Sinofiler試劑盒D13S317基因座變異1例

趙珍敏，柳燕

（司法部司法鑒定科學技術研究所上海市法醫學重點實驗室，上海200063）

Sinofiler試劑盒D13S317基因座變異1例

趙珍敏，柳燕

（司法部司法鑒定科學技術研究所上海市法醫學重點實驗室，上海200063）

法醫遺傳學；Sinofiler試劑盒；STR；變異

1 案例

1.1 案情

為申報戶口，父親楊某與妻子和女兒來我中心，要求對楊某與女兒是否具有父女關系進行檢驗，分別采取三人的指尖血備檢。

1.2 檢驗過程

Chelex-100法提取基因組DNA。分別采用sinofiler試劑盒（美國AB公司）和PowerPlex16試劑盒（美國Promega公司）進行多重PCR擴增。PCR反應體系總體積為12.5 μL，反應體系和條件參見試劑盒使用手冊。擴增產物通過3100遺傳分析儀進行毛細管電泳，用Genemapper ID v3.2軟件分析各基因座的基因型。

1.3 結果

檢驗結果表明，除D13S317基因座外，楊某在其余14個STR基因座的基因型均滿足作為其女兒生物學父親的遺傳條件。Sinofiler試劑盒中，D13S317基因座的基因型為“12，12”，PowerPlex16試劑盒中D13S317基因座的基因型為“12，13”。根據D13S317基因座的重復序列結構區兩側翼序列，采用Primer Premier5.0軟件設計了引物，PCR反應體系總體積為25 μL，含ddH2O 10.75 μL、10×Buffer 2.5 μL、Taq酶（5 U/μL）1μL、10 μmol/L引物各1μL、2.5 mmol/L dNTPs 2 μL、25mmol/L Mg2+1.75μL、模板DNA 5μL。PCR反應在9700擴增儀上進行，循環參數如下：95℃5min；95℃20s，58℃20s，72℃15s，循環35次；72℃5min。PCR產物經過含有0.5mg/L溴化乙錠（ethidium biomide，EB）的1.5%瓊脂糖凝膠電泳，通過紫外凝膠成像系統成像，在確認有預期大小的條帶后將剩余PCR產物和引物送交上海捷瑞生物有限公司進行正反向測序。測序結果表明，被檢孩子與父親相比，在產物的3’末端附近存在兩個單核苷酸多態性（SNP）突變。

2 討論

1997年11月，美國聯邦調查局建立了聯合DNA索引系統（Combined DNA Index System，CODIS），該系統由13個短串聯重復序列(Short Tandem Repeat，STR）基因座組成，分別為D3S1358、vWA、FGA、D8S1179、D21S11、D18S51、D5S818、D13S317、D16S539、TH01、TPOX、CSF1PO和D7S820。該系統分別被歐洲，美洲國家用于法醫學個體識別和DNA數據庫的構建，在我國CODIS基因座也用于構建罪犯DNA數據庫。由于各國實驗室使用的基因座種類、數目及檢測方法均大致相同，從而為以后的數據交流和資源共享打下了基礎，所以這13個STR基因座也稱為核心STR基因座。在這13個STR基因座的基礎上，2000年5月，美國Promega公司開發了兩個五核苷酸重復STR基因座Penta D和Penta E，構成PowerPlex16試劑盒，2001年7月美國AB公司開發了兩個四核苷酸重復STR基因座D2S1338和D19S433，構成了Identifiler試劑盒。2007年1月，美國AB公司將Identifiler試劑盒中的TH01、TPOX基因座替換為D6S1043和D12S391，構成了Sinofiler試劑盒。以上三個試劑盒幾乎成為了全球法醫DNA分析所使用的最主要的試劑盒[1-2]。

在以往的實踐中，在等位基因階梯和陽性對照分型正確的基礎上，很少會懷疑試劑盒對樣品分型結果的正確性。盡管由于產品保密的原因，無法知道Sinofiler試劑盒D13S317基因座引物的確切位置，但是本文的測序結果依然提示我們，STR基因座作為一種傳統遺傳標記，不僅僅存在高突變率的缺陷[3]，由于人類基因組的復雜性，在STR基因座中也同時存在著SNP，當SNP突變發生在引物結合區時，就可能出現擴增失敗或擴增效率很差的現象，在分型圖譜上表現出等位基因丟失或峰值顯著降低。

點評

STR基因座的高度多態性和其在基因傳遞過程中遵循孟德爾共顯性遺傳規律等的特點，使得PCRSTR復合擴增熒光檢測技術已經成為了國際法醫學界不可或缺的一項重要技術手段，無論在各國的罪犯DNA數據庫建設、刑事案件的偵破還是在個體識別、親權鑒定等司法實踐中都發揮著越來越重要的作用。SNP（single nucleotide polymophism），即單核苷酸多態性，是由于單個核苷酸改變而導致的核酸序列多態性。與STR相比，SNP更豐富地存在于基因組中，據估計在人類基因組中，每千個核苷酸就有一個以上的SNP，因此整個人類基因組中共有300萬以上的SNP。

因此，認識到STR基因座中也可能存在SNP的事實，有助于我們理解和解釋本文出現的兩個試劑盒在同一基因座上分型結果不同的現象，這也提示我們，在鑒定實踐中，不同廠家的試劑盒儲備也是十分必要的，當出現矛盾結果時，不同試劑盒的相互印證對于結果的可靠性顯得非常重要。

[1]趙珍敏，柳燕，林源.IdentifilerTM系統在親子鑒定中的突變觀察和分析[J]，法醫學雜志，2007，23（4）：290-294.

[2]Chengtao Li，Li L，Zhenmin Zhao，et al.Genetic polymorphism of 17 STR loci for forensic use in Chinese population from Shanghai in East China[J].Forensic Sci Int：Genetics，2009.3：117－118.

[3]李成濤，郭宏，趙珍敏，等.親權鑒定中常用STR基因座的基因組學和遺傳學分析[J]，法醫學雜志，2008，24，（3）：214-220.

（本文編輯：李成濤）

DF795.2

B

10.3969/j.issn.1671-2072.2011.01.025

1671-2072-（2011）01－0090－02

2010-09-17

趙珍敏（1967-），女，主檢法醫師，主要從事法醫遺傳學研究。E-mail：zhaozm@ssfjd.cn。