基于全基因組重測序技術(shù)分析甜菜InDel標(biāo)記

黃平仙，高永明，劉乃新，付暢，吳玉梅

（1.黑龍江大學(xué)現(xiàn)代農(nóng)業(yè)與生態(tài)環(huán)境學(xué)院，哈爾濱 150080；2.哈爾濱師范大學(xué)生命科學(xué)與技術(shù)學(xué)院，哈爾濱 150025）

0 引言

甜菜屬于石竹目、藜科、甜菜屬，甜菜最初生長于歐洲西南部地區(qū)，是甘蔗以外的第二大糖料來源。甜菜產(chǎn)業(yè)在我國北方占有重要地位，甜菜糖業(yè)在西北、東北穩(wěn)定發(fā)展，在華北呈不斷提升發(fā)展態(tài)勢[1]。分子標(biāo)記、基因工程、組學(xué)技術(shù)等為甜菜的深入研究提供了重要技術(shù)手段[2]。在遺傳育種研究中能夠快速、高效且準(zhǔn)確地識別甜菜品種十分重要。目前應(yīng)用于物種鑒定試驗中的分子標(biāo)記技術(shù)主要有SCoT[3]、SSR[4]和SRAP[5]等，主要用于甜菜物種鑒定的技術(shù)有SSR[6]、SRAP[7]和ISSR[8]，每種方法各有長處。

全基因組重測序技術(shù)是針對人類已經(jīng)掌握全部基因組序列的個體進(jìn)行基因組測序，并將所取得的結(jié)果與個體、群體的基因組進(jìn)行差異性分析，將測序后得到的結(jié)果與已經(jīng)掌握的基因組進(jìn)行比對，可以檢測出全基因組內(nèi)的插入、缺失突變和核苷酸序列改變等多種變異信息，全基因組重測序后得到的數(shù)據(jù)是鑒定經(jīng)濟(jì)動、植物遺傳性狀的重要依據(jù)，可根據(jù)基因組變化的結(jié)果針對多種突變進(jìn)行開發(fā)利用，為各種經(jīng)濟(jì)作物的品種篩選提供便利[9]。InDel 標(biāo)記是根據(jù)不同個體基因組同源序列發(fā)生的核苷酸片段插入或缺失而開發(fā)的，InDel位點(diǎn)在基因組內(nèi)分布廣、密度高、變異率高，InDel標(biāo)記技術(shù)的可重復(fù)性好并且成本不高昂[10-11]。因此利用全基因組重測序技術(shù)……