番茄品種SSR標記鑒定技術研究

（北京市種子管理站，北京100088）

番茄品種SSR標記鑒定技術研究

趙海艷 吳明生*宋 歌 牛 茜 田慧芳

（北京市種子管理站，北京100088）

以16個番茄品種為材料，從200對番茄SSR引物中篩選出20對適合用于番茄品種鑒定的引物，用該20對引物對66個番茄品種進行分析，共檢測出52個等位基因變異，等位基因變異范圍為2～5個，平均每個位點產生2.6個等位基因變異。通過遺傳聚類方法對引物組合的品種鑒別能力進行分析，結果顯示僅用9對引物構成的引物組合就可以對66個番茄品種進行有效鑒別，該9對引物組合構建的SSR-DNA指紋圖譜可作為品種的遺傳標簽用于品種真偽鑒定。

番茄；SSR；品種鑒定；指紋圖譜

番茄（Solanum lycopersicum L.）是我國的主要栽培蔬菜之一，但我國番茄種質資源相對匱乏，加上消費者對番茄風味的特殊要求，導致育種單位所采用的育種材料集中在少數種質資源上，育成的品種遺傳差異小。由于親緣關系相近的品種很難利用外觀形態加以區別，容易出現一品多名、一名多品，或以劣充好的違法行為。因此，亟須建立一套準確、高效的番茄品種鑒定技術。

與傳統的品種鑒定方法相比，SSR分子標記具有多態性高、重復性和穩定性好等優點，廣泛用于玉米、水稻等主要農作物的品種鑒定和指紋圖譜構建（宋建 等，2006），在品種打假維權方面取得很好效果。在番茄方面，Suliman等（2002）利用AFLP、SSR、SNP等技術對番茄品種進行多態性分析，認為SSR標記較適合于種質資源多樣性分析。王日升等（2006）比較了SSR 標記和形態標記在番茄栽培品種遺傳多樣性的分析結果上具有高度一致性，表明SSR標記可用于番茄品種鑒別。本試驗對200對番茄SSR引物進行篩選獲得適合番茄品種鑒定的候選引物，通過遺傳相似聚類分析方法確定適合66個番茄品種鑒定的SSR引物組合，并構建了番茄品種的SSR-DNA指紋，以期為番茄品種分子鑒定和品種權保護提供技術支撐。

1 材料與方法

1.1 試驗材料

試驗于2013～2014年在北京市種子管理站種子檢測室進行。供試番茄材料由本站收集，共計66個品種，包括櫻桃番茄和普通番茄，其品種名稱和主要性狀見表1。

1.2 試驗方法

1.2.1 DNA提取 采用新型植物基因組DNA提取試劑盒（TIANGEN，北京）提取番茄的基因組DNA，于-20 ℃保存備用。

1.2.2 SSR引物 200對SSR引物來自Benor等（2008）和番茄基因數據庫（http：//www.sgn.cornell. edu），普通引物由北京鼎國昌盛生物技術有限責任公司合成，熒光標記引物由上海英駿生物技術有限公司合成。

1.2.3 PCR 擴增 PCR反應體系總體積為12 μL。包括30 ng模板DNA，MgCl22.5 mol·L-1，dNTPs 0.15 mol·L-1，引物0.25 μmol·L-1，Taq 聚合酶0.1 U，1×Taq Buffer。

PCR反應程序：94 ℃預變性5 min；94 ℃變性40 s，58 ℃退火35 s，72 ℃延伸45 s，共36個循環；72 ℃延伸10 min，擴增產物4 ℃保存。

1.2.4 PCR產物檢測 普通引物的PCR產物和熒光標記引物的PCR產物分別通過生物大分子分析儀（LabChip GX）和毛細管電泳儀（ABI 3500XL）進行分析。

表1 66個番茄品種的名稱及主要性狀

1.2.5 數據統計與分析 SSR擴增分離結果采用“0，1”統計方法，在同一分子量上，有帶記為“1”，無帶記為“0”。多態性信息含量PIC=1-∑Pi2，Pi表示在i位點上的等位基因頻率。通過NTSYS-pc Version 2.0軟件按照非加權配對算數平均法（UPGMA）完成遺傳聚類。

