上海地區(qū)PIK3CA基因突變檢測室間質量評價分析*

王雪亮，徐幸，魏萌，孔駿，肖艷群，周靖(上海市臨床檢驗中心分子生物學室，上海200126)

磷脂酰肌醇-3-激酶催化亞單位α(phosphatidylinositol-4,5-Bisphosphate 3-Kinase，PIK3CA)是Ⅰ類磷脂酰肌醇-3-激酶p110α催化亞基的編碼基因。作為PI3K-AKT-mTOR信號通路關鍵組成部分，PIK3CA基因突變會導致腫瘤患者對表皮生長因子受體等靶向藥物耐藥，從而使得治療效果不佳[1-2]。因此，治療前準確了解PIK3CA突變狀態(tài)，對指導腫瘤患者用藥并降低治療風險具有重要意義。

當前臨床上PIK3CA突變檢測常用方法有擴增阻滯突變系統(tǒng)(amplification refractory mutation system，ARMS)、Sanger測序、高通量測序(next-generation sequencing，NGS)等。除了方法學眾多外，還有較多的實驗室自建方法，不同方法檢測結果可能存在差異。先前研究表明，實驗室間分子病理檢測項目結果一致性較差[3-5]，但目前尚未見PIK3CA突變檢測能力評估的報道。因此，本研究擬開展PIK3CA基因突變檢測的室間質量評價，以期發(fā)現(xiàn)實驗室相關項目存在的問題，進一步改善和提高其檢測質量。

1 材料與方法

1.1樣本 室間質評樣本購自菁良基因科技(深圳)公司，其通過基因編輯或者細胞篩選方法得到具有明確PIK3CA突變(H1047R、E545K、E542K)的細胞及野生型細胞，而后經(jīng)福爾馬林固定石蠟包埋(formalin-fixed paraffin-embedded，F(xiàn)FPE)制備而成。FFPE樣本經(jīng)微滴式數(shù)字PCR檢測，突變型樣本的突變比例約為50%。每支樣本管中放置1卷蠟片，組織厚度為15～20 μm，置于2～8 ℃保存。

1.2主要儀器與試劑 ABI 7500熒光定量PCR儀、NanoDrop One超微量紫外分光光度計(美國Thermo Fisher Scientific公司)；Centrifuge 5424R高速離心機(德國Eppendorf公司)。人類PIK3CA基因突變檢測試劑盒(熒光PCR法)、FFPE DNA核酸提取試劑(廈門艾德生物醫(yī)藥科技公司)。

1.3室間質評樣本的分析

1.3.1樣本DNA提取與檢測 取不同PIK3CA基因型FFPE樣本，使用FFPE DNA核酸提取試劑提取DNA，純化的DNA用NanoDrop One超微量分光光度計測定其濃度。……