利用SNP芯片信息評估新疆近交牛基因組純合度

師睿，張毅，王雅春，黃濤，盧國昌，岳濤，盧振西，黃錫霞，衛(wèi)新璞，馮書堂，陳軍，烏蘭·卡格德爾，茹先古麗·阿不力孜，努爾胡馬爾·木合塔爾

研究報告

利用SNP芯片信息評估新疆近交牛基因組純合度

師睿1，張毅1，王雅春1，黃濤2，盧國昌3，岳濤4，盧振西3，黃錫霞5，衛(wèi)新璞6，馮書堂7，陳軍8，烏蘭·卡格德爾8，茹先古麗·阿不力孜8，努爾胡馬爾·木合塔爾8

1. 中國農(nóng)業(yè)大學(xué)動物科技學(xué)院，農(nóng)業(yè)農(nóng)村部動物遺傳育種與繁殖(家畜)重點實驗室，畜禽育種國家工程實驗室，北京 100193 2. 新疆石河子大學(xué)動物科學(xué)技術(shù)學(xué)院，石河子 832000 3. 新疆錦盛旺農(nóng)業(yè)科技有限公司，塔城 834700 4. 新疆塔城地區(qū)畜牧科技研究推廣中心，塔城 834700 5. 新疆農(nóng)業(yè)大學(xué)動物科學(xué)學(xué)院，烏魯木齊 830052 6. 新疆呼圖壁種牛場有限公司，昌吉 831100 7. 中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京畜牧獸醫(yī)研究所，北京 100193 8. 新疆維吾爾自治區(qū)畜牧總站，烏魯木齊 830009

新疆近交牛是經(jīng)45年近親繁育形成的近交群體，但由于繁育記錄缺失，其原始親本品種未知。為了明確新疆近交牛的遺傳背景，并探索利用基因組信息評價牛群近交水平的可行性，本研究利用該群體及荷斯坦牛、新疆褐牛和哈薩克牛等16個國內(nèi)外牛品種的SNP芯片數(shù)據(jù)，應(yīng)用主成分分析和Admixture方法對塔城地區(qū)新疆近交牛的群體結(jié)構(gòu)進行分析；通過進一步計算新疆近交牛、荷斯坦牛、新疆褐牛和哈薩克牛的群體遺傳學(xué)參數(shù)以及基因組近交指標評估各群體近交程度；結(jié)合新疆近交牛的體型分類和基因組近交指標信息，探討了個體近交程度與體型表現(xiàn)的關(guān)系；……