楊曉娜,田 云,盧向陽
(1.湖南農業大學生物科學技術學院,湖南 長沙 410128;2.湖南省農業生物工程研究所,湖南 長沙 410128)
NAC轉錄因子是近10年來新發現的具有多種生物功能的植物特異轉錄因子,為植物中最大的轉錄因子家族之一,該家族最主要的結構特點是其N端含大約150個高度保守的氨基酸組成的NAC結構域。2004年,Ernst等[1]通過實驗證明NAC結構域是一種新的轉錄因子折疊結構,其不含經典的螺旋-轉角-螺旋結構,而是由幾個螺旋環繞一個反向平行的β-折疊而成。目前,在擬南芥、水稻、葡萄、白楊、大豆和煙草等植物材料中分別鑒定了117、151、79、163、152和152個NAC轉錄因子新成員[2]。NAC轉錄因子在植物生物和非生物脅迫應答、激素信號途徑的轉導、機體的凋亡等方面發揮著重要的作用。作者在此綜述了NAC轉錄因子在植物細胞次生壁的形成、植物的衰老、側根的發育、莖、葉和種子的形成等生長發育過程中的重要調控作用及機理,指出了今后NAC轉錄因子研究的方向。
NAC轉錄因子由兩部分組成:N端的NAC結構域和C端的轉錄調控域。NAC結構域是該轉錄因子最主要的特點,具有DNA/蛋白質結合能力以及二聚化等作用;C端為高度變異的轉錄調控區,該端的共同特點是一些簡單氨基酸重復出現的頻率較高,同時富含絲氨酸、蘇氨酸、脯氨酸、谷氨酸等[3],具有轉錄激活或阻遏作用。
NAC轉錄因子的主要結構類型見圖1。
典型的NAC轉錄因子在其N端具有一個NAC結構域,并在C端含有一個多變的轉錄調控(transcription regulatory,TR)結構域(圖1a)[2]。另外,還有一些非典型的NAC轉錄因子,主要包括以下5種類型[2]:NAC結構域中含有1個負調控域且C端的轉錄調控域中含有1個跨膜模體(圖1b);只含NAC結構域(圖1c);含有2個串聯重復的NAC結構域(圖1d);NAC結構域的前面含有1個N端延伸(N-terminally extended,NTE)區域(圖1e);NAC結構域在C端,轉錄調控域在N端,且中間含有1個保守DNA結合域功能的鋅指模體(圖1f)。
NAC結構域可進一步分為A、B、C、D、E等5個亞結構域(圖1a),其中高度保守的亞結構域C和D主要與DNA結合,從而決定NAC轉錄因子的特性;亞結構域A可能參與功能二聚體的形成;亞結構域B和E與NAC轉錄因子的功能多樣性有關。
研究表明,NAC轉錄因子可通過影響植物次生壁各組分的分化、沉積、自溶以及與其它合成、修飾等相關基因的相互作用[4],來影響植株的開花、結實等生長發育過程。
2005年,Mitsuda等[5]首次發現NAC轉錄因子對次生壁的增厚起調控作用:擬南芥NST1和NST2可協同調節次生壁的加厚,并影響花粉的開裂。進一步研究表明,NST1和SND1/NST3不僅能夠促進次生壁的沉積,還能調控擬南芥長角果的形成,但這一過程不涉及細胞程序性死亡[6-7]。擬南芥SND1、SND2能上調次生壁合成相關基因、細胞壁修飾、木質素多聚化等轉錄因子的表達[8-9];而ANAC012基因的超表達,強烈抑制木質纖維中次生壁的沉積、減少植物細胞壁中的纖維素成分[10]。另外,在蒺藜苜蓿的生長發育過程中,nst1突變體中MtNST1蛋白功能的喪失,影響了花藥的開裂和保衛細胞壁中酚醛自體熒光物質的形成,主要通過阻遏木質素、纖維素及半纖維素合成相關基因的表達,降低了木質素和多糖的含量[11]。
