我國醫藥類科研機構構建國際學科知識庫聯盟的途徑探索

摘 要 論文通過實例探討了我國科研機構構建國際醫藥類學科知識庫聯盟的三種有效途徑。參與途徑主要適用于我國小型科研機構以成員形式參與發展已十分成熟的國外學科知識庫聯盟;合作途徑主要適用于我國中型科研機構或中小規模的科研機構聯盟與國外學科知識庫或聯盟在運營、資源和服務上進行合作;主導途徑主要適用于我國大型科研機構，特別是獲得國際基金資助并在國際上有一定學科聲望的科研機構，可吸引國外中、小型科研機構為成員，主導構建國際學科知識庫聯盟。

關鍵詞 醫藥類 科研機構 學科知識庫聯盟

分類號 G25

DOI 10.16810/j.cnki.1672-514X.2019.04.013

Abstract This paper explores three ways of constructing international disciplinary knowledge repository union by Chinese medical and pharmaceutical research institutions through examples. Participation way is mainly applicable to our small scientific research institutions participating in the development of foreign discipline knowledge base alliances as the members. The ways of cooperation are mainly applicable to our medium-sized scientific research institutions or small and medium-sized scientific research institutions alliances cooperating with foreign discipline knowledge bases or alliances in operation， resources and services. The leading ways are mainly applicable to our large scientific research institutions. The research institutes， which are funded by international fund and have a certain reputation in international disciplines， can attract foreign small and medium-sized research institutes as members and lead the construction of the international disciplinary knowledge base alliance.

Keywords Medical and pharmaceutical. Research institution. Disciplinary knowledge repository union.

學科知識庫源自英文單詞“Subject Knowledge Repository”或“Disciplinary Knowledge Repository”，是基于學科的開放存取倉儲，即對某一學科的各類資源進行收集、保存，并通過互聯網實現開放存取的知識庫[1]。學科知識庫聯盟則是由同學科或某幾個學科內多個成員構成，專業性強且內容豐富。在醫藥學領域，要構建國家學科知識庫聯盟，除明確其構建主體主要為科研機構，構建要求是在聯盟的運營管理、資金吸納、資源服務等方面具備全球視野以外，還須明確其構建途徑，目前主要有參與、合作、主導三種?；诖?，本文選取了10個醫藥類學科知識庫或聯盟作為研究對象，探討構建國際醫藥類學科知識庫聯盟的方法。

1 從參與途徑構建國際醫藥類學科知識庫聯盟

參與途徑主要適用于我國小型科研機構以成員形式參與發展已十分成熟的國外學科知識庫聯盟，這些聯盟的特征是成員眾多、運營良好、資金充足、資源數量和質量都有保證，例如arXiv。從參與途徑上來說，我國的科研機構只需達到聯盟的成員機構標準，按照規定流程申請加入即可。我國中小型科研機構應選擇成員眾多、運營良好、資金充足、資源的數量和質量都有保證的國際醫藥類學科知識庫聯盟。本文以arXiv為例，探討國際醫藥類學科知識庫聯盟的構建模式。

arXiv由Paul Ginsparg于1991年8月構建，已成功運營接近30年，有約220個成員機構覆蓋全球24個國家，資金來源由Cornell大學圖書館、Simons基金和所有成員機構提供，資源量高達1 377 332條。我國的清華大學、中國科學院的高能物理研究所和文獻情報中心就是其機構成員之一。

（1）arXiv機構會員資質要求。根據arXiv成員咨詢委員會的規定，arXiv的機構成員可以是圖書館、研究機構、實驗室、專業組織、基金會和其他為arXiv提供資助的非盈利機構，但要求該機構年下載量必須是前75%，當然滿足條件的個人、出版商或其他有興趣的組織也可以成為其成員，但沒有投票權[2]。成員機構需要交納的費用，是按照該機構前3年下載量的平均數計算的，下載量在前1～25名的成員每年需繳納4400美元，前26～50名的成員每年需繳納3800美元，前51～100名需繳納3200美元，前101～150名需繳納2500美元，前151～200名需繳納1800美元，200名之后的會員需繳納1000美元[3]。