2 結果與分析

2.1 引物篩選

基于生物大分子分析儀電泳平臺，將不同果形、果色和生長類型的16個番茄品種作為引物篩選材料，對200對SSR引物質量進行評估，從中篩選出等位基因大于2、擴增譜帶清晰且重復性好的20對SSR引物作為番茄品種鑒定的候選引物（表2）?；诿毠茈娪酒脚_，用66個番茄品種對篩選的20對引物多態性進行分析，結果顯示（表2）20個SSR位點共檢測出52個等位基因變異，等位基因變異范圍為2～5個，平均每個位點等位基因變異數為2.6個；20個位點共檢測出88個基因型（圖1），變幅為3～11個，平均為4.4個；20個位點多態性信息量（PIC）變幅為0.678～0.860，平均為0.756，均為高度多態性信息引物，表明篩選出的引物能較好地反映66份番茄品種的基因型多樣性水平，可用于番茄品種種質分析。

表2 篩選的20對引物信息

2.2 引物組合與指紋圖譜構建

為構建66個番茄品種適宜的鑒定引物組合，將篩選的引物按照其多態性信息量高低（表2）排序，分別采用前1對、前2對、前3對等一直到前20對引物對66個番茄品種進行遺傳相似性聚類分析。結果顯示，當引物組合數量達到16對時才可以將所有品種區別開（圖2），品種間遺傳相似系數為0.182～0.977，品種間至少存在1個位點的差異。由于前10對引物和前6對引物以及前15對引物和前12對引物在鑒別品種數量上沒有差異（圖2），引物的增加對整個引物組合鑒別能力沒有明顯影響，所以將引物7、8、9、10、13、14和15剔除，最終的組合只需9對引物，即引物SSR255、X13437、SSR111、U81996、SSR266、AI773078、SSR598、SSR43和SSR20。用該9對引物組合對66個品種進行遺傳相似性聚類分析（圖3），品種間遺傳相似系數為0.148～0.963，平均遺傳相似系數為0.601，與用前16對引物獲得平均遺傳相似系數0.605差異不是很明顯。中研988和硬粉8號之間遺傳相似系數最大為0.963，在LEaat003和SSR111位點上有差異。

圖1 番茄品種在SSR111位點上表現的基因型

圖2 引物數量與鑒別品種數量的關系

圖3 9對引物組合的聚類結果

將9個SSR位點的等位基因按其擴增片段長度從小到大排列，采用“0，1”統計方法，即在同一等位基因上，有帶記為“1”，無帶記為“0”，基于毛細管電泳結果構建了66個番茄品種的DNA指紋圖譜（表3），可作為番茄品種的遺傳標簽，用于品種的真偽鑒定。

表3 66個番茄品種的DNA指紋

3 結論與討論

雖然多種DNA標記技術可用于番茄品種的鑒定研究（朱海山 等，2003；蘇永濤 等，2010；劉淑君 等，2011），但是要在實際檢測中得到廣泛應用，選用的標記技術必須具備多態性豐富、結果穩定、重復性好、電泳譜帶容易識別、簡便易行且使用成本低等特點。相比較RAPD標記的穩定性差和AFLP技術的繁雜，SSR標記則更適合用于品種的實際檢測，因此也被國際植物新品種保護聯盟（UPOV）列為DNA指紋建庫方法之一。目前SSR標記用于番茄品種鑒定的研究相對較少，主要還是用于品種遺傳多樣性分析（王日升 等，2006；申璐 等，2011），而且結果分析基本上還是基于普通PAGE膠電泳技術，形成的指紋數據也難以整合（王柏柯 等，2010）。本試驗在廣泛篩選引物的基礎上，通過毛細管電泳技術對篩選的引物特征進行分析，篩選獲得的20對引物特異性好、峰型簡單易辨認、分型結果穩定重演性強，利用其中的9對引物構成的組合就可以對66個番茄品種進行有效鑒別，同時還構建了66個番茄品種SSR-DNA指紋，為番茄品種快速鑒定奠定了基礎。

