












摘 要:【目的】建立雙斑長跗螢葉甲成蟲觸角轉錄組數據庫,篩選雌蟲、雄蟲觸角中的差異表達基因并解析其涉及的生理功能,為進一步研究雙斑長跗螢葉甲的基因功能分析及嗅覺感受機制奠定分子基礎。
【方法】采用Illumina高通量測序技術對雙斑長跗螢葉甲雌蟲、雄蟲觸角進行轉錄組測序,對獲得的unigenes進行功能注釋、通路富集等生物信息學分析,利用RT-qPCR技術檢測氣味結合蛋白基因在觸角中的表達水平。
【結果】雙斑長跗螢葉甲雌、雄成蟲觸角轉錄組測序共獲得73 050條unigenes,Q30堿基百分比均在93.23%以上,34 233條unigenes至少在1個數據庫中獲得注釋。與雙斑長跗螢葉甲雌蟲觸角相比,雄蟲觸角中檢測到395個差異表達基因,其中288個基因上調表達,107個基因下調表達。
【結論】在GO注釋庫中,差異表達基因富集最顯著的功能為氣味結合、嗅覺受體活性和嗅覺感知。氣味結合蛋白基因在雌蟲、雄蟲觸角中的相對表達水平趨勢與轉錄組測序結果相符合,獲得了雙斑長跗螢葉甲成蟲觸角轉錄組數據庫。
關鍵詞:雙斑長跗螢葉甲;觸角轉錄組;功能注釋;差異表達基因
中圖分類號:S433 文獻標志碼:A 文章編號:1001-4330(2024)04-0984-11
0 引 言
【研究意義】雙斑長跗螢葉甲Monolepta signata,屬于鞘翅目Coleoptera,葉甲科Chrysomelidae,螢葉甲亞科Galerucinae,長跗螢葉甲屬Monolepta[1-3]。該葉甲在世界上主要分布于亞洲東部和東南部;在我國主要分布于西北、東南和西南地區[4-7]。雙斑長跗螢葉甲為多食性昆蟲,不僅為害玉米、棉花、高粱、豆類和十字花科蔬菜等多種作物,還取食多種雜草,且能在田間雜草和農作物之間轉移為害[8, 9]。雙斑長跗螢葉甲以幼蟲為害植物根部,成蟲取食寄主植物的葉片、花和果穗,具有為害期長、蟲口密度高、繁殖力強、擴散快等特點,危害多種作物[10, 11]。【前人研究進展】昆蟲利用靈敏的嗅覺系統來識別環境中的化學信號,并根據接收到的信號進行自身的生命活動,如定位寄主、尋找配偶和躲避天敵[15, 16]。昆蟲在尋找配偶時,雄蟲感受到雌蟲釋放的性信息素后沿著跡象尋找雌蟲,接近雌蟲后釋放自身的信息素,雌蟲除了根據雄蟲釋放的信息素評估后進行交配之外,交配后也要依據寄主揮發物定位產卵場所[17, 18]。觸角是昆蟲進行化學信號識別的主要器官,雌蟲、雄蟲觸角基因表達水平的差異直接影響了二者對環境中化學信號的識別與接收,最終導致了雌蟲、雄蟲生理和行為的差異[19]。轉錄組測序是對細胞或組織在某一生理條件下的所有轉錄信息進行高通量測序分析,轉錄組學是對生物體所有基因的表達調控、蛋白質功能等信息進行研究[21, 22]。高通量測序技術和分子生物學技術的快速發展為轉錄組學研究奠定了基礎[23, 24],隨著新一代高通量測序技術在昆蟲上的應用,目前對30余種鞘翅目昆蟲進行了觸角的轉錄組測序和分析[25-27],篩選出了參與嗅覺識別過程的相關蛋白基因,并利用生物信息學和分子生物學技術對關鍵基因進行了序列分析和功能驗證[28-31]。【本研究切入點】目前,對雙斑長跗螢葉甲的研究主要集中于生物學特性和綜合防治[12-14],關于其觸角在嗅覺識別過程的分子機制尚不清楚。
利用掃描電鏡觀察了雙斑長跗螢葉甲雌成蟲、雄成蟲觸角形態及感器類型 [20],而觸角是如何執行嗅覺功能的分子機制尚未報道。需選擇雙斑長跗螢葉甲成蟲觸角進行轉錄組分析及雌蟲、雄蟲差異基因的篩選,明確雙斑長跗螢葉甲成蟲觸角中的基因信息。【擬解決的關鍵問題】利用Illumina高通量測序技術對該葉甲雌、雄成蟲觸角進行轉錄組測序,構建雙斑長跗螢葉甲觸角轉錄組數據庫,對獲得的unigenes進行功能注釋,篩選出在雙斑長跗螢葉甲雌蟲、雄蟲觸角中差異表達基因,分析雙斑長跗螢葉甲雌蟲、雄蟲生理和行為差異的關鍵基因,為研究該葉甲觸角的基因功能和嗅覺感受機制奠定分子基礎。
1 材料與方法
1.1 材 料
