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電子實驗記錄本研究

2019-10-17 09:19:09李丹
無線互聯科技 2019年13期

李丹

摘? ?要:電子實驗記錄本是一種安全、可靠的軟件系統,它匯聚多種來源的實驗數據,支持記錄實驗的完整過程和結果,并將其打包成法律法規認可的文件,支持搜索、協作和數據挖掘。由于滿足法規要求和電子數據易搜索和協作的優勢,ELN引起了企業、高校科研和管理人員的廣泛關注。文章從ELN的基礎知識入手,詳細介紹了ELN的定義、歷史、品牌(如InELN)和現狀,及對未來的展望。

關鍵詞:ELN;LIMS;實驗室數據;數字化實驗室

隨著技術的進步,電子化數據急劇增加,特別是搜索、協作需求的不斷增長,不易協作的紙質實驗記錄本正在消失,電子實驗記錄本(Electronic Lab Notebook,ELN)正在快速發展,實現了實驗數據電子采集、搜索、共享、輕松備份、訪問和數據挖掘等。電子實驗記錄本可作為法律文件,在法庭上用作證據,用于解決知識產權糾紛,被各國制藥監管部門認可。制藥行業是電子實驗記錄本研發和使用的早期推動者,2007年國際主流制藥公司均已經上線電子實驗記錄本[1],農業、精細化工和石化公司也紛紛加入。本文系統地介紹了ELN的定義、用途、分類、組成、合規性和主流ELN供應商,如InELN,E-notebook等,分析了ELN與實驗室信息管理系統(Lab Information Management System,LIMS)的不同,最后對ELN的歷史和未來進行了總結和展望。

1? ? 電子實驗記錄本的定義

根據美國歐洲和日本國家船東協會委員會的定義,電子實驗記錄本為“滿足所有法律、法規、技術和科學專業性要求,用于創建、存儲、檢索和共享完整數據的電子實驗記錄系統”[2]。

2? ? 電子實驗記錄本的用途

Michael等[3]調研發現,94%的科學家認為傳統的紙質數據管理存在挑戰,20%的人在“需要時找不到想要的數據”,10%的人在“分享數據和信息時有困難”,9%的人在“協作、更新數據時有問題”。

ELN能促進實驗記錄及時、準確、完整地記錄,ELN避免了低效的手寫,可被身處不同國家和地區的研究團隊同時在線使用[4]。

ELN的使用顯著提高了科研人員、同行評審員和研發主管的工作效率[5]。ELN用戶可以迅速整理和提交電子記錄。食品藥品監督管理局不再需要翻閱數千頁文件,而是直接搜索,加速了審評效率,加速藥物快速上市,有助于提前占領市場。

2011年Atrium Research[6]的報告顯示,科學家使用電子實驗記錄本,促進了信息的查找和重復使用以及更有效的協作。相較于紙質記錄流程,可以有效提升20%的研發效率。這意味著如果有100人的研發團隊,將可空余出20人的研發力量,用于投入更多的研發項目或更深入的研究。

據Vines等[7]研究,使用紙質實驗記錄本時,由于人員流動、潮濕污染、發霉蟲蛀等影響,每年平均數據流失率高達17%。

3? ? 電子實驗記錄本的分類

ELN以復雜程度來區分,可分為基礎版、專業版和高端版[8]。基礎版ELN是一種文字處理器或文字記錄系統,如Word。由于缺乏審計追蹤功能,不能作為證據使用,不能保護知識產權。

專業版ELN必須包含合規的電子簽名和審計追蹤等功能[9],以保護知識產權或滿足監管層的要求,代表品牌有InELN專業版、IDBS等。

高端版ELN除了包括其他版本ELN的所有功能外,還要滿足化學、生物等各類型實驗的專業要求,如具備ChemDraw或InDraw結構式編輯器(兼容cdx文件)、多功能電子表格、自定義模板、與其他系統如LIMS,SDMS,CDS對接(需個性化定制,預算高)、儀器對接(需個性化定制,預算高)等功能。代表品牌有InELN高端版、E-notebook等。

4? ? 電子實驗記錄本的產品形式

ELN有2種產品形式:客戶/服務器模式(Client/Server,C/S)架構和瀏覽器/服務器模式(Browser/Server,B/S)架構。傳統的C/S架構:客戶端+本地服務器,要求在個人電腦上安裝ELN的客戶端軟件,同時,也要在客戶服務器上安裝ELN服務器端軟件和數據庫。

現代的B/S架構:本地服務器或云服務器部署,只需用戶電腦上安裝了瀏覽器,即可使用ELN,可以跨平臺,支持在臺式機、平板電腦、手機或其他移動設備上使用。

5? ? 電子實驗記錄本的產品組成

ELN主要由以下模塊組成:人員和權限模塊、記錄模塊、文本和表格編輯、文件管理、模板管理、協作模塊、審核管理、審計追蹤(Audit trail)、電子簽名、導入導出管理、存檔備份管理、安全模塊、項目管理等。

