雞長鏈非編碼RNA發(fā)掘及組織特異性表達(dá)分析

李輝，張繼揚(yáng)，杜志強(qiáng)

（農(nóng)業(yè)部雞遺傳育種重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，黑龍江省普通高等學(xué)校動物遺傳育種與繁殖重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，東北農(nóng)業(yè)大學(xué)動物科學(xué)技術(shù)學(xué)院，哈爾濱　150030）

雞長鏈非編碼RNA發(fā)掘及組織特異性表達(dá)分析

李輝，張繼揚(yáng)，杜志強(qiáng)

（農(nóng)業(yè)部雞遺傳育種重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，黑龍江省普通高等學(xué)校動物遺傳育種與繁殖重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，東北農(nóng)業(yè)大學(xué)動物科學(xué)技術(shù)學(xué)院，哈爾濱150030）

長鏈非編碼RNA（Long non-coding RNA，lncRNA）是一類長度大于200個核苷酸、缺少蛋白編碼功能的RNA。lncRNA可從多層面調(diào)控基因表達(dá)，影響表型性狀。雞作為重要經(jīng)濟(jì)動物和模式生物，lncRNA研究相對滯后。為加快雞lncRNA研究進(jìn)展，利用公共數(shù)據(jù)庫（如NCBI-SRA等）中雞高通量轉(zhuǎn)錄組測序（RNA-seq）數(shù)據(jù)，通過生物信息學(xué)方法發(fā)掘8 040條雞lncRNA，發(fā)現(xiàn)大量組織特異性表達(dá)lncRNA，為雞lncRNA功能研究奠定基礎(chǔ)。

雞；RNA-seq；lncRNA；組織特異性表達(dá)

網(wǎng)絡(luò)出版時間2016-7-20 16:39:50［URL］http://www.cnki.net/kcms/detail/23.1391.S.20160720.1639.014.html

李輝,張繼揚(yáng),杜志強(qiáng).雞長鏈非編碼RNA發(fā)掘及組織特異性表達(dá)分析[J].東北農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報,2016,47(7):40-47.

Li Hui,Zhang Jiyang,Du Zhiqiang.Identification of long non-coding RNAs and their tissue-specific expression analysis in chickens[J].Journal of Northeast Agricultural University,2016,47(7):40-47.(in Chinese with English abstract)

長鏈非編碼RNA是新發(fā)現(xiàn)的一類長度大于200個核苷酸，缺乏蛋白編碼功能，由RNA聚合酶II或RNA聚合酶III轉(zhuǎn)錄生成的RNA，可在多層面參與轉(zhuǎn)錄后調(diào)控和表觀調(diào)控等生物學(xué)過程［1-3］。長鏈非編碼RNA是RNA聚合酶轉(zhuǎn)錄過程副產(chǎn)物，不具備生物學(xué)功能。近年研究發(fā)現(xiàn)lncRNA可作為miRNA的吸附“海綿體”、轉(zhuǎn)錄因子引導(dǎo)者、順式調(diào)控元件以及蛋白支架等，與miRNA、mRNA、DNA及蛋白等相互作用，參與基因表達(dá)調(diào)控、染色體沉默、蛋白質(zhì)合成等諸多生物學(xué)過程［4-6］。同時，與蛋白編碼基因相比lncRNA保守性較差，表現(xiàn)明顯組織特異性［5，7］。Cabili等對人的24種組織或細(xì)胞進(jìn)行l(wèi)ncRNA特異性表達(dá)分析［7］，發(fā)現(xiàn)約有78%lncRNA表現(xiàn)組織或細(xì)胞特異性，約19%蛋白編碼基因表現(xiàn)組織或細(xì)胞特異性。……