雙斑長跗螢葉甲成蟲采集于新疆塔城地區沙灣市南灣鎮東灣村玉米地(85°48′E,44°03′N),實驗室內飼養,養蟲室溫度28℃,相對濕度控制在40%~50%,每日飼喂新鮮的棉花葉片。分別選擇活動能力較強的雌成蟲、雄成蟲并用顯微手術鑷子和剪刀切取觸角,以100對觸角為一個樣品,雌蟲、雄蟲各設置3個重復。將觸角與蟲體分離后迅速放入浸泡在液氮的離心管中,保存于-80℃低溫冰箱。
1.2 方 法
1.2.1 RNA提取、cDNA文庫構建及測序
用Trizol試劑(Invitrogen, USA)提取雙斑長跗螢葉甲雌、雄觸角樣品的總RNA,RNA的質量和完整性用1.0%的瓊脂糖凝膠電泳和Agilent 2100 bioanalyzer(Agilent Technologies, CA, USA)進行檢測。檢測合格的RNA樣品由北京諾禾致源科技股份有限公司完成cDNA文庫的構建與測序,測序平臺為Illumina NovaSeq 6000(Illumina, USA)。利用Oligo(dt)的磁珠富集帶有Poly A尾的mRNA后加入片段緩沖液,使其成為短片段mRNA,以短片段mRNA為模板,隨機寡核苷酸為引物合成cDNA第一條鏈。在DNA polymerase I體系下,以dNTPs為原料合成cDNA第二條鏈,用AMPure XP 系統(Beckman Coulter, Beverly, USA)篩選修復處理后的250~300 bp的片段,用PCR擴增后再次純化后建庫并質檢,質檢合格后上機測序。
1.2.2 數據拼接與組裝
對包含帶有測序接頭和測序質量較低的reads原始數據進行過濾,對測序錯誤率和GC含量分布進行檢查,Fastp軟件(version 0.19.7)被用于數據質量把控,保證獲得的clean reads能夠用于后續組裝。用Trinity軟件(version 2.6.6,默認參數)對clean reads進行拼接與組裝,用BUSCO軟件對拼接結果進行質量評估,確保得到高質量的轉錄本序列[32]。
1.2.3 基因功能注釋
利用Blast軟件(version 2.2.28+)將獲得的雙斑長跗螢葉甲觸角unigenes與NCBI蛋白數據庫(NCBI non-redundant protein sequences,NR)、GO數據庫、KEGG數據庫、Swiss-Prot數據庫(A manually annotated and reviewed protein sequence database)、蛋白家族數據庫(Protein family database,PFAM)、直系同源基因簇(Clusters of orthologous groups of protein,KOG/COG)和NCBI核酸序列數據庫(NCBI nucleotide sequences,NT)進行比對,獲得unigenes的注釋信息。
1.2.4 差異表達基因
利用基于負二項分布的DESeq2軟件(version 1.6.3)對雙斑長跗螢葉甲雌、雄蟲觸角的轉錄組數據進行組間差異表達分析,標準化處理后計算得到Fold Change,根據Padjust lt; 0.05 且 log2FoldChange>1的條件,篩選雙斑長跗螢葉甲雌蟲、雄蟲觸角中具有表達差異的基因。Clusterprofiler軟件(version 3.0.4)被用于差異表達基因的GO功能和KEGG通路富集分析,當Pvalue≤0.05時,認為差異表達基因在此GO功能或KEGG通路中顯著富集。
1.2.5 氣味結合蛋白基因相對表達水平
