肝細(xì)胞肝癌中TCF3表達(dá)及與預(yù)后的關(guān)系

謝 雪，石毓君，劉玉萍

肝細(xì)胞肝癌(hepatocellular carcinoma, HCC)是臨床上常見的惡性腫瘤之一。2015年我國新增肝癌病例達(dá)46.61萬，HCC引起的腫瘤相關(guān)死亡僅次于肺癌和胃癌，位居第三[1]。因此，探尋HCC發(fā)生過程的關(guān)鍵分子具有重要意義。本實(shí)驗(yàn)分析了癌癥基因組圖譜(the cancer genome atlas, TCGA)數(shù)據(jù)庫中HCC的表達(dá)譜數(shù)據(jù)[2]，發(fā)現(xiàn)TCF3 mRNA(也稱為E2A)在腫瘤組織中高表達(dá)。作為E蛋白家族核轉(zhuǎn)錄因子的一員，TCF3蛋白參與大量基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控，在B淋巴細(xì)胞形成及淋巴瘤發(fā)生中發(fā)揮關(guān)鍵作用[3-4]；此外，TCF3還參與了結(jié)腸癌起始、上皮-間質(zhì)轉(zhuǎn)化(epithelial-mesenchymal transition, EMT)和轉(zhuǎn)移，以及胰腺癌細(xì)胞增殖等方面的調(diào)控[5]。由此可見，TCF3與腫瘤的發(fā)生密切相關(guān)，但其在HCC中的研究報(bào)道較少，僅有一項(xiàng)體外研究有所提及[6]。因此，本實(shí)驗(yàn)利用TCGA數(shù)據(jù)庫及華西醫(yī)院收治的存檔HCC標(biāo)本，分析TCF3蛋白表達(dá)與臨床病理特征、預(yù)后的相關(guān)性，并利用生物信息學(xué)手段分析了與TCF3 mRNA表達(dá)相關(guān)的基因及有關(guān)的信號(hào)通路，為深入研究HCC的發(fā)病機(jī)制及篩選可靠的預(yù)后標(biāo)志物提供線索和依據(jù)。

1 材料與方法

1.1 數(shù)據(jù)收集、篩選和分析從TCGA官方網(wǎng)站的肝癌項(xiàng)目中(https://www.cancer.gov/)獲得374個(gè)HCC患者基因表達(dá)數(shù)據(jù)，包括374例HCC癌組織樣本和其中50例配對(duì)癌旁組織樣本測(cè)序結(jié)果。剔除臨床信息不完整的數(shù)據(jù)，最終保留240例HCC患者的完整數(shù)據(jù)進(jìn)行進(jìn)一步分析。

1.2 基因富集分析(gene set enrichment analysis, GSEA)采用Gsea-3.0軟件進(jìn)行分析，利用GSEA網(wǎng)站MsigDB數(shù)據(jù)庫獲取c2.cp.kegg.v6.2.symbols.gmt數(shù)據(jù)集，按默認(rèn)的加權(quán)富集統(tǒng)計(jì)方法進(jìn)行富集分析，并將隨機(jī)組合次數(shù)設(shè)置為1 000次。以TCF3表達(dá)作為表型標(biāo)記。利用P值和標(biāo)準(zhǔn)化富集評(píng)分(normalized enrichment score, NES)對(duì)每個(gè)表型的富集途徑進(jìn)行排序。……