S100P在NSCLC中的表達、信號通路和預后關系生物信息分析及驗證

湯山松 劉娟

1資陽市人民醫(yī)院腫瘤科641300;2四川省人民醫(yī)院病理科,成都610000

肺癌是臨床上最為常見的惡性腫瘤,其發(fā)病率在男性為第一位,女性為第二位,且病死率位居所有腫瘤的第一位[1]。一直以來,肺癌都是影響人類生存健康的重大難題之一。近期發(fā)布的全球癌癥統(tǒng)計報告顯示,肺癌、氣管和支氣管腫瘤發(fā)病率及病死率居各種癌癥之首位[2]。因此,找出特異度、敏感度更高的蛋白及基因標志物,對于肺癌的早期診治及評估預后具有重要價值。

近些年的研究表明S100P 在人類多種惡性腫瘤中呈現(xiàn)明顯上調(diào)表達,并與患者腫瘤病理學特征存在一定的關系[3]。然而S100P 在非小細胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)患者腫瘤組織和癌旁組織中的表達情況及其與NSCLC 患者生存關系研究鮮有報道。本研究采用生物信息學方法分析TCGA 數(shù)據(jù)庫中S100P的表達水平及其高低表達與NSCLC 患者總生存期 (overall survival,OS)和無疾病進展生存期 (disease free survival,DFS)的關系。同時,采用免疫組織化學法檢測48例NSCLC患者腫瘤組織中S100P 蛋白表達水平,并分析其與患者臨床病理特征的關系,對前述生物信息分析結果進行驗證。

1 對象與方法

1.1 S100P表達水平分析 在TCGA 數(shù)據(jù)庫中分析“肺癌”“非小細胞肺癌” “鱗癌” “腺癌”和“S100P基因”檢索物種為人類,分析S100P 基因在多種組織中的變動情況,并比較其在腫瘤組織和對應的癌旁正常組織中的差異表達情況。認為存在組織差異表達的條件為S100P基因m RNA 上調(diào)或下調(diào)表達超過2 倍 (|Log2FC|＞1),且P＜0.05[4]。

1.2 S100P 蛋白網(wǎng)絡分析 采用STRING 數(shù)據(jù)庫,與S100P相互作用蛋白網(wǎng)絡,并分析其相關蛋白聚類情況,S100P 蛋白-蛋白相互作用網(wǎng)絡構建條件為置信度大于0.5,相互作用來源為共表達、基因功能和比鄰關系[5]。……