石榴等觀賞植物DFR基因生物信息學(xué)分析

摘要：根據(jù)GenBank 中已登錄的紅花石榴、粉花石榴、姜荷花、芍藥、水母雪蓮、大麗花、瓜葉菊和蘭花等植物二氫黃酮醇 4-還原酶（DFR）基因的核苷酸序列和氨基酸序列，應(yīng)用生物信息學(xué)軟件對其核苷酸序列的外顯子、氨基酸序列的理化性質(zhì)、疏水性/親水性和跨膜結(jié)構(gòu)等進(jìn)行了預(yù)測。結(jié)果表明，這幾種植物DFR基因均存在1個外顯子，含量最豐富的氨基酸是Ala、Gly、Cys和Thr；除紅花石榴和粉花石榴DFR屬于不穩(wěn)定蛋白外，其余植物均屬于穩(wěn)定蛋白。這幾種植物DFR蛋白均為親水性蛋白，存在明顯的疏水區(qū)和親水區(qū)以及跨膜結(jié)構(gòu)等。

關(guān)鍵詞：石榴；二氫黃酮醇 4-還原酶（DFR）；生物信息學(xué)；理化性質(zhì)；跨膜結(jié)構(gòu)

中圖分類號：Q811.4文獻(xiàn)標(biāo)識號：A文章編號：1001-4942（2013）04-0008-04

基于生物學(xué)試驗(yàn)數(shù)據(jù)，由分子生物學(xué)和信息科學(xué)技術(shù)相結(jié)合的生物信息學(xué)已成為后基因組時代用于揭示和探索生命奧秘的重要方法[8，9]。本研究采用生物信息學(xué)的方法，以石榴為重點(diǎn)，對紅花石榴、粉花石榴、姜荷花、芍藥、水母雪蓮、大麗花、瓜葉菊和蘭花等植物DFR核苷酸及相應(yīng)氨基酸序列的外顯子、理化特性、親水性/疏水性和跨膜結(jié)構(gòu)等進(jìn)行預(yù)測和推斷，以期為深入開展二氫黃酮醇4-還原酶的酶學(xué)特性、花色素苷生物合成的分子機(jī)制等提供理論依據(jù)。

1材料與方法

11數(shù)據(jù)

12方法

DFR基因核苷酸序列分析采用在線軟件 GENE SCAN 進(jìn)行；DFR基因編碼蛋白的理化性質(zhì)采用Protparam 預(yù)測；疏水性/親水性采用ProtScale進(jìn)行預(yù)測；跨膜結(jié)構(gòu)域采用 TMPred 預(yù)測。各分析軟件的網(wǎng)站見表 1。

2結(jié)果與分析

21核苷酸序列的外顯子分析