川南地區漢族人群D1S80基因座多態性分析

張天丹等

[摘要] 目的 了解川南地區漢族人群D1S80位點群體遺傳多態性。方法 采用PCR結合聚丙烯酰胺PAGE電泳及高靈敏度銀染技術，即Amp-FLP方法對川南地區120名漢族無血緣關系個體D1S80位點進行多態性分析。結果 在所調查的120名無關個體樣本中，觀察到D1S80基因座有18個等位基因，基因頻率分布在0.004166667～0.1958333333之間，雜合度為0.7869，個體識別力為0.87，非父排除率為0.8152，其基因型頻率分布符合Hardy-Weinberg平衡法則。結論 D1S80基因座的PCR分型具有較好的準確性和靈敏度，為法醫學個體識別和親權鑒定、遺傳病基因鏈鎖分析等的研究及應用提供了川南地區有用的遺傳信息。

[關鍵詞] D1S80位點；VNTR；遺傳多態性；川南地區

[中圖分類號] Q786 [文獻標識碼] A [文章編號] 2095-0616（2014）01-09-03

人類基因組中存在許多具有高度多態性的可變數目串聯重復序列（variable number tandem repeat，VNTR）。D1S80是以16bp為重復單元的VNTR位點，是進行法醫學個體識別和親權鑒定、遺傳病基因鏈鎖分析等研究的良好遺傳標記之一[1-3]。D1S80位點的遺傳信息雖然在我國漢族其他地區已有報道[3-5]，但是川南地區漢族人群D1S80位點群體遺傳資料并不清楚。現應用擴增片段長度多態性（amplified fragment length polymorphism，Amp-Flp），即PCR結合高分辨PAGE電泳及高靈敏度銀染技術[1]，首次對四川南部地區120名漢族無血緣關系個體D1S80

1 材料與方法

1.1 樣本收集與DNA提取

收集川南瀘州地區漢族無關個體外周血樣本120名樣本，均于2012年6月～2013年3月在瀘州醫學院附屬醫院檢驗科收集，EDTA抗凝，用蛋白酶消化和酚/氯仿法提取DNA[6-7]。紫外分光光度計測定OD260和OD280值，并確定樣本濃度及純度[7-8]。

1.2 主要儀器及試劑

基因擴增儀（德國EPP224-Eppendorf 5331型），電泳系統（美國BIO-RAD Powerpac Basic），凝膠圖像成像儀（美國BIO-RAD），蛋白酶K，2×Taq master mix，dNTP，丙烯酰胺。擴增D1S80位點的引物序列為（DS80R： 5-GAAACTGGCCTCCAAACACTGCCCGCCG-3，D1S80L： 5-GTCTTGTTGGAGATGCACGTGCCCCTTGC-3）。

1.3 PCR擴增

用20μL體系，含DNA樣本3.5μL約10ng，2μL引物，10μL的2×Taq master mix，4.5μL的ddH2O。擴增條件為：先95℃預變性1min 30s，再94℃變性40s，65℃退火30s，72℃延伸40s，共完成35個循環，然后72℃延伸5min，最后置4℃保溫。

1.4 擴增產物的電泳檢測

先用1.5%的瓊脂糖凝膠水平電泳PCR擴增產物，根據條帶亮度決定下一步的垂直聚丙烯酰胺電泳中所加入的樣本量。然后，用凝膠板大小160mm×200mm×0.75mm，凝膠濃度5%，作垂直聚丙烯酰胺凝膠電泳。電泳緩沖液1×TAE，150V恒壓電泳70～90min，銀染顯帶。銀染結果在凝膠圖像成像儀（BIO-RAD）上分析并照相。并將D1S80位點等位基因擴增產物進行直接測序，建立分型標準。

1.5 統計學處理

基因頻率按照直接計數法測定，用x2檢驗比較基因型分布資料的觀察值及理論值，判斷是否符合Hardy-Weinberg平衡，雜合度（H），個體識別力（DP）的計算參照《法醫物證學》[9]，非父排除率（PE）的計算參照文獻[10]的方法計算。