次生細胞壁中木質素的沉積,能使植株變得堅硬牢固,增強植株的支撐力。擬南芥中XND1、VND7、VNI2蛋白通過直接/間接調控其它相關基因的表達,影響植物根和莖中木質部的分化[12-15]。另有研究表明,白楊木材形成過程中NAC轉錄因子也起著重要作用:PtrWND2B/6B蛋白中的WND區域能夠與SNBE元件相互結合,激活啟動子與次生壁生物合成、細胞壁修飾以及程序性細胞死亡相關基因的表達,影響次生壁的形成[16];PtVNS/PtrWND基因在白楊中的超表達也能夠誘導樹葉中異常次生壁的加厚[17]。
研究發現,NAC轉錄因子既能直接或間接地延緩植物衰老,又有加速植物衰老的作用。
植物衰老最主要的表觀體現是葉片,葉片是高等植物進行光合作用的主要器官,其發育主要受到遺傳基因的支配。NAC轉錄因子在葉片的衰老過程中起著重要的調控作用。微陣列分析發現,擬南芥NAC轉錄因子ANAC092/AtNAC2/ORE1能夠調控植物葉片的衰老:擬南芥ANAC092(ORE1)誘導的170個上調基因中有46%的基因與衰老相關[18]。NAC轉錄因子能夠加速植物葉片的衰老:隨著擬南芥蓮座葉的衰老,AtNAP基因的表達逐漸增強,nap突變株系中葉的衰老進程明顯延遲,將NAP轉化至該突變體中,表型得到恢復[19];在擬南芥中超表達金絲慈竹基因BeNAC1能夠引起擬南芥早熟,將BeNAC1轉入至能夠延緩植物衰老的擬南芥nap突變體中,可以使突變體恢復至野生型表型[20];擬南芥ORE1通過與GLKs結合,加速葉綠體的退化,從而加速了葉片的衰老進程[21]。Yang等[22]研究發現,AtVIN2基因在延緩葉片的衰老過程起重要作用,且這一過程受到鹽和ABA的調控:AtVIN2基因超表達使擬南芥葉片的衰老程度明顯降低;vni2-1突變體中葉片的衰老進程明顯加速;進一步研究發現,VNI2能夠與COR(COR15A、COR15B)和RD(RD29A、RD29B)基因的啟動子相互作用,在轉錄水平上促進這些基因的表達,提高植物的耐逆性并延緩植物葉片的衰老;最終證明VNI2是通過調節高鹽環境下葉片的壽命,從而成為整合發育信號和環境信號的一個重要調控因子。
NAC轉錄因子在植物果實和根瘤的衰老過程中也具有重要調控作用。果實的衰老與植物體內多種激素的作用相關,如與乙烯信號途徑網絡密切相關:AtNAP基因對擬南芥長角果的衰老過程具有促進作用,表現在nap突變體中長角果的衰老推遲了4~5 d,且AtNAP對于乙烯所激發的呼吸躍變是必需的[23];Shan等[24]通過酵母雙雜交和雙熒光互補等實驗發現,香蕉MaNAC1/2蛋白能夠與乙烯信號途徑中的重要組分MaEIL5蛋白相互作用,推測MaNAC1/2可能通過乙烯信號途徑參與香蕉果實的成熟過程。另外,植株的衰老還表現在體內蛋白酶的變化上:MtNAC969是根瘤形成過程中的重要轉錄調控因子,在MtNAC969 RNAi植物中,根瘤的衰老標志基因半胱氨酸蛋白酶基因(MtCP2)的表達量增加,植株表現為早衰[25]。
研究發現,NAC轉錄因子通過影響生長素信號相關基因的表達來促進側根的發育。例如:擬南芥NAC1的反義表達,能夠阻斷TIR1蛋白誘導的側根發育,且tir1突變體中NAC1的超表達能夠恢復側根的形成[26];AtNAC2在擬南芥中超表達也能夠促進側根的發育[27],這些研究表明NAC轉錄因子在側根的發育過程中起促進作用。de Zélicourt等[25]研究發現,MtNAC969在苜蓿側根發育過程中是一個負調控因子:MtNAC969基因超表達植株中側根的密度減小;而RNAi轉基因植物中側根的密度增大,但根瘤的數目沒有受到影響。另外,Hao等[28]研究也表明,大豆GmNAC20能夠通過影響生長素信號相關基因的表達,從而參與植物側根的發生與發育過程。
