●2004年12月1日,新修訂的《傳染病防治法》施行。該法賦予醫療衛生機構在傳染病預防和控制中的重要職責,對傳染病預防、疫情報告、控制以及醫療救治和保障措施等方面作出規定。隨后,根據《傳染病防治法》《病原微生物實驗室生物安全管理條例》《醫療廢物管理條例》《疫苗流通和預防接種管理條例》等行政法規,《消毒管理辦法》《醫院感染管理辦法》等規章、規范相繼頒布、修訂,依法防病、科學防病體系逐步完善,加強對醫療衛生機構傳染病防治的衛生監督執法成為衛生健康部門公共事務管理職責的重要組成部分。
●2005年,《關于衛生監督體系建設的若干規定》發布。明確依法監督傳染病防治工作是衛生監督的主要職責之一,主要工作為:對醫療衛生機構(醫療機構、采供血機構和疾病預防控制機構)的傳染病疫情報告、疫情控制措施、醫療廢物處置情況和醫療機構消毒隔離制度執行情況、疾病預防控制機構菌(毒)種管理情況開展日常衛生監督工作。
●2010年,原衛生部印發《傳染病防治日常衛生監督工作規范》,規范各級衛生行政部門及其衛生監督機構開展傳染病防治日常衛生監督。
●2013年,原國家衛生計生委印發《國家衛生計生委關于切實加強綜合監督執法工作的指導意見》,明確傳染病防治衛生監督內容為對醫療機構、采供血機構、疾病預防控制機構的傳染病疫情報告、疫情控制措施、消毒隔離制度執行情況、醫療廢物處置情況和菌(毒)種管理情況等監督檢查,并查處違法行為。
●2014年7月,原國家衛生計生委印發《傳染病防治衛生監督工作規范》。根據《國家衛生計生委關于切實加強綜合監督執法工作的指導意見》,并認真總結《傳染病防治日常衛生監督工作規范》頒布以來的執行情況,結合機構改革和職能轉變要求,原國家衛生計生委組織對《傳染病防治日常衛生監督工作規范》進行修改完善。明確傳染病防治衛生監督內容為預防接種、傳染病疫情報告、疫情控制措施、消毒隔離制度執行情況、醫療廢物處置情況及病原微生物實驗室生物安全共6項監督檢查內容。

●2012年,原國家衛生計生委綜合監督局在浙江、安徽兩省試點醫療機構醫療廢物監督模式工作,探索建立醫療機構醫療廢物處置分級分類監督模式,全面提高醫療機構醫療廢物監督效率,逐步建立起醫療廢物監管長效機制,促進醫療機構醫療廢物規范化管理。
●2014~2015年度,原國家衛生計生委綜合監督局決定,在浙江、安徽兩省試點的醫療機構醫療廢物監督模式基礎上,擴大內容和范圍,監督內容涵蓋傳染病防治衛生監督各專業,省份增加遼寧、上海和河南共5個省(市),接受監督評價的對象包括疾病預防控制、采供血機構和各類各級醫療機構。
●2016~2017年度,《國家衛生計生委辦公廳關于進一步推進醫療衛生機構傳染病防治分類監督綜合評價試點工作的通知》印發,繼續擴大試點范圍。根據我國區域特點和監督工作發展水平,增加北京、山西、江蘇、江西、山東、廣東和陜西省(市)作為第二批試點省(市)。要求試點省(市)省級衛生計生行政部門負責本省(市)試點工作的組織協調,由監督會同疾控、醫政醫管、基層衛生、科教等多部門研究制訂試點工作實施方案并組織實施,疾控、醫政醫管、基層衛生、科教等部門負責將綜合評價結果納入行政管理工作。國家衛生計生委監督中心負責傳染病防治監督信息系統建設、運行維護和數據分析,促進全國傳染病防治衛生監督執法工作信息化轉型升級,提高監督檢查效率。組織編寫《醫療衛生機構傳染病防治分類監督綜合評價試點工作手冊》(試行)。當年,參與試點的醫療衛生機構24665家。
●2018年3月,原國家衛生計生委印發《國家衛生計生委辦公廳關于開展醫療衛生機構傳染病防治分類監督綜合評價工作的通知》,按照“全覆蓋”、“分步走”的原則,醫療衛生機構傳染病防治分類監督綜合評價工作在全國推行,將其作為實施健康中國戰略、推進醫改工作、維護人民群眾健康權益的重要措施來抓。要求監督、疾控、醫政醫管、基層衛生、科教等部門要加強協調配合,建立長效工作機制,定期通報信息,形成工作合力。醫療衛生機構認真開展自查,對存在的問題立整立改。衛生監督執法機構加強對醫療衛生機構的督促指導和檢查,不斷提高傳染病防治監督工作效率和水平。
●2018年,國務院辦公廳印發《深化醫藥衛生體制改革2018年下半年重點工作任務》,要求加強綜合監管體制機制改革創新,在全國推廣實施醫療衛生機構傳染病防治分類監督綜合評價。
●2019年4月,《國家衛生健康委辦公廳關于進一步推進醫療衛生機構傳染病防治分類監督綜合評價工作的通知》發布,進一步明確醫療衛生機構傳染病防治分類監督綜合評價工作主要包括分類監督、綜合評價、結果干預3部分內容。各級各類醫療衛生機構依據評價表開展自查,衛生健康部門對當年傳染病防治國家隨機監督抽查抽中的單位進行分類監督綜合評價。有條件的地區可結合實際擴大工作范圍。