（2）arXiv機構會員的特權。成為arXiv的機構會員也會有一些會員特權，包括以下幾方面：通過成員咨詢委員會決定arXiv項目的優先次序、新服務的開發、財務的規劃、基金的分配、標準的實施、互操作性、技術的發展和政策的決定，以及宣傳推廣等實際運營問題;獲取更詳細深入的機構使用統計;以arXiv成員機構的身份獲取更多的基金支持等。作為成員機構，可以在資金、運營、存取政策、學科服務、科研數據管理等諸多方面給予聯盟建議和協助。如2016—2019年的Next Generation （arXiv-NG）計劃，Sloan Foundation捐助445 000美元、Heising-Simons Foundation捐助322 000美元用于arXiv改進用戶界面、增加存儲空間、增強檢索功能等技術的發展，Allen Institute for Artificial Intelligence捐助200 000美元支持語義學者試點研究[4]。因此，我國有實力的科研機構也可以對arXiv進行專項資助，甚至與其合作進行專題項目的研發。

如果科研機構想要更深層次介入arXiv的運營管理，則需要加入成員咨詢委員會。成員機構可以在成員咨詢委員會年會之前30天提出書面申請要求成為委員會成員，并通過成員機構選舉產生。成員咨詢委員會有13個具有投票權的委員和5個沒有投票權的委員，一般任期四年。13個具有投票權的委員中有1個固定來自Simons Foundation，5個來自每年提供給arXiv資金占運營總額至少5%的成員機構，7個是由剩下的成員機構選舉產生;5個沒有投票權的委員的作用主要是提供信息和參與討論，這些委員來自arXiv項目總監或科學主管，康奈爾大學圖書館任命的arXiv團隊領導和兩名來自學科咨詢委員會的委員[5]。我國的科研機構還可以進入arXiv的學科咨詢委員會，提供arXiv學科問題的咨詢、監督與指導，并為arXiv的運營和政策制定提供建議。學科咨詢委員會有10～14個可投票委員，其中約2/3的委員是從成員機構中抽簽決定，其余1/3的委員由科學家在年度資助arXiv至少占運營總額25%的基金會中提名，并由其他委員投票產生;5個不可投票委員由康奈爾大學圖書館任命，與成員咨詢委員會類似[6]。

2 從合作途徑構建國際醫藥類學科知識庫聯盟

合作途徑適用于我國中型醫藥類學科知識庫或聯盟，可以選擇與國外學科知識庫或聯盟在運營、資源和服務上進行合作，合作對象一般選擇成員較少，且在資源、服務的數量和質量上有所欠缺的單庫或聯盟，如bioRxiv、Dryad、InterNano Nanomanufacturing Repository、DigitalCommons@The Texas Medical Center。合作模式構建有如下特征：（1）成員機構在十幾到幾十個。如bioRxiv約99個成員都是Scientific Community的成員，Dryad的20個主要成員包括美國科學促進協會、美國遺傳協會等，InterNano Nanomanufacturing Repository的13個主要成員包括阿貢國家實驗室、南加州大學、空軍材料實驗室、大金工業等，DigitalCommons@The Texas Medical Center的成員來自Texas Medical Center管轄的各分支機構，且聯盟運營基本依靠顧問委員會，通過委員會易于溝通合作事宜，如果成員機構太多且資源和服務發展相對完善，一般沒有合作意愿。（2）有意向擴大資金來源渠道而進行合作。（3）在完善存取政策，以及在系統技術層面的拓展合作。（4）在細分學科、文獻類型、資源數量和存儲需求層面上的合作，這是聯盟合作最主要的方面。（5）學科服務合作是聯盟合作的新方向，特別體現在科研數據管理上，可合作聯盟在學科服務特別是科研數據管理上都存在一些欠缺，甚至空白，如bioRxiv幾乎不提供科研數據管理服務，這就為國際聯盟合作提供了契機。

從聯盟模式上說，宜采用“分布采集模式”[7]，參與合作的學科知識庫或聯盟相對獨立，可分別構建和維護各自獨立的平臺，利用共同的數據交互標準與協議，將所有成員庫的元數據整合到一個集中的搜索數據庫中，并構建統一的檢索平臺。該模式確立之后，即可進一步確立運營、資金、存儲政策、系統平臺、學科服務等方面的合作方式。