2 結果

我們收集川南瀘州地區漢族無關個體外周血樣本120名，用蛋白酶消化和酚/氯仿法提取DNA，用紫外分光光度計測定OD260和OD280值，發現樣本DNA濃度及純度好。然后對這些無血緣關系個體完成了D1S80基因座多態性PCR和PAGE電泳分析。代表性電泳結果如下圖1所示（圖1）。

M：DNA分子量標記DL600（顯示400和500bp片段）；

下標26/31為一無關個體的兩個等位基因的分型大小，其他個體的等位基因分型亦在下標中注明

在所調查的120名瀘州地區漢族無親緣關系個體樣本中，共觀測到D1S80基因座有18個等位基因，基因頻率分布在0.004166667～0.1958333333之間（表1），其頻率以D1S80*23（0.195833333）最高。雜合度為0.7869，個體識別力為0.87，非父排除率PE為0.8152。

3 討論

隨著遺傳學研究的不斷深入和人類基因組計劃的完成，人們發現人類基因組中存在大量具有高度多態性的可變數目串聯重復序列[1-3]。其中D1S80是以16bp為重復單元的VNTR位點，定位于染色體1p，其核心序列為GNNGACCACCGGNAAG。對這些可變數目串聯重復序列和短串聯重復序列（short tandem repeat，STR）多態性分析是非常必要的。從我們對川南地區120名漢族無血緣關系個體D1S80基因座多態性進行的研究表明，該位點的PCR分型具有較好的準確性和靈敏度（圖1）。在所調查的120名瀘州地區漢族無親緣關系個體樣本中，共觀測到D1S80基因座有18個等位基因，基因頻率分布在0.004166667～0.1958333333之間，其頻率以D1S80*23（0.195833333）最高。雜合度為0.7869，個體識別力為0.87，非父排除率PE為0.8152。endprint

雖然國內有不同的學者在多個不同地區漢族、或者不同民族的無血緣關系人群中，進行了D1S80位點的多態性遺傳學分析[2，4-5，11-15]，但我們是首次對川南地區漢族人群的分析。在這里，我們調查了川南地區漢族人群120名漢族無血緣關系個體，對D1S80基因座的分析結果表明，該基因座多態信息含量大，雜合度、個人識別力高，排除非父的幾率高，有利于從實踐上提高本地區相關鑒定的準確性和有效性。從而為法醫學個體識別和親權鑒定、遺傳病基因連鎖分析等的研究及應用提供了對川南地區非常有用的遺傳信息，豐富了D1S80多態性信息，是對我國漢族人群D1S80遺傳信息的非常重要的補充。

[參考文獻]

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（收稿日期：2013-09-06）endprint

雖然國內有不同的學者在多個不同地區漢族、或者不同民族的無血緣關系人群中，進行了D1S80位點的多態性遺傳學分析[2，4-5，11-15]，但我們是首次對川南地區漢族人群的分析。在這里，我們調查了川南地區漢族人群120名漢族無血緣關系個體，對D1S80基因座的分析結果表明，該基因座多態信息含量大，雜合度、個人識別力高，排除非父的幾率高，有利于從實踐上提高本地區相關鑒定的準確性和有效性。從而為法醫學個體識別和親權鑒定、遺傳病基因連鎖分析等的研究及應用提供了對川南地區非常有用的遺傳信息，豐富了D1S80多態性信息，是對我國漢族人群D1S80遺傳信息的非常重要的補充。

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雖然國內有不同的學者在多個不同地區漢族、或者不同民族的無血緣關系人群中，進行了D1S80位點的多態性遺傳學分析[2，4-5，11-15]，但我們是首次對川南地區漢族人群的分析。在這里，我們調查了川南地區漢族人群120名漢族無血緣關系個體，對D1S80基因座的分析結果表明，該基因座多態信息含量大，雜合度、個人識別力高，排除非父的幾率高，有利于從實踐上提高本地區相關鑒定的準確性和有效性。從而為法醫學個體識別和親權鑒定、遺傳病基因連鎖分析等的研究及應用提供了對川南地區非常有用的遺傳信息，豐富了D1S80多態性信息，是對我國漢族人群D1S80遺傳信息的非常重要的補充。

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