根冠是覆蓋于根頂端分生組織的冠狀細胞團,被認為是根感受重力的部位。Bennett等[29]發現NAC轉錄因子成員SMB、BRN1和BRN2在植物根冠的成熟過程中具有冗余的調控作用:SMB能單獨參與側根冠中無分裂、細長且具有液泡的細胞成熟過程以及根冠柱中剛性、長方形且無分裂的細胞成熟過程,smb-3突變體的側根冠成熟延遲,且不能從根上脫離;BRN1和BRN2在影響根冠成熟過程中與SMB具有功能冗余作用;另外,SMB、BRN1和BRN2能夠激活6個VND/NST靶基因(CESA8、IRX9、4CL1、XCP1、SND2和SND3)和3個根冠成熟相關基因(CEL3、CEL5和QUA1)的轉錄。
NAC轉錄因子在細胞的分裂和分化、莖、葉及種子等器官的形成過程中也起著重要調控作用。
Kim等[30]通過實驗證明了膜結合蛋白NTM1能夠通過蛋白裂解從膜上釋放出來,經過活化的NTM1進入細胞核并誘導一系列細胞周期蛋白依賴性激酶抑制基因的表達,阻遏組蛋白H4基因的表達,從而減少細胞的分裂;Takeda等[31]也研究證明了CUC1蛋白能夠抑制邊界區域的器官分化,它通過直接激活核因子基因LSH4/3的轉錄來進行調控。更多的研究表明NAC轉錄因子廣泛參與了植物莖、葉和種子的形成過程:Vroemen等[32]研究表明CUC3與CUC1、CUC2在調節器官分化方面具有功能冗余,而CUC3在邊界與莖分生組織的形成過程中具有重要作用;番茄的GOB蛋白通過影響番茄小葉的發生及其分離,最終影響了番茄葉片的葉型[33];水稻OsNAC2的超表達能夠影響水稻分蘗芽的生長,調控分枝的發育[34];ANAC036蛋白通過影響植株葉和莖中細胞的大小,調控葉片、葉柄和莖的長度,引起植株半矮化表型[35];Kunieda等[36]分別分析nars1、nars2單突變體和雙突變體種子的形態,發現NARS1和NARS2蛋白能夠調控種子的形態,并具有功能冗余,進一步研究發現NARS1和NARS2是通過調節胚珠外皮的發育和退化而影響植物胚胎的形成。
32種已鑒定的與植物生長發育相關的重要NAC轉錄因子見表1。
NAC轉錄因子是植物所特有的一類轉錄調控因子,其不僅在植物干旱、高鹽、低溫等非生物脅迫應答過程中具有調控作用,也在植物病蟲害等生物脅迫應答反應中具有調節作用,并且在植物細胞次生壁形成、植物衰老與側根發育、植物株型建成及器官分化等生長發育過程中均具有重要調控作用。今后將主要圍繞以下方面開展相關研究工作:一是進一步克隆鑒定新的NAC轉錄因子新成員,并對其生物學功能進行驗證,以期發現NAC轉錄因子的新功能;二是深入探討NAC轉錄因子的調控作用機理及調控網絡。通過挖掘NAC轉錄因子在植物體內的上下調控因子及其相互關系,闡明NAC轉錄因子在植物體內的調控作用機理,尤其是探討NAC轉錄因子在不同信號途徑和/或不同生理過程中的協同調控作用機理及調控網絡。
[1] Ernst H A,Olsen A N,Larsen S,et al.Structure of the conserved domain of ANAC,a member of the NAC family of transcription factors[J].EMBO Rep,2004,5(3):297-303.