6? ? 電子實驗記錄本的合規性

ELN要合規,需主要滿足FDA、國家藥品監督管理局(National Medical Products Administration,NMPA)、歐盟藥品生產質量管理規范(Good Manufacturing Practices,GMP)相關的法規,如:(1)FDA 21 CFR Part 11。(2)《藥物非臨床研究質量管理規范》(國家食品藥品監督管理總局令第34號)。(3)中國GMP中計算機化系統相關電子數據條款。(4)歐盟GMP條款中電子記錄條款Annex 11。

7? ? ELN與LIMS的區別

ELN系統是知識管理的解決方案,不是工作流程解決方案。ELN適用于創新、多變的方法發現或樣品數據記錄和管理,處于擬生產或生產階段之前[10]。

LIMS是一種實驗室工作流程解決方案,以樣品數據質量和合規性為核心。此處的樣品指擬生產或生產中抽樣的樣品。

簡而言之,ELN更適合于研發階段的價值發現和創新發現,LIMS更適合于生產或擬生產階段的質量管理。國際主流的制藥企業,ELN和LIMS均會獨立采用,分別用于研發和生產(或試生產)階段的數據管理。因為二者研究內容迥異,研究人員不同,數據互通的需求不高,二者一般獨立使用。在個案中,二者數據可以通過應用程序編程接口對接。

8? ? 挑選電子實驗記錄本的方法

電子實驗記錄本在全球有近50家活躍的供應商,中國境內活躍的供應商不超過10家,主要包括Integle鷹谷電子實驗記錄本(InELN),PE E-notebook,IDBS,達索BIOVIA Workbook等。

如何挑選適合自己的電子實驗記錄本,需要確定以下問題:(1)公司對電子實驗記錄本的核心需求是什么,如合規、數據規范、數據搜索和分享等。(2)需要ELN具備什么樣的專業屬性,如化學結構式編輯器(是否與cdx兼容)、兼容多學科要求等。(3)ELN軟件是否簡單易用。(4)ELN軟件是B/S(電腦上打開瀏覽器即可使用)還是C/S(每臺電腦上安裝軟件后才能使用)架構。一般B/S易于維護,實施和維護成本低。(5)供應商是否有GMP/GLP的ELN客戶實施案例。(6)ELN軟件是否部署在公有云,還是公司內部服務器上。(7)公司的預算是多少,能否承擔昂貴的個性化需求定制費用。

9? ? 電子實驗記錄本的使用歷史

弗吉尼亞理工大學Raymond E.Dessy博士在20世紀80年代中期開始設想電子記錄本的概念,到1994年他提供了ELN的第一個工作實例。直到2000年6月的“全球和國家商業電子簽名法案”(ESIGN)出臺,意味著電子簽名具有法律約束力,從而確認了ELN的合法地位。

在2017年7月,中國NMPA頒發了《藥物非臨床研究質量管理規范》,確定了電子數據可以代替紙質數據,電子簽名與手寫簽名具有相同的法律效力。從那時起,中國的ELN開始快速發展。

10? ? 電子實驗記錄本的發展前景

ELN將被所有的研發科學家用來記錄他們的科學研究,是數字化實驗室的核心組件。電子化只是ELN的第一步,ELN將歷經物聯網化、智能化等階段,最終走向自動化。人們獲取數據將從主動模式,逐步變成被動模式乃至自動模式。ELN積累的數據,也將有力推動基于人工智能的創新藥物研發、仿制藥物研發、生物和化學的基礎研究、新材料研發、新能源研發、功能化妝品研發、化工工藝優化等,實現研發生產力和競爭力的全面提升。

[參考文獻]

[1]PING D,JOSEPH A,KOFMAN,et al.Electronic laboratory notebooks in pharmaceutical R&D:on the road to maturity[J].Journal of the Association for Laboratory Automation,2007(12):157-165.

[2]MICHAEL R,ANIL K R,STEPHEN C,et al.A review of electronic laboratory notebooks available in the market today[J].Journal of the Association for Laboratory Automation,2011(1):90-98.

[3]MICHAEL E.Electronic laboratory notebooks:market and technology overview[J].Scientific Computing,2008(5):99-100.

[4]SAMANTHA K,CERYS W,NICHOLAS G,et al.Electronic lab notebooks:can they replace paper.[J].Journal of Cheminformatics,2017(9):31.

[5]JAMES M M,PETERSON E S,PETERSON B,et al.Internet and multimedia systems and applications(IMSA 2001)[C].Honolulu:the Fifth IASTED International Conference,2001.

[6]HARI K,MACHINA,DAVID J W,et al.Electronic laboratory notebooks progress and challenges in implementation[J].Journal of Laboratory Automation,2013(4):264-268.

[7]TIMOTHY H V,ARIANNE Y K,ROSE L,et al.The availability of research data declines rapidly with article age[J].Current Biology,2014(24):94-97.

[8]ULRICH D,INGO P.A pocket guide to electronic laboratory notebooks in the academic life sciences[J].F1000Research,2016(5):2.

[9]UNKNOWN.Electronic laboratory notebook[EB/OL].(2017-09-29)[2019-07-10].https://www.limswiki.org/index.php/Electronic_laboratory_notebook.limswiki.org.

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