特異長鏈非編碼RNA在肝細胞癌中的表達和驗證

厲新妍 方 亮 黃淑琳

(1廣州市第一人民醫(yī)院，廣東 廣州 510180；2香港大學理學院，中國 香港)

·論著·

特異長鏈非編碼RNA在肝細胞癌中的表達和驗證

厲新妍1*方 亮1黃淑琳2

(1廣州市第一人民醫(yī)院，廣東 廣州 510180；2香港大學理學院，中國 香港)

目的:分析肝細胞癌組織與配對癌旁組織中表達差異的長鏈非編碼RNA(lncRNA),探討可能與肝細胞癌發(fā)生發(fā)展有關的特異lncRNA。 方法：采用lncRNA芯片技術，檢測5例肝細胞癌和其配對癌旁正常組織中的lncRNA和mRNA，篩選出差異表達的lncRNA和mRNA。運用分層聚類分析，GO分析和pathway分析等生物信息學技術對其進行分類。最后從中選擇10個lncRNA用RT-PCR進行定量驗證。 結果：有1 359個lncRNA表達水平出現(xiàn)顯著性差異，差異倍數(shù)>2倍。629個顯著上調(diào)，占46.2%，其中125個表達5倍以上；730個顯著下調(diào)，占53.7%，其中110個表達5倍以上。聚類分析結果：① 基因間 lncRNA有11 706條，其中與已知編碼基因相距<300 kb的lncRNA共有352條。② 增強子型 lncRNA 共有1 802條，其中與已知編碼基因相距<300 kb的lncRNA共有42條。③ HOX 基因簇共有101條。GO分析將mRNA分成分子功能、生物過程和細胞組分3類。Pathway分析結果：差異表達的mRNA基因所參與的細胞生命活動調(diào)控通路共有61條，上調(diào)表達的mRNA參與12條通路，下調(diào)表達的mRNA參與49條通路。參與細胞周期和化學致癌作用的表達水平明顯改變。RT-PCR結果：8條lncRNA表達趨勢與基因芯片結果一致。對癌組和癌旁組進行檢驗，有6條有顯著性差異(P<0.05)。 結論：與癌旁組織比較，lncRNA肝細胞癌組織中的表達水平明顯改變，可能與肝細胞癌的發(fā)生發(fā)展有關。

肝細胞癌；長鏈非編碼RNA；長鏈非編碼RNA芯片

肝細胞癌目前在全世界惡性腫瘤中發(fā)病率排第4位，死亡率第2位[1]。其具有侵襲性強、轉移發(fā)生率高的特點，病死率高、預后差，5年生存率低于10%[2]。研究肝癌的發(fā)生發(fā)展的病理生理機制非常重要，早期發(fā)現(xiàn)肝癌，有利于提高肝癌的有效治療和整體預后。

長鏈非編碼RNA(long non-coding RNA，lncRNA)是新發(fā)現(xiàn)的一類轉錄本大于200個核酸單位的非編碼RNA分子。lncRNA 與人類腫瘤的發(fā)生發(fā)展關系密切[3-4]。GWAS(genome-wide association study，全基因組關聯(lián)分析)證明， lncRNA 在表觀遺傳學、轉錄水平調(diào)控和轉錄后調(diào)控等多個層面參與了腫瘤的發(fā)生發(fā)展過程[5]。越來越多的研究證據(jù)表明，許多異常表達的lncRNA在肝細胞癌的發(fā)生發(fā)展過程中起著重要的作用[6]。近……