[2] Puranik S,Sahu P P,Srivastava P S,et al.NAC Proteins:Regulation and role in stress tolerance[J].Trends Plant Sci,2012,17(6):369-381.
[3] Olsen A N,Ernst H A,Leggio L L,et al.NAC Transcription factors:Structurally distinct,functionally diverse[J].Trends Plant Sci,2005,10(2):79-87.
[5] Mitsuda N,Seki M,Shinozaki K,et al.The NAC transcription factors NST1 and NST2 ofArabidopsisregulate secondary wall thickenings and are required for anther dehiscence[J].Plant Cell,2005,17(11):2993-3006.
表1植物生長發育相關的NAC轉錄因子

Tab.1The NAC transcription factors and their functions in plant growth and development
[6] Mitsuda N,Iwase A,Yamamoto H,et al.NAC Transcription factors,NST1 and NST3,are key regulators of the formation of secondary walls in woody tissues ofArabidopsis[J].Plant Cell,2007,19(1):270-280.
[7] Mitsuda N,Ohme-Takagi M.NAC Transcription factors NST1 and NST3 regulate pod shattering in a partially redundant manner by promoting secondary wall formation after the establishment of tissue identity[J].Plant J,2008,56(5):768-778.
[8] Hussey S G,Mizrachi E,Spokevicius A V,et al.SND2,A NAC transcription factor gene,regulates genes involved in secondary cell wall development inArabidopsisfibres and increases fibre cell area inEucalyptus[J].BMC Plant Biol,2011,11:173.
[9] Zhong R,Demura T,Ye Z H.SND1,A NAC domain transcription factor,is a key regulator of secondary wall synthesis in fibers ofArabidopsis[J].Plant Cell,2006,18(11):3158-3170.
[10] Ko J H,Yang S H,Park A H,et al.ANAC012,A member of the plant-specific NAC transcription factor family,negatively regulates xylary fiber development inArabidopsisthaliana[J].Plant J,2007,50(6):1035-1048.
[11] Zhao Q,Gallego-Giraldo L,Wang H,et al.A NAC transcription factor orchestrates multiple features of cell wall development inMedicagotruncatula[J].Plant J,2010,63(1):100-114.
[12] Yamaguchi M,Kubo M,Fukuda H,et al.Vascular-related NAC-DOMAIN7 is involved in the differentiation of all types of xylem vessels inArabidopsisroots and shoots[J].Plant J,2008,55(4):652-664.
[13] Yamaguchi M,Mitsuda N,Ohtani M,et al.Vascular-related NAC-DOMAIN7 directly regulates the expression of a broad range of genes for xylem vessel formation[J].Plant J,2011,66(4):579-590.
[14] Yamaguchi M,Ohtani M,Mitsuda N,et al.VND-INTERACTING2,a NAC domain transcription factor,negatively regulates xylem vessel formation inArabidopsis[J].Plant Cell,2010,22(4):1249-1263.
[15] Zhao C,Avci U,Grant E H,et al.XND1,A member of the NAC domain family inArabidopsisthaliana,negatively regulates lignocellulose synthesis and programmed cell death in xylem[J].Plant J,2008,53(3):425-436.
[16] Zhong R,McCarthy R L,Lee C,et al.Dissection of the transcriptional program regulating secondary wall biosynthesis during wood formation in poplar[J].Plant Physiol,2011,157(3):1452-1468.
[17] Ohtani M,Nishikubo N,Xu B,et al.A NAC domain protein family contributing to the regulation of wood formation in poplar[J].Plant J,2011,67(3):499-512.
[18] Balazadeh S,Siddiqui H,Allu A D,et al.A gene regulatory netw-ork controlled by the NAC transcription factor ANAC092/AtN-AC2/ORE1 during salt-promoted senescence[J].Plant J,2010,62(2):250-264.
