溫州漢族人群9個STR基因座的遺傳多態性

吳淑珍，張洪勤

（溫州醫科大學，浙江 溫州 325035，1.基礎醫學實驗中心；2.生物學實驗教學中心；3.司法鑒定中心）

·技術與方法·

溫州漢族人群9個STR基因座的遺傳多態性

吳淑珍1，3，張洪勤2，3

（溫州醫科大學，浙江 溫州 325035，1.基礎醫學實驗中心；2.生物學實驗教學中心；3.司法鑒定中心）

目的：分析溫州漢族人群9個STR基因座（D18S1364、D12S391、D13S325、D6S1043、D2S1172、D11S2368、D22-GATA198B05、D8S1132、D7S3048）的等位基因及基因型頻率分布。方法：從無血緣關系的355例溫州漢族個體的抗凝血中提取DNA，用STR_Typer_10_v1試劑盒對9個STR基因座進行復合PCR擴增，用AB公司310遺傳分析儀和GeneMapper ID 3.2v軟件作STR分型，用PowerState V12.xls分析軟件進行等位基因頻率和法醫學常用參數統計分析。結果：該9個基因座檢出15、12、9、17、15、13、11、10、12個等位基因，9個基因座基因型頻率分布均符合Hardy-Weignberg平衡（P＞0.05）；觀測雜合度大于0.7831，多態信息含量均大于0.7666，個體識別能力（Dp）均大于0.9266。結論：溫州漢族人群的9個基因座均具有較高的遺傳多態性，是較理想的遺傳標記系統，本研究所得數據可為溫州漢族人群法醫個體識別、親權鑒定及遺傳學研究提供依據。

STR基因座；遺傳多態性；個體識別；親權鑒定；漢族人群

短串聯重復序列（short tandem repeat，STR）是核心序列為2～6個堿基的短串聯重復結構。20世紀90年代初，STR基因座首次作為一種重要的遺傳標記在人類親權鑒定中被使用，目前常染色體STR基因座是親權鑒定中最常用的遺傳標記。常用的STR基因座在親權鑒定中分型結果發現1～2個基因座不符合相應的遺傳定律，不能排除被檢者之間有親子關系時，需增加檢測其他的高度多態性且遺傳穩定的STR基因座。本研究對新增的能夠用于實際檢案的CODIS（combined DNA index system）系統外的9個常染色體基因座，包括D18S1364、D12S391、D13S325、D6S1043、D2S1172、D11S2368、D22-GATA198B05、D8S1132、D7S3048的群體遺傳多態性資料進行調查分析，為溫州漢族人群法醫個體識別、親權鑒定及遺傳學研究提供依據。

1 材料和方法

1.1 材料 355例祖孫三代居住在溫州地區的漢族無關個體的血樣來自本實驗室從2011年1月至2012 年12月間日常檢案積累，人群年齡范圍0～65歲。按行業標準《法庭科學DNA實驗室檢驗規范》（GA/ T383-2002）中聚苯乙烯二乙烯基苯樹脂（chelex）法提取所有檢材DNA。

1.2 檢測方法 使用人類熒光標記STR復合擴增試劑（STR_Typer_10_v1試劑盒熒光標記復合擴增試劑盒，購自廣東珠?？频巧锕こ逃邢薰荆μ崛〉幕蚪MDNA進行復合PCR擴增，步驟如下：將0.2 mL PCR薄壁管（數量與待擴增樣本數相同）置管管架上，于管壁做好標記；取1個0.5 mL Eppendorf管，將2.0 μL PCR Reaction Mix、0.2 μL AmpliTaq Gold Polymerase（5 U/μL）、2.0 μL Primer Set、4.8 μL H2O等試劑均勻混合。然后分裝至各個0.2 mL PCR薄壁管中，每管9.0 μL加入相應的DNA樣本1μL，吹打混勻，每管加入10 μL石蠟油后低速離心10 s，用PCR擴增儀進行PCR反應。擴增產物在310遺傳分析儀（美國ABI公司）上進行基因型檢測。

1.3 統計學處理方法 采用Hardy-Weinberg平衡定律和連鎖平衡定律對群體DNA數據進行處理，采用Powerstats v12.xls統計軟件分析9個STR基因座的雜合度、偶合概率、個體識別率、多態信息含量、期望排除率、親子關系指數。

2 結果

2.1 基因分型結果 人類DNA性別基因座（Amel）和9個STR基因座的分型：D18S1364、D12S391、D13S325基因座擴增引物用6-FAM標記，擴增產物為藍色；D6S1043、D2S1772和D11S2368基因座擴增引物用VIC標記，擴增產物為綠色；D22-GATA198B05、D8S1132、7S3048基因座擴增引物用NED標記，擴增產物為黃色。見圖1-2。