（1） 運營上的合作可依托于聯盟成員構建的顧問委員會，為了提高工作效率，還可下設一些具體事務的處理部門，無論是具體事務部門還是顧問委員會中，來自我國科研機構的人員比例不能低于1/3。

（2） 資金的合作可以有兩個層次：一是資金全面合作，即合作雙方對合作后的學科知識庫聯盟實行資金統籌分配，設立資金管理部門統籌管理使用;二是資金專項合作，就聯盟合作開發的具體項目進行資金合作。

（3）存儲政策方面，四個聯盟的存儲政策各有優缺點。bioRxiv對預印本資源的提交、已存儲預印本的投稿都有詳細的規定;Dryad的存儲政策主要體現在提交、審查、糾錯、附加數據、語種、格式、存儲空間收費等細節問題的規定;InterNano Nanomanufacturing Repository的存儲政策體現在提交、刪除、記錄更新和文獻類型的方面;DigitalCommons@The Texas Medical Center的存儲政策體現在格式、修訂、刪除和版權問題上。對此，可互相取長補短，并參考其他一些存儲政策，如歐洲科研管理系統組織制定的通用歐洲科研管理系統標準框架，歐盟各國的科研管理系統均遵循該標準，實現系統、數據的標準化與互操作[8]。筆者認為，聯盟合作之后，為更好地避免版權糾紛，存儲政策可進一步細化，國際學科知識庫聯盟共享政策主要涉及Non-Exclusive License和Creative Commons license兩個許可證，即非排他性許可證與創作共用許可證。除此以外使用較多的還有創作共用署名許可證（CC BY），以及該許可證下包含的次級許可，例如國際創作共用署名-相同方式共享許可證（CC BY-SA）[9]、國際創作共用署名-非商業許可證（CC BY-NC）[10]、國際創作共用署名-沒有衍生品許可證（CC BY-ND）[11]、國際創作共用署名-非商業沒有衍生品許可證（CC BY-NC-ND）[12]、國際創作共用署名-相同方式共享-非商業性授權許可證（CC BY-NC-SA）[13]等，合作之后的聯盟可根據不同資源的開放要求及版權考量，采用適合的共享許可證。

（4）四個合作對象使用的系統平臺各不相同。bioRxiv 的系統是Drupal，它是使用PHP語言編寫的開源內容管理框架（CMF），由內容管理系統（CMS）和PHP開發框架共同構成，具有強大的定制開發能力，支持多語言、主題引擎、多模塊、多角色權限管理等。Dryad的系統是DSpace，以內容管理發布為設計目標，遵循BSD協議的開放源代碼數字存儲系統，系統可以收集、存儲、索引、保存和重新發布任何數字格式、層次結構的永久標識符研究數據，其特點是基于存儲的資產管理、以事件觸發構建的工作流機制、以分級權限控制的管理體系。InterNano Nanomanufacturing Repository使用Eprints3作為系統，Eprints是免費及開放源代碼的軟件包，用于構建符合開放文檔主動獲取元數據協議的開放存取知識庫。Digital Commons@The Texas Medical Center的系統是Digital Commons，由Berkeley Electronic Press授權的托管機構知識庫平臺。

Drupal連續多年榮獲全球最佳CMS大獎，是基于PHP語言最著名的WEB應用程序，因此筆者較傾向于合作之后的聯盟系統使用Drupal。當然，合作聯盟的也可各自使用合作之前的平臺，但需解決系統兼容問題。此外，我國科研機構可在軟件技術上給予聯盟合作更多的支持，如構建系統網關（如PubChem Power User Gateway）、開發搜索軟件（如Basic Local Alignment Search Tool、SNP Database Specialized Search Tools）、開發圖像存儲軟件、發送接收軟件（Frequency-weighted Link）、閱讀軟件（如Open Reading Frame Finder）、知識管理與協同軟件（如Atlassian Confluence 5.10.8）等，甚至可基于B/S架構，在開源軟件Drupal的基礎上，采用XAMPP和后端數據庫PostgreSQL開發跨機構學術管理系統[14]。

