《太湖流域管理條例》主要圍繞五個方面作出制度安排

一是讓太湖流域居民“有水喝、喝好水”。為了保障流域內居民飲用水安全，條例強化了地方政府在飲用水水源保護方面的責任，要求地方政府建立飲用水水源日常巡查和監測制度，優先保障居民生活飲用水。

二是讓太湖流域水資源“合理配置、科學保護”。為了規范流域水資源配置和保護，條例規定流域水資源調度要遵循統一實施、分級負責的原則，首先滿足居民生活用水需要，并維持太湖合理水位；要求地方政府加強水功能區的監測和治理，健全節水、清淤和地下水保護制度，定期組織清淤和疏浚，禁止擅自開采承壓地下水。

三是讓太湖流域水環境能夠“由濁變清，由清變美”。為了強化流域水污染防治措施，條例明確要求建立流域排污總量控制制度；規定在太湖周邊及主要入太湖河道兩岸等重點區域，禁止新建、擴建化工、醫藥等項目，禁止違法新建排污口或者水上餐飲設施；要求地方政府推進農業面源污染治理和船舶污染防治，減少化肥和農藥的使用量，合理確定水產養殖規模，禁止運輸劇毒物質和危險化學品的船舶進入太湖；要求地方政府對污水處理設施進行脫氮除磷技術改造，明確5年內流域主要城鄉生活污水要實施統一收集和集中處理。

四是讓太湖水域面積“不受蠶食、不再萎縮”。為了加強防洪抗旱與水域岸線保護，條例明確禁止擅自占用水域岸線興建建設項目，凡興建建設項目導致水域面積縮小或者行洪、調蓄能力降低的，要采取補救措施；臨時占用水域、灘地的，要及時恢復原狀；禁止在太湖圈圩或者圍湖造地，嚴格控制聯圩并圩。

五是讓太湖流域治理措施“有保障、有監督”。為了確保太湖保護和治理的措施落到實處，條例完善了保障機制和監督措施，要求地方政府調整經濟結構，優化產業布局，嚴格限制高耗水、高污染建設項目，合理建設生態防護林，加強對濕地和水生生物資源保護；對減少排污的企業和農民實施扶持；建立行政區域間的生態效益補償機制；建立地方政府水資源保護和水污染防治目標責任考核制度。