2.2 等位基因頻率參數分布 分析355例溫州漢族無關個體的9個STR基因座（性別基因座除外）分型后，各基因座基因頻率分布均符合Hardy-Weignberg平衡（均P＞0.05），各基因座等位基因頻率分布參數見表1。各基因座遺傳學參數見表2。

圖1 9個STR用STR_Typer_10_v1試劑盒分型—某案例母親基因型

圖2 9個STR用STR_Typer_10_v1試劑盒分型—某案例兒子的基因型

3 討論

STR是一類廣泛存在于人類基因組中具有高度多態性的DNA短串聯重復序列[1]，由于其分型簡便、快速，易于標準化，現在已經成為法醫學個體認定和親權鑒定的主要工具，目前國內外廣泛使用的AB公司的Identifiler、Sinofiler試劑盒和Promaga公司的Powerplex16試劑盒只有15個常染色體STR基因座和一個性別基因，在親權關系鑒定中，如單親親權鑒定、存在突變的親權鑒定，常常需要檢測更多的STR遺傳標記。本研究利用廣東珠海科登生物工程有限公司的STR_Typer_10_v1試劑盒，對355例溫州漢族無關個體9個常染色體STR基因座多態性進行分析，在STR_Typer_10_v1熒光檢測試劑盒9個STR基因座共檢出114個等位基因，各個基因座的等位基因數為9～17個，基因頻率為0.0014～0.2577，9個STR基因座的累積個體識別率為0.999999999999397。

本研究結果與其他地區漢族人群[2-6]的數據比較，D18S1364基因座在溫州漢族人群中檢出新等位基因22、25、28；D6S1043基因座在溫州漢族人群中檢出新等位基因23；D2S1172基因座在溫州漢族人群中檢出新等位基因14；D11S2368基因座在溫州漢族人群中檢出新等位基因27。

表1 溫州漢族群體9個STR基因座的等位基因頻率分布參數

接表1

表2 溫州漢族群體遺傳學參數

通過對溫州地區漢族人群355例無關個體的D18S1364、D12S391、D13S325、D6S1043、D2S1172、D11S2368、D22-GATA198B05、D8S1132、D7S3048這9個基因座的分析，所得的基因頻率數據完全符合Hardy-Weinberg平衡定律，證明了該調查資料在群體遺傳學上的可靠性和科學性。Gill等[7]提出STR基因座選擇標準中，個體識別能力（Dp）應在0.9以上，基因座雜合度（H）應在0.7以上，根據調查結果，這9個基因座均符合這一條件，屬于高雜合度，高多態性STR基因座，適用于法醫學個體識別和親權鑒定，且對含CODIS系統基因座的鑒定系統是非常有力的補充。

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[3]張艷萍, 王琳, 王毅, 等.203例漢族人群9個STR基因座的遺傳多態性分析[J].中國計劃生育雜志, 2012, 20(1): 27-29.

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（本文編輯：吳彬）

Genetic polymorphism of nine short tandem repeat loci in han ethnic population in Wenzhou

WU Shu-zhen1,3, ZHANG Hongqin2,3.1.Experiment Center of Basic Medicine, Wenzhou Medical University, Wenzhou, 325035; 2.Teaching Center of Biology Experiment of Wenzhou Medical University, Wenzhou, 325035; 3.Judicial Identification Center of Wenzhou Medical University, Wenzhou, 325035

Objective:To analyze the alleles and genotype frequencies of nine short tandem repeats loci, those are D18S1364, D12S391, D13S325, D6S1043, D2S1172, D11S2368, D22-GATA198B05, D8S1132, D7S3048, of Han Ethnic Population in Wenzhou.Methods:extract DNA respectively from anticoagulant of 355 unrelated individual samples of Han Ethnic population living in Wenzhou.Deal the nine STR loci of the samples with multiple PCR amplifcation by STR_Typer_10_v1 kit.Analyze the PCR products by 310 genetic analyzer and GeneMapper ID 3.2v software of AB company.Deal the results with statistical analysis on the allele frequency and common forensic parameters by PowerState V12.xls software.Results: 15, 12, 9, 17, 15, 13, 11, 10 and 12 alleles were observed respectively from the nine STR loci.The distribution of genotype frequencies matched the Hardy-Weinberg equilibrium, P was more than 0.05.The heterozygote was more than 0.7831.The polymorphism information content was more than 0.7666.The combined power of discrimination was more than 0.9266.Conclusion:All of the nine STR loci of Han Ethnic Population in Wenzhou in this study have high genetic polymorphism, and it can be used as good genetic markers.The data obtained in this study can be used in individual identifcation, paternity test and population genetics investigation of Han Ethnic population living in Wenzhou.

short tandem repeat loci; genetic polymorphism; individual identification; paternity test; Han ethnic population

DF795.2

B

10.3969/j.issn.2095-9400.2015.02.010

2014-03-10

吳淑珍（1972-），女，浙江樂清人，高級實驗師，碩士。