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ChemDraw軟件在化學方面應用及有關(guān)繪制技巧

2015-04-29 00:00:00黃修洋
博覽群書·教育 2015年11期

摘 要:ChemDraw軟件及其相關(guān)功能一直備受國內(nèi)外化學專業(yè)人士的青睞,本文主要通過對ChemDraw模塊功能進行剖析,總結(jié)了ChemDraw在化學式、有機化學分子表達和化學圖案制作等內(nèi)容上的應用,旨在進行專業(yè)學習之余分享一些可控參考的ChemDraw軟件應用技巧。

關(guān)鍵詞:ChemDraw;化學應用;繪制;技巧

ChemDraw軟件是目前國內(nèi)外最流行、最受歡迎的化學繪圖軟件。它是美國CambridgeSoft公司開發(fā)的ChemOffice系列軟件中最重要的一員。由于它內(nèi)嵌了許多國際權(quán)威期刊的文件格式,近幾年來成為了化學界出版物、稿件、報告、CAI軟件等領(lǐng)域繪制結(jié)構(gòu)圖的標準。對于廣大化工化學方向的專業(yè)學生來說,熟悉ChemDraw軟件的應用是從事專業(yè)崗位的必修課。

一、ChemDraw軟件基本組件和模塊功能簡析

ChemDraw軟件一共有五個組件,功能涵蓋從平面結(jié)構(gòu)到立體圖形,從結(jié)構(gòu)圖形到結(jié)構(gòu)信息,從靜態(tài)研究到動態(tài)演示,是當之無愧的化學繪圖全能軟件。其中五個組件分別是:ChemBioOffice、ChemBioDraw、ChemDrawStd、ChemDrawPro和ChemBio3D,用戶可以通過ChemBioOffice采集、存儲、檢索和共享化合物的各種信息,有助于深入了解化學結(jié)構(gòu)性質(zhì),通過ChemBioDraw繪制化學結(jié)構(gòu)、反應式并進入數(shù)據(jù)庫查詢化學結(jié)構(gòu)的相關(guān)信息,通過ChemDrawStd預測化合物屬性以及光譜數(shù)據(jù),從而在節(jié)省繪制時間的同時提高數(shù)據(jù)準確性,通過ChemDrawPro繪制裝置圖,在Clipware模板庫中有大量的儀器設(shè)備圖形,點擊即可應用,然后通過ChemBio3D進行3D建模,豐富可視化功能,動態(tài)演示功能讓用戶易于接受。

總體而言,ChemDraw軟件功能十分強大,其基礎(chǔ)功能是可以編輯、繪制與化學有關(guān)的一切結(jié)構(gòu)圖形,如建立和編輯各類分子式、方程式、結(jié)構(gòu)式、立體圖形、對稱圖形、軌道等,并能對所繪制圖形進行編輯、翻轉(zhuǎn)、縮放、復制、旋轉(zhuǎn)、存儲、粘貼等多種操作。高級功能包括:新增生成分子模型、建立和管理化學信息庫以及光譜化學工具等功能。

二、有關(guān)ChemDraw軟件繪制分子結(jié)構(gòu)式和化學反應式的技巧總結(jié)

ChemDraw存貯了大量的分子結(jié)構(gòu)圖形,有些化合物可以直接輸入化合物的俗名即可獲得其相應的結(jié)構(gòu)。如繪制殺鼠靈(warfarin)和色氨酸(tryptophan)的分子結(jié)構(gòu)時,只需在ChemDraw的繪圖區(qū)域中輸入warfarin和tryptophan,然后在structure菜單中選擇convert name to structure(根據(jù)命名創(chuàng)建結(jié)構(gòu)),即得該化合物的結(jié)構(gòu)。對于已經(jīng)繪制出的化合物,只要選定化合物的結(jié)構(gòu),在structure菜單中選擇convert structure to name(根據(jù)結(jié)構(gòu)創(chuàng)建命名)左鍵單擊,即得該化合物的系統(tǒng)命名。