（5）學科服務，尤其是科研數據管理上的合作與互補是聯盟合作的主要方面。bioRxiv、Dryad、InterNano Nanomanufacturing Repository、DigitalCommons@The Texas Medical Center四個聯盟提供的學科服務與科研數據管理不算豐富，科研數據主要集中在存儲服務，而學科服務主要體現在論文投稿、評論交流、引文管理、數據管理、用戶培訓、文檔處理等方面，因此聯盟合作在學科服務和科研數據管理上有很大的合作發展空間。比如，在推特、臉書、微博、微信等平臺發布存儲資源的推薦與更新，構建科研社區增進用戶之間的科研探討;將合作聯盟的科研數據進行整合，跟蹤數據引用，在科研數據存儲、管理與共享的基礎上，深化科研數據再利用服務;針對搜索引擎對網站的檢索特征，盡量滿足搜索引擎的檢索原則，使聯盟網站在搜索引擎自然檢索結果中排名靠前，增強聯盟網站的曝光度;提供詳細的點擊、下載、引用信息的數據統計，并出具用戶行為統計分析，更細致全面的根據用戶需求調整資源推送方案;構建學者庫，匯集、存檔合作機構內學者的學術成果，展示學者科研經歷和科研合作網絡，進一步挖掘提供學者圖譜、科研圖譜、知識圖譜等高質量、智慧化學科服務，同時為形成新的科研團隊與科研合作提供便利;構建科研團隊學術管理系統，增加合作后的聯盟成員內醫藥類科研機構數量，促進機構間科研合作更加頻繁;為跨機構重組科研團隊提供團隊學術管理或專項科研管理的專門系統。此外，由于醫藥類學科特征，聯盟合作可為用戶提供生物實體突出等專業性服務，或構建實驗數據庫，將學科內所有成員機構可公開的實驗流程，按細分學科進行整理公開，便于用戶學習參考;開發更全面、細致、人性化的文獻、數據、引文管理工具，并培訓用戶使用SPSS、Nvivo R或ArcGIS等軟件進行數據處理。

3 從主導途徑構建國際醫藥類學科知識庫聯盟

主導途徑適用于我國大型科研機構，特別是那些獲得國際基金資助并在國際上有一定學科聲望的機構，聯盟的主要構建工作由我國的科研機構或聯盟完成。我國科研機構首先應借鑒如Ballarat Health Services Digital Repository、Chung Shan Medical University Repository（CSMUIR）、Digital Commons@Becker、Institute of Cancer Research Repository、LENUS （Irish Health Repository）等學科知識庫，不斷提高自身學科知識庫水平，并在此基礎上實現主導構建國際醫藥類學科知識庫聯盟的目標。在聯盟成員的選擇上，要把握以下幾點。（1）機構成員所構建的學科知識庫不宜時間過久，運營要較單一。因為這樣的學科知識庫構建不夠成熟，所以才會有組建聯盟完善自身的愿望。另外，運營機構單一可以加快聯盟構建談判速度，降低談判程序的復雜程度。（2）應傾向于尋找資金來源單一，或者資金略顯緊缺的機構作為其成員，這樣的機構借助聯盟降低自身運營成本的意愿更大一些。（3）只有在存取政策與系統軟件技術上需要改進和完善的知識庫，才會有構建聯盟的意愿。（4）能夠成為聯盟成員機構的學科知識庫，其存儲的學科資源在數量與質量上都是要有一定的優勢，這樣可以將成員機構中的學科資源進行整合分析，更大程度上挖掘資源其學術價值。（5）利用聯盟大平臺整合提高學科服務水平，是吸引成員機構的一個優勢條件，且Ballarat Health Services Digital Repository、Chung Shan Medical University Repository （CSMUIR）、Digital Commons@Becker、Institute of Cancer Research Repository、LENUS （Irish Health Repository）等學科庫均沒有科研數據管理服務，因此作為聯盟，可將科研數據管理作為一個新的開發點。

我國科研機構主導構建國際醫藥類學科知識庫聯盟可采用“集中存儲模式”與“層級構建模式”[7]。“集中存儲模式”是由我國科研機構統一構建、運營和維護學科知識庫聯盟平臺，成員機構將學術資源上傳此平臺系統即可，平臺資源整合、學科服務、發展合作等重大決策均由我國科研機構起主導作用。如果選擇該模式，那么需要構建一個統一的聯盟平臺，并統籌學科資源的采集、整合、管理、格式轉換、建立索引并開放共享，同時還要考慮檢索、導航、推送等其他功能與服務在此聯盟中的“嵌入”。“層級構建模式”是由“管理級”+“支撐級”+“資源級”三級架構而成，如果使用該模式，我國科研機構可參與“支撐級”與“資源級”，但必須在“管理級”中占主導地位，負責聯盟的政策支持、資金運營、發展規劃、協作規范、存儲標準、存取政策以及機構成員分工等統籌性事務。除了確立聯盟模式外，我國科研機構主導構建國際醫藥類學科知識庫聯盟，還需要在運營、資金、技術、政策、資源、服務等方面做更細致的工作。

