修訂后的《保障中小企業款項支付條例》自2025年6月1日起施行。《條例》共5章37條，修訂的主要內容如下：

明確工作職責。細化規定國家和地方層面負責中小企業促進工作綜合管理的部門，以及發展改革、財政、住房城鄉建設、交通運輸、水利、金融管理、國有資產監管、市場監督管理等有關部門，在保障中小企業款項支付工作中的職責。強調省、自治區、直轄市人民政府對本行政區域內保障中小企業款項支付工作負總責。

強化款項支付責任。明確機關、事業單位和大型企業支付中小企業款項的期限要求，增加規定大型企業應當自貨物、工程、服務交付之日起60日內支付款項；按照行業規范、交易習慣合理約定付款期限的，不得約定以收到第三方付款作為向中小企業支付款項的條件或者按照第三方付款進度比例支付中小企業款項。

完善監督管理和投訴處理措施。增加規定縣級以上人民政府及其有關部門通過監督檢查、函詢約談、督辦通報、投訴處理等措施，加大清理拖欠力度。明確受理投訴部門、處理投訴部門、投訴人、被投訴人等各主體的權利義務及投訴處理時限。規定拖欠中小企業款項情節嚴重或者造成嚴重不良社會影響的，對大型企業在財政資金支持、投資項目審批等方面依法依規予以限制。

加大違法處罰力度。對國有大型企業拖欠中小企業款項造成不良后果或者影響的，以及機關、事業單位和大型企業及其工作人員的打擊報復、濫用職權、玩忽職守等違法行為，補充完善了相關法律責任。