[19] Guo Y,Gan S.AtNAP,A NAC family transcription factor,has an important role in leaf senescence[J].Plant J,2006,46(4):601-612.
[20] Chen Y,Qiu K,Kuai B,et al.Identification of an NAP-like transcription factor BeNAC1 regulating leaf senescence in bamboo (Bambusa emeiensis′Viridiflavus′)[J].Physiol Plant,2011,142(4):361-371.
[21] Rauf M,Arif M,Dortay H,et al.ORE1 Balances leaf senescence against maintenance by antagonizing G2-like-mediated transcription[J].EMBO Rep,2013,14(4):382-388.
[22] Yang S D,Seo P J,Yoon H K,et al.TheArabidopsisNAC transcription factor VNI2 integrates abscisic acid signals into leaf senescence via the COR/RD genes[J].Plant Cell,2011,23(6):2155-2168.
[23] Kou X,Watkins C B,Gan S S.ArabidopsisAtNAP regulates fruit senescence[J].J Exp Bot,2012,63(17):6139-6147.
[24] Shan W,Kuang J F,Chen L,et al.Molecular characterization of banana NAC transcription factors and their interactions with ethylene signalling component EIL during fruit ripening[J].J Exp Bot,2012,63(14):5171-5187.
[25] de Zélicourt A,Diet A,Marion J,et al.Dual involvement of a Medicago truncatula NAC transcription factor in root abiotic stress response and symbiotic nodule senescence[J].Plant J,2012,70(2):220-230.
[26] Xie Q,Frugis G,Colgan D,et al.ArabidopsisNAC1 transduces auxin signal downstream of TIR1 to promote lateral root development[J].Genes Dev,2000,14(23):3024-3036.
[27] He X J,Mu R L,Cao W H,et al.AtNAC2,A transcription factor downstream of ethylene and auxin signaling pathways,is involved in salt stress response and lateral root development[J].Plant J,2005,44(6):903-916.
[28] Hao Y J,Wei W,Song Q X,et al.Soybean NAC transcription factors promote abiotic stress tolerance and lateral root formation in transgenic plants[J].Plant J,2011,68(2):302-313.
[29] Bennett T,van den Toorn A,Sanchez-Perez G F,et al.SOMBRERO,BEARSKIN1,and BEARSKIN2 regulate root cap maturation inArabidopsis[J].Plant Cell,2010,22(3):640-654.
[30] Kim Y S,Kim S G,Park J E,et al.A membrane-bound NAC transcription factor regulates cell division inArabidopsis[J].Plant Cell,2006,18(11):3132-3144.
[31] Takeda S,Hanano K,Kariya A,et al.CUP-SHAPED COTYLEDON1 transcription factor activates the expression of LSH4 and LSH3,two members of the ALOG gene family,in shoot organ boundary cells[J].Plant J,2011,66(6):1066-1077.
[32] Vroemen C W,Mordhorst A P,Albrecht C,et al.The CUPSH-APED COTYLEDON3 gene is required for boundary and shoot meristem formation inArabidopsis[J].Plant Cell,2003,15(7):1563-1577.
[33] Berger Y,Harpaz-Saad S,Brand A,et al.The NAC-domain transcription factor GOBLET specifies leaflet boundaries in compound tomato leaves[J].Development,2009,136(5):823-832.
[34] Mao C,Ding W,Wu Y,et al.Overexpression of a NAC-domain protein promotes shoot branching in rice[J].New Phytol,2007,176(2):288-298.
[35] Kato H,Motomura T,Komeda Y,et al.Overexpression of the NAC transcription factor family gene ANAC036 results in a dwarf phenotype inArabidopsisthaliana[J].J Plant Physiol,2010,167(7):571-577.
[36] Kunieda T,Mitsuda N,Ohme-Takagi M,et al.NAC Family proteins NARS1/NAC2 and NARS2/NAM in the outer integument regulate embryogenesis inArabidopsis[J].Plant Cell,2008,20(10):2631-2642.