馴化和育種選擇使得栽培番茄的遺傳變異急劇變窄（Bai & Lindhout，2007），Archak等（2002）的研究顯示印度新近育成的番茄品種遺傳基礎比早期的窄，申璐等（2011）研究發現我國番茄品種也存在這一問題，而且遺傳基礎比國外的更窄。本試驗中66份供試材料所產生的平均遺傳相似系數為0.601，最大的遺傳相似系數為0.963，也表現出供試品種的遺傳基礎接近的特點，這不僅制約著我國番茄新品種的培育，而且加大了當下番茄品種的鑒別工作難度。因此要把9對SSR引物組合應用到番茄品種真實性的實際檢測中，在更大范圍內進行品種甄別，需要補充新的引物到組合中去，這也是下一步研究的重點。

劉淑君，楊悅儉，葉青靜．2011．AFLP技術在番茄品種鑒定中的應用．浙江農業科學，（4）：749-753．

申璐，沈火林，柴敏．2011．采用InDel和SSR標記分析番茄品種基因組DNA多態性．中國農業大學學報，16（2）：34-42．

宋建，陳杰，陳火英．2006．利用SSR 分子標記分析番茄的遺傳多樣性．上海交通大學學報：農業科學版，24（6）：524-528．

蘇永濤，劉楊，莊天明．2010．栽培番茄品種指紋圖譜的AFLP分析．中國蔬菜，（18）：34-39．

王柏柯，余慶輝，楊生保．2010．4個加工番茄新品種SSR指紋圖譜的構建與品種鑒定．新疆農業科學，47（7）：1474-1478．

王日升，李楊瑞，楊麗濤．2006．番茄栽培品種SSR 標記和形態標記的遺傳多樣性分析．熱帶亞熱帶植物學報，14（2）：120-125．

朱海山，張宏，毛昆明．2003．RAPD標記鑒定番茄雜交種子純度的研究．云南農業大學學報，18（3）：270-272．

Archak S，Karihaloo J L，Jain A．2002．RAPD markers reveal narrowing genetic base of Indian tomato cultivars．Current Science，82：1139-1143．

Bai Y L，Lindhout P．2007．Domestication and breeding of tomatoes：what have we gained and what can we gain in the future? Annals of Botany，100（5）：1085-1094．

Benor S，Zhang M Y，Wang Z F，Zhang H S．2008．Assessment of genetic variation in tomato（Solanum lycopersicum L．）inbred lines using SSR molecular markers．Genet Genomics，35（6）：373-379．

Suliman P S，Kashkush K，Shas H．2002．Generation and mapping of AFLP，SSRs and SNPs in Lycopersicon esculentum．Cell Mol Biol Lett，7（2A）：593-597．

Studies on Tomato Variety Identification Technology Using SSR Marker

ZHAO Hai-yan，WU Ming-sheng*，SONG-Ge，NIU-Qian，TIAN Hui-fang
（Beijing Seed Administration Station，Beijing 100088，China）

Taking 16 tomato hybrid varieties as material， 20 pairs of primer suited for tomato variety identification were screened from 200 pairs of SSR primer， and 66 tomato varieties were analyzed. 52 allelic gene variations were identified among these varieties. The allelic gene variation was in the range of 2-5， with an average of 2.6 allelic gene variation each locus. The cultivar identification ability of primer combination was analyzed by genetic clustering method. The results showed that the 66 tomato varieties could be efficiently identified by only 9 pairs of SSR primer. The SSR-DNA fingerprinting constructed with these 9 pairs of primer combination could be used as genetic tag for variety authenticity identification.

Tomato；SSR；Variety identification； Fingerprinting

趙海艷，女，碩士，農藝師，專業方向：種子質量檢測，E-mail：zhaoh_yan@163.com

*通訊作者（Corresponding author）：吳明生，男，高級農藝師，專業方向：種子質量檢測，E-mail：chpwcx2010@sina.com

2014-06-06；接受日期：2014-11-15

北京市科技計劃項目（D131100000413001）