甘藍(lán)型油菜及其親本種BAC末端重復(fù)序列分析

摘要：以蕓薹屬的３個物種（甘藍(lán)型油菜Ｂｒａｓｓｉｃａ ｎａｐｕｓ、白菜Ｂ． ｒａｐａ、甘藍(lán)Ｂ． ｏｌｅｒａｃｅａ）的ＢＡＣ末端序列為研究對象，對其重復(fù)序列的組成和比例、ＧＣ含量做了初步的比較研究。３個物種中ＢＡＣ末端重復(fù)序列所占的比例分別是１８．９８％、１９．３７％和１９．４５％。３個物種的ＢＡＣ末端重復(fù)序列均可分為反轉(zhuǎn)座子、轉(zhuǎn)座子、小ＲＮＡ、微衛(wèi)星、簡單重復(fù)序列和低復(fù)雜度序列６種類型，其中反轉(zhuǎn)座子所占比例最大，甘藍(lán)型油菜ｒＤＮＡ的含量明顯高于其他兩個物種中該重復(fù)類型的含量。

關(guān)鍵詞：甘藍(lán)型油菜（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｎａｐｕｓ）；親本種；ＢＡＣ末端；重復(fù)序列

中圖分類號：Ｓ５６５．４ 文獻(xiàn)標(biāo)識碼：Ａ 文章編號：0439－８114（２０11）19－4073-04

ＢＡＣ Ｅｎｄ Repeat Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｂｒａｓｓｉｃａ ｎａｐｕｓ ａｎｄ Ｉｔｓ Ｐａｒｅｎｔａｌ Ｓｐｅｃｉｅｓ

ＣＡＯ Ｒｕｉ，ＬＩ Ｒｕｉ－ｙｕａｎ，ＬＯＮＧ Ｙａｎ，ＭＥＮＧ Ｊｉｎ－ｌｉｎｇ

（Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｐｌａｎｔ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ， Ｈｕａｚｈｏｎｇ Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ， Ｗｕｈａｎ， ４３００７０， Ｃｈｉｎａ）

Ａｂｓｔｒａｃｔ： Ｔｈｅ ｒｅｐｅａｔ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ’ ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ ａｎｄ ｐｒｏｐｏｒｔｉｏｎ， ＧＣ ｃｏｎｔｅｎｔ ｉｎ ＢＡＣ ｅｎｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｂｒａｓｓｉｃａ ｓｐｅｃｉｅｓ ａｎｄ ｉｔｓ ｐａｒｅｎｔａｌ ｓｐｅｃｉｅｓ Ｂｒａｓｓｉｃａ ｎａｐｕｓ， Ｂ． ｒａｐａ， Ｂ． ｏｌｅｒａｃｅａ ｗere ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅｌｙ ａｎａｌｙｚｅｄ． Ｔｈｅ ｐｒｏｐｏｒｔｉｏｎ ｏｆ BAC and ｒｅｐｅａｔ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｉｎ Ｂ． ｎａｐｕｓ， Ｂ． ｒａｐａ， Ｂ． ｏｌｅｒａｃｅａ ｗａｓ １８．９８％， １９．３７％， １９．４５％， ｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ． Ｔｈｅ ｒｅｐｅａｔ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｉｎ ＢＡＣ ｅｎｄ ｏｆ ｔｈｅ ｔｈｒｅｅ ｓｐｅｃｉｅｓ ｃｏｕｌｄ ｂｅ ｃｌａｓｓｉｆｉｅｄ ｉｎｔｏ ６ ｔｙｐｅｓ of retrotransposon， transposon， miRNAs， microsatellite， simple sequence repeat and low complexity sequence， ａｍｏｎｇ ｗｈｉｃｈ ｒｅｔｒｏｔｒａｎｓｐｏｓｏｎ ｃｏｎｔｒｉｂｕｔｅｄ ｔｏ ｔｈｅ ｈｉｇｈｅｓｔ ｐｒｏｐｏｒｔｉｏｎ； ａｎｄ ｔｈｅ ｒａｔｉｏ ｏｆ ｒＤＮＡ ｉｎ Ｂ． ｎａｐｕｓ ｗａｓ ｍｕｃｈ ｈｉｇｈｅｒ ｔｈａｎ ｔｈａｔ ｉｎ ｔｈｅ ｏｔｈｅｒ ｔｗｏ ｓｐｅｃｉｅｓ．

Ｋｅｙ ｗｏｒｄｓ： Ｂｒａｓｓｉｃａ ｎａｐｕｓ； ｐａｒｅｎｔａｌ ｓｐｅｃｉｅｓ； ＢＡＣ ｅｎｄ； ｒｅｐｅａｔ ｓｅｑｕｅｎｃｅ

１９３５年日本學(xué)者總結(jié)前人的實驗結(jié)果，并在細(xì)胞學(xué)研究的基礎(chǔ)上，提出了禹氏三角假說［１］，認(rèn)為蕓薹屬栽培種包括３個二倍體基本種：白菜（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｒａｐａ，ＡＡ，２ｎ＝２０）、甘藍(lán)（Ｂ． ｏｌｅｒａｃｅａ，ＣＣ，２ｎ＝１８）和黑芥（Ｂ． ｎｉｇｒａ，ＢＢ，２ｎ＝１６），以及３個四倍體復(fù)合種：甘藍(lán)型油菜（Ｂ． ｎａｐｕｓ，ＡＡＣＣ，２ｎ＝３８）、芥菜型油菜（Ｂ． ｊｕｎｃｅａ，ＡＡＢＢ，２ｎ＝３６）和埃塞俄比亞芥（Ｂ． ｃａｒｉｎａｔａ，ＢＢＣＣ，２ｎ＝３４），其種間關(guān)系如圖１所示：

盡管前人對甘藍(lán)型油菜、白菜和甘藍(lán)３個物種的基因組進(jìn)行了許多基于細(xì)胞學(xué)、遺傳學(xué)的比較分析，但由于基因組測序成本的限制，很少有直接大規(guī)模利用３個基因組的序列進(jìn)行比較生物學(xué)分析的報道。細(xì)菌人工染色體（Ｂａｃｔｅｒｉａｌ ａｒｔｉｆｉｃｉａｌ ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅｓ，ＢＡＣ）文庫的構(gòu)建對于基因組的測序起著至關(guān)重要的作用。ＢＡＣ克隆載體一般可以插入１００～３００ ｋｂ的外源基因組片段［２］。對每個插入的外源基因組序列進(jìn)行末端測序可得ＢＡＣ末端序列，每個末端序列的長度約為５００ ｂｐ。本研究利用甘藍(lán)型油菜及其親本種白菜和甘藍(lán)的ＢＡＣ末端序列，對其所含重復(fù)序列的組成和比例、ＧＣ含量進(jìn)行了初步的比較。

１材料與方法

１．１３個物種ＢＡＣ末端序……