（1）聯盟的運營資金除了各成員機構可以繳納一些外，主導構建的我國科研機構需要解決更多的資金來源問題。對此，可將聯盟構建作為一個科研項目申報國家、省部級、專項項目基金資助，或申請一些國際、國內橫向項目資助，還可以與國內外數據庫、出版商進行廣告合作、學科服務合作、資源整合分析合作，獲得一些贊助資金，或向用戶提供一些有償學科服務，使聯盟運營的資金渠道豐富而廣泛。

（2）存儲政策應以取長補短為原則。Ballarat Health Services Digital Repository提交頁面的提示按鈕功能值得借鑒，使用戶明晰提交過程，還可以通過單擊按鈕在提交過程中來回移動，且不丟失數據。存儲格式上，可借鑒Ballarat Health Services Digital Repository和LENUS，規定格式，但不局限于“規定的格式”，如果提交的資源格式不在可選列表中，只需注明創建資源的應用程序名稱及版本即可。共享政策可參考“合作途徑”中闡述的共享政策內容。

（3）Ballarat Health Services Digital Repository、Chung Shan Medical University Repository （CSMUIR）、Digital Commons@Becker、Institute of Cancer Research Repository、LENUS （Irish Health Repository）等學科知識庫使用最多的系統是DSpace。DSpace從5.0版開始，通過修改參數變量，開啟jena-fuseki服務，支持系統數據發布為RDF關聯數據，使其在支持OAI-PMH的基礎上，增加一條分享內容的途徑[15]，聯盟構建可以選擇成員機構使用最多的系統軟件進行構建，易兼容，可減少工作量。當然，也可使用開源軟件Drupal或Eprints等重新架構系統平臺。

（4） 成員機構資源的整合主要集中在學科和文獻類型上，同時也可從來源機構、著者、發表或存儲時間、特定專題等類別進行整合。在構建國際聯盟之初，聯盟規模與成員機構數量不宜過多，資源數量也不宜過多，且學科聯系需相對緊密，使成員機構在科研上可以組建新的科研團隊，增進相互交流與合作，這也能夠大大加強聯盟的穩固性，在聯盟運營成熟之后吸引更多的成員機構，實現規模拓展。

（5） 學科服務需博采眾長。如：進一步加強個性化服務;學科資源上傳、使用、下載、訪客等各種統計，也可以在統計的基礎上出分析報告，分析潛在用戶以及用戶潛在行為，充分挖掘統計數據背后的價值;與其他單庫或聯盟構建良好合作關系，互為學科推薦網站，或被各大搜索引擎精準檢索等。此外，Digital Commons@Becker提供期刊模塊，允許用戶創建同行評審期刊;Institute of Cancer Research Repository提供根據PubMed ID或DOI號對丟失文章為用戶進行查找的功能，這些學科服務都值得聯盟沿用，同時可以多參考其他聯盟在學科服務提供上的新實踐，不斷提升本聯盟的學科服務水平。

4 結語

筆者認為，對于像arXiv這樣成員眾多、運營良好、資金充足、資源的數量和質量都有保證的聯盟，

易采用參與途徑;像bioRxiv、Dryad、InterNano Nanomanufacturing Repository、DigitalCommons@The Texas Medical Center這樣成員較少，且資源、服務的數量和質量有欠缺的單庫或聯盟，宜采用合作途徑;像Ballarat Health Services Digital Repository、Chung Shan Medical University Repository （CSMUIR）、Digital Commons@Becker、Institute of Cancer Research Repository、LENUS這樣運營機構和資金來源較單一，軟件技術、資源建設、學科服務等存在欠缺的小型學科知識庫，宜采用主導途徑。當然，這三種途徑并非全部途徑，其他構建途徑將是筆者繼續探索的方向。

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