存在一定差異,而兩者的尾纖維C端僅有兩個位點(533位和612位)的差異,因此推測這兩個位點可能是受體結合關鍵氨基酸。由于PDB數據庫中缺乏能夠滿足同源建模要求的結構模板,而采用從頭計算的方法預測得到的三維結構未能通過評估,因此未能得到gp38三維結構,而LPST144的尾纖維與其他噬菌體(除噬菌體BP12A)的尾纖維幾乎沒有相似性,因此未來有必要對其空間構象進行解析,為擴寬其宿主譜提供指導依據。
目前報道的常用于沙門氏菌檢測的RBPs有短尾科噬菌體P22的尾刺gp9[17]和肌尾科噬菌體S16的尾纖維gp38[32],本研究對短尾科噬菌體LPST144的尾纖維進行異源表達,驗證了尾纖維gp38的特異性結合能力。在異源表達實驗中,最初使用的表達質粒為pET28b,由于表達產物溶解性差形成包涵體,于是在后續的實驗中采用了攜帶His標簽和SUMO標簽的促融表達質粒pSmart-I。實驗結果表明,增加SUMO標簽能顯著提高目的蛋白的溶解性。通過考察確定最佳的誘導條件為37 ℃誘導4 h,純化后測定其蛋白質量濃度為0.5 mg/mL。在目的蛋白結合能力的實驗中,gp38蛋白加入后的吸光度較陰性對照明顯提高,表明了gp38蛋白對于宿主菌具有較強的結合能力。在驗證其特異性結合能力的實驗中,發現gp38對于宿主菌以及其他6 株受試的不同血清型沙門氏菌較大腸桿菌T10、沙門氏菌外膜蛋白、金黃色葡萄球菌6538和PBS代替宿主菌對照組的吸附明顯更強,而包被大腸桿菌T10、沙門氏菌外膜蛋白和金黃色葡萄球菌6538組與PBS代替宿主菌對照組無顯著性差異,表明了gp38蛋白的結合特異性,相比于常見的酶聯免疫吸附實驗,實驗結果中對照組的吸光度偏高,推測這種現象的產生可能是由于gp38重組蛋白N端的SUMO標簽未切割所造成,產生了一定的非特異性結合。通常情況下,重組表達蛋白的活性受到表達條件(溫度、pH值等)、表達菌株和表達過程中重組蛋白是否正確折疊等諸多因素的影響,因此,后期還有待對這樣因素加以考慮并優化條件,針對這一問題進行改進。通常RBPs的宿主范圍會與完整噬菌體顆粒相當或者更為廣泛,沙門氏菌血清型眾多,目前已分離鑒定2 600多種,同時可大規模測定gp38結合的宿主范圍,以明確檢測的對象范圍。已知目前報道的用于沙門氏菌的分子探針P22 gp9和S16 gp38對部分其他血清型鼠傷寒沙門氏菌作了測試,而鼠傷寒沙門氏菌ATCC13311均未被測試,一般來講,由于RBPs的序列差異大,且沙門氏菌血清型眾多(目前已發現超過2 600 個沙門氏菌血清型),能夠結合的宿主范圍差異也會很大。另一方面,本實驗是一個初步的功能驗證實驗,其目的在于證明gp38具有RBPs特異性結合活性,具有作為檢測探針的潛力,后期課題組將進一步優化gp38重組表達和活性研究并開發檢測方法。一般來說檢測靈敏度是針對檢測體系的建立,因此目前未能進行靈敏度的比較。
迄今為止,沙門氏菌感染仍然是世界范圍內主要的公共衛生問題,每年沙門氏菌的感染事件給人類健康以及經濟社會造成重大負擔,噬菌體作為細菌的天敵,能夠特異性吸附并侵染宿主菌,給沙門氏菌的檢測提供了新的思路。本研究對短尾科沙門氏菌噬菌體LPST144的尾纖維基因orf38進行研究,預測了其序列和結構信息,通過異源表達純化,驗證了gp38具有特異性結合宿主沙門氏菌以及實驗中其他受試沙門氏菌的能力,為開發基于噬菌體RBPs為分子探針建立沙門氏菌的檢測方法奠定了實驗基礎,同時也為理解噬菌體與宿主菌的相互作用提供了依據。