《臺灣文獻匯刊》系“臺灣文獻史料出版工程”主體項目之一,由廈門大學(xué)與福建師范大學(xué)負(fù)責(zé)編纂。
《臺灣文獻匯刊》遴選匯編臺灣歷史文化研究領(lǐng)域最具權(quán)威性的珍稀文獻資料600余部。收錄的文獻資料,絕大部分是分藏于祖國大陸各地圖書館、檔案館以及散落于民間的孤本、珍本、抄本,也有一部分是近年在臺灣、日本等地新發(fā)現(xiàn)的珍貴文獻。這些文獻資料具有很高的史料價值和研究價值,為揭示臺灣歷史發(fā)展變遷,揭示兩岸不可分割的文化淵源關(guān)系,提供了最原始、最有力的證據(jù)。該項目出版之后,在海內(nèi)外產(chǎn)生了積極的影響,受到了兩岸學(xué)術(shù)界、出版界的廣泛關(guān)注和熱烈反響。

《臺灣文獻匯刊》輯錄涉臺歷史文化珍貴文獻史料600多部,4萬多頁,總計100冊,定價6萬元人民幣,已由九州出版社與廈門大學(xué)出版社于2004年正式出版。
《明清宮藏臺灣檔案匯編》系“臺灣文獻史料出版工程”主體項目之一,由海峽兩岸出版交流中心與中國第一歷史檔案館參與共同編纂。該書全面整理、解密了中國第一歷史檔案館所藏明清時期有關(guān)臺灣檔案,系統(tǒng)反映了臺灣地方與明清兩朝中央政府的關(guān)系,如實追記了明清政府對臺灣的有效管理,具有極其重要的研究價值。
《明清宮藏臺灣檔案匯編》所輯明清宮藏臺灣檔案自明朝天啟年間至晚清光緒時期,其內(nèi)容豐富翔實。舉凡鄭氏收復(fù)、康熙統(tǒng)一、乾隆平定、光緒設(shè)省等重大事件及官員任免、移民開發(fā)、海疆防務(wù)、甲午割讓等諸多臺地大小政事均有記載。有許多檔案是在這次編纂過程中第一次發(fā)現(xiàn),直接生動地反映了明清兩朝寶島臺灣的滄桑歷史。
《明清宮藏臺灣檔案匯編》已被列為“十一五”國家重點出版規(guī)劃項目,輯錄明清時期涉臺珍貴檔案18000多件,全書230冊,定價19.8萬元人民幣,由海峽兩岸出版交流中心策劃,九州出版社2008年12月正式出版。
《館藏民國臺灣檔案匯編》系“臺灣文獻史料出版工程”主體項目之一,由海峽兩岸出版交流中心與中國第二歷史檔案館共同編纂。該書全面整理、解密了中國第二歷史檔案館所藏民國時期有關(guān)臺灣問題檔案,系統(tǒng)反映了民國時期中國政府與臺灣的關(guān)系。
《館藏民國臺灣檔案匯編》所選檔案史料揭露日本對臺灣的殖民統(tǒng)治,記錄臺灣同胞在日據(jù)時期心向祖國,與日本殖民統(tǒng)治當(dāng)局進行的不屈抗?fàn)?;反映了抗?zhàn)勝利前后中國政府對臺灣地區(qū)的接收、管理及全面安排臺灣光復(fù)后經(jīng)濟、文化、教育等重建工作,是研究臺灣與祖國關(guān)系不可多得的第一手史料,具有極高的研究、參考與收藏價值。
《館藏民國臺灣檔案匯編》已被列為“十一五”國家重點出版規(guī)劃項目,輯錄民國涉臺珍貴檔案6000多件,13萬頁,總計300冊,定價28萬元人民幣,由海峽兩岸出版交流中心策劃,2007年由九州出版社出版。
“臺灣研究文庫出版工程”規(guī)劃出版的圖書由海峽兩岸出版交流中心策劃,九州出版社出版,通過對建國以來已出涉臺專著精選再版及對今后涉臺圖書規(guī)劃資助,把深入研究臺灣歷史、社會、政治、經(jīng)濟、文化,探討臺灣問題及兩岸關(guān)系的優(yōu)秀學(xué)術(shù)成果系統(tǒng)編纂出版。工程規(guī)劃出版圖書150種,約6000萬字,主要為大陸研究成果,其中,再版圖書約占40%,新版圖書約占60%;內(nèi)容分為四大部分:一是再版1949年以來大陸部分臺灣研究專著;二是國家社科基金資助項目中已完成暫未出版及正在進行的優(yōu)秀涉臺研究成果;三是全國各大院校涉臺優(yōu)秀博士論文(約有60余種);四是公開征集國內(nèi)各臺灣研究機構(gòu)已經(jīng)完成暫未出版及正在進行的涉臺優(yōu)秀研究成果。目前已出版的文庫規(guī)劃精品圖書《清代渡海巡臺制度研究》、《臺灣經(jīng)濟增長理論》、《清代臺灣市鎮(zhèn)研究》等專著受到兩岸學(xué)術(shù)界的極大關(guān)注,在一定程度上促進和豐富臺灣研究。