胃腺癌中ceRNA網(wǎng)絡的構建和m iR-204-5p、HOXC8基因的表達及其相關性檢測

王 蕾，任凱凱，馬佳康，陳小華，張萌迪，李丹丹，李曉娜，馬 軍

1)鄭州大學第二附屬醫(yī)院消化疾病研究所鄭州450014 2)鄭州大學第二附屬醫(yī)院腫瘤科鄭州450014 3)漯河市中心醫(yī)院消化內科河南漯河426499 4)鄭州大學第二附屬醫(yī)院放射科鄭州450014 5)鄭州大學第二附屬醫(yī)院檢驗科鄭州450014

胃癌的發(fā)生、發(fā)展與遺傳、環(huán)境及細菌感染有關，據(jù)2018年報道的統(tǒng)計數(shù)據(jù)，全球胃癌分別位于惡性腫瘤發(fā)病率的第5位、死亡率的第2位，提示胃癌的惡性程度較高且預后不佳［1］。胃癌是我國常見的惡性腫瘤之一。通過更多的分子特征的研究，有助于了解胃癌的發(fā)生發(fā)展機制，探索更為有效地診療靶點。近幾年來，非編碼RNA的功能逐漸被大家所認識，包括長鏈非編碼RNA(lncRNA)和微小RNA(miRNA)等。miRNA是一類長為21～23個核苷酸的非編碼小RNA分子，通過基因轉錄后調控與抑制靶基因的表達等途徑來發(fā)揮作用。lncRNA又可作為競爭性內源RNA(ceRNA)調控相關miRNA的功能，形成細胞內復雜的調控網(wǎng)絡。文獻［2-5］報道，有300余個miRNA和胃癌有關，其中miR-204-5p在胃癌中低表達，和胃癌的發(fā)生發(fā)展關系密切。本研究利用TCGA數(shù)據(jù)庫構建了胃腺癌ceRNA網(wǎng)絡，分析重要節(jié)點基因 miR-204-5p及其靶基因HOXC8在胃腺癌中的表達情況，為研究胃腺癌的發(fā)生發(fā)展機制奠定基礎。

1 材料與方法

1．1 TCGA數(shù)據(jù)分析和ceRNA網(wǎng)絡構建 從TCGA 數(shù)據(jù)庫(https://cancergenome．nih．gov/)中下載胃腺癌 mRNA和 miRNA測序數(shù)據(jù)(版本2018．2．23)，使用R語言“edgeR”包篩選差異表達基因，篩選條件為差異倍數(shù)＞2且校正P值＜0．05。利用miRcode、starBase、miRDB、miRTarBase、TargetScan 等數(shù)據(jù)庫和在線工具，預測差異表達基因的靶向調節(jié)關系，構建lncRNA-miRNA-mRNA的ceRNA調控網(wǎng)絡，利用Cytoscape V3．5．1軟件進行作圖。……