基于TCGA數(shù)據(jù)的肝癌預(yù)后相關(guān)miRNA篩選*

石旦，徐斌，蔣敬庭

(蘇州大學(xué)附屬第三醫(yī)院腫瘤生物診療中心，江蘇省腫瘤免疫治療工程技術(shù)研究中心，蘇州大學(xué)細(xì)胞治療研究院，江蘇常州 213003)

·腫瘤與微環(huán)境檢測(cè)·

基于TCGA數(shù)據(jù)的肝癌預(yù)后相關(guān)miRNA篩選*

石旦，徐斌，蔣敬庭

(蘇州大學(xué)附屬第三醫(yī)院腫瘤生物診療中心，江蘇省腫瘤免疫治療工程技術(shù)研究中心，蘇州大學(xué)細(xì)胞治療研究院，江蘇常州 213003)

目的通過TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中肝癌高通量測(cè)序數(shù)據(jù)的分析，尋找新的肝癌預(yù)后相關(guān)的miRNA，為后續(xù)研究提供數(shù)據(jù)支持。方法下載TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中miRNA表達(dá)數(shù)據(jù)及肝癌患者相關(guān)臨床病理參數(shù)，基于R語言進(jìn)行數(shù)據(jù)的整理、合并及標(biāo)準(zhǔn)化；分別采用單因素Cox生存分析模型及BhGLM R軟件包中指數(shù)先驗(yàn)分布模型對(duì)miRNA表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，并選擇兩種方法篩選結(jié)果的交集。結(jié)果單因素Cox生存分析模型共篩選出63個(gè)預(yù)后相關(guān)miRNA(P<0.05)，指數(shù)先驗(yàn)分布模型篩選出77個(gè)miRNA，兩種方法共篩選出包括miR-188、miR-576、miR-887及miR-91等18個(gè)與肝癌患者預(yù)后密切相關(guān)的miRNA。結(jié)論單因素Cox模型聯(lián)合指數(shù)先驗(yàn)分布模型篩選出的肝癌預(yù)后相關(guān)miRNA具有較高的可信度，或可成為肝癌預(yù)后判斷的新指標(biāo)。

肝癌；miRNA篩選；TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)

miRNA通過調(diào)控細(xì)胞因子、生長(zhǎng)因子、促凋亡和抗凋亡基因等信號(hào)分子的表達(dá)而參與腫瘤的發(fā)生、發(fā)展和轉(zhuǎn)移[1-2]。肝癌的發(fā)生與多種因素相關(guān)，其發(fā)生、發(fā)展和轉(zhuǎn)移常伴有特定miRNA的異常表達(dá)。本研究通過單因素Cox模型及貝葉斯多水平Cox比例風(fēng)險(xiǎn)模型中指數(shù)先驗(yàn)?zāi)Ｐ凸餐治鯰CGA數(shù)據(jù)庫(kù)中肝癌miRNA表達(dá)數(shù)據(jù)，并依據(jù)兩種方法篩選的結(jié)果選擇在肝癌患者中預(yù)后價(jià)值較高的miRNA，為臨床研究及應(yīng)用提供數(shù)據(jù)支持。

1 材料與方法

1.1數(shù)據(jù)采集 下載TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)(https://genome-cancer.ucsc.edu/proj/site/hgHeatmap/)中肝癌高通量測(cè)序表達(dá)譜數(shù)據(jù)及miRNA表達(dá)譜數(shù)據(jù)(時(shí)間截止為2015年2月24日)，通過R軟件(https://www.r-project.org/)對(duì)上述下載數(shù)據(jù)進(jìn)行整理。……