對有機物也可以繪制其化學結(jié)構(gòu)。例如:阿司匹林(Aspirin),化學學名乙酰水楊酸(acetylsalicylicacid),為白色結(jié)晶或結(jié)晶性粉末,是常用的解熱鎮(zhèn)痛藥物,由水楊酸與酸酐經(jīng)?;频?。具體的繪制方法是:先用鼠標單擊工具圖標板最下端的Benzene(苯環(huán))工具,在繪圖區(qū)中適當位置,單擊鼠標左鍵,在窗口將出現(xiàn)一個苯環(huán);選擇Solid Bond(單鍵)工具和Multiple Bonds(多重鍵)工具,在連接點上拉出單鍵和雙鍵;然后將鼠標移到應該出現(xiàn)羥基或氧原子的位置,出現(xiàn)連接點后,單擊鍵盤上的“O”鍵,即可繪制出阿司匹林分子結(jié)構(gòu)式,至此繪制完成了阿司匹林結(jié)構(gòu)式的主要工作,但還有一點重要的工作要做,即手工繪制時,化學鍵角難以精確掌握,且拖拉化學鍵或連接點過程中難免造成鍵長的變化和圖形的扭曲,因此需要對圖形進行整理。除可以通過拖動連接點的方法進行整理外,ChemDraw提供了更精確和更有效率的方法:單擊選取框工具,選中結(jié)構(gòu)式,執(zhí)行【Structure】/【Clean Up Structure】菜單,自動整理圖形,得到阿司匹林結(jié)構(gòu)式。

關(guān)于化學反應式的繪制技巧,主要是在掌握化學分子結(jié)構(gòu)式繪制基礎(chǔ)上進行排版聯(lián)系,比如制備乙酰水楊酸,最常用的方法是將水楊酸與乙酐作用,生成乙酰水楊酸,我們需要先將水楊酸、乙酐和乙酰水楊酸的分子式羅列起來,再通過箭頭和文字備注表示完整的反應過程。

三、有關(guān)ChemDraw軟件描述化學反應裝置和動態(tài)反應模型的技巧總結(jié)

ChemDraw軟件可以用磨口玻璃儀器接插件迅速搭建化學反應裝置,比如說實驗中的蒸餾裝置,執(zhí)行【View】/【Other Toolbars】/【Clipware,part1】菜單命令,將Clipware,part1 模板窗口打開;在Clipware,part1 和Clipware,part2 中依次選擇合適的鐵架臺、鐵夾、加熱器、單口燒瓶、蒸餾頭、溫度計、直形冷凝管、接收器等模板,并將其繪制出來。將玻璃儀器在磨口處拼接好。如果器件前后排列的次序不對,可在器件上擊右鍵,在彈出的快捷菜單中選擇【Bring to front】或【send to back】命令,將器件提到前面或置于后面,即的所需的裝置圖。當然,有關(guān)化學反應的裝置肯定不光是蒸餾方面,不過原理都是一樣的,通過插件對照標準實驗裝置圖進行模塊拼接,多加練習即可。

對于化學反應過程中的動態(tài)反應,包括反應周期較長的原子軌道、分子軌道、電子云圖結(jié)構(gòu)圖和一些常見的光譜圖,我們要學會利用模板。當用模板作圖時,第一個被繪制的鍵決定了模板在繪制窗口的位置,所有剩余的鍵都將以逆時針方向建立。模板最左邊頂端的原子會首先被建立,按住鼠標圍繞該原子畫圓拖動可以調(diào)整模板在繪制窗口的位置。一旦模板圖形在繪制窗口繪制后,此模板圖形就可以用標準的作圖或編輯方法處理,也會自動按活動窗口的當前文檔的文檔設(shè)置調(diào)整。當然,也可以選擇自定義模板,主要分三步,首先建立模板窗口,在ChemDraw Std 14.0的最新版本中,您可以通過選擇File菜單的Open Templates命令,再選擇其下的New Templates來打開新的模板窗口;其次是繪制模板圖形,在繪制區(qū)依次點擊模板庫小方格繪制所需ChemDraw模板,所繪模板也將依次出現(xiàn)在模板庫中,可建立15個ChemDraw模板,組成一個模板庫;最后保存ChemDraw模板。模板自定義完成后,從File菜單中選擇Save as命令。在彈出的對話框中輸入模板文件的文件名(中英文均可),注意保存為.ctp格式,單擊確定按鈕。

四、結(jié)語

熟悉有關(guān)ChemDraw軟件的繪制技巧固然重要,但熟能生巧是亙古不變的學習真理,在學習之余勤加練習,才能更加深入全面地了解ChemDraw軟件,并從事專業(yè)的化學圖形繪制。

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