基于雙斑長跗螢葉甲觸角轉錄組unigenes功能注釋結果,選擇FPKM值(每千堿基轉錄序列中每百萬個堿基測序的預期片段數)較高的氣味結合蛋白(Odorant binding protein, OBP)基因進行RT-qPCR檢測,分析其在雌蟲、雄蟲觸角中的相對表達水平。選擇甘油醛-3-磷酸脫氫酶(Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase,GAPDH)基因作為內參基因,利用NCBI Primer -Blast 在線網站(https:// www. ncbi. nlm. nih. gov/ tools/ primer-blast/ index. cgi)設計引物,由北京諾禾致源科技股份有限公司合成引物。利用CFX Connect熒光定量PCR檢測系統(Bio-Rad,Hercules,CA,USA)對OBP基因進行測定,反應程序為:95℃預變性30 s后,95℃ 15 s和60℃ 30 s循環40次,將反應體系從65℃緩慢升溫至95℃,以每秒0.5℃的升溫速度擴增溶解曲線,每個樣品設置3次重復。以各基因在雌蟲觸角中的表達量作為對照,用2-△△CT法計算各基因在雄蟲觸角中的相對表達量。
1.3 數據處理
利用SPSS軟件(version 20.0)對試驗數據進行統計分析,應用獨立樣本t測驗法檢驗基因在雙斑長跗螢葉甲雌蟲觸角和雄蟲觸角表達量間的差異顯著性。表1
2 結果與分析
2.1 雙斑長跗螢葉甲觸角轉錄組測序統計與數據組裝
研究表明,各樣品clean bases皆超過了6 Gb,GC堿基占總堿基數的百分比為35.05%。Q20和Q30所占百分比分別在97.75%和93.23%以上,clean reads的測序錯誤率較低,轉錄組測序質量較好。共得到73 050個unigenes,平均長度為1 140 bp,N50和N90的平均長度分別為1 896 bp和440 bp,unigenes長度大于1 000 bp的有23 032條,占比31.53%,組裝完整性較好。轉錄組測序原始數據上傳至NCBI的SRA(Sequence Read Archive)數據庫,項目號為PRJNA960895。表2,表3
2.2 Unigenes功能注釋
研究表明,34 233條unigenes至少在一個數據庫中獲得功能注釋信息,占總unigenes數的46.86%。其中有3 475條unigenes在以上7個數據庫中同時成功注釋,占總unigenes數的4.75%。NR數據庫中注釋成功的unigenes數量最多,為29 403個(40.25%),其后依次是PFAM數據庫為19 137個(26.19%),GO數據庫為19 135個(26.19%),Swiss-Prot數據庫為15 487個(21.20%),NT數據庫為10 676個(14.61%),KEGG數據庫為10 014個(13.70%),KOG數據庫為7 554個(10.34%)。雙斑長跗螢葉甲觸角注釋的基因序列與玉米根螢葉甲Diabrotica virgifera virgifera LeConte相似性最高,占38.80%。其次為光肩星天牛Anoplophora glabripennis(Motschulsky)(7.18%)、馬鈴薯甲蟲Leptinotarsa decemlineata(7.07%)、赤擬谷盜Tribolium castaneum(3.32%)、堆沙白蟻Cryptotermes secundus(1.61%)、牛頭嗡蜣螂Onthophagus taurus(1.53%)、黑毛蟻Lasius niger(1.23%)、沙漠鐵甲蟲Asbolus verrucosus(1.13%)和中歐山松大小蠹Dendroctonus ponderosae(1.09%),其他物種占37.02%。表4,圖1
2.3 基因功能分類
研究表明,測序共有19 135條unigenes注釋到GO數據庫中,可分為生物學過程、分子功能和細胞組分3個大類,細分為42個亞類。在3大類中,unigenes注釋到生物學過程的數量最多,占比50.44%;注釋到分子功能這一大類的unigenes數量占比為27.06%,注釋到細胞組分這一大類的unigenes數量占比最少,為22.49%。細胞過程、代謝過程和生物調節是生物學過程這一大類中unigenes數量最多的3個類別,比重分別是14.08%、11.66%和5.25%;結合和催化活性是分子功能這一大類中最主要的2個類別,unigenes數量占比分別是13.27%和8.77%;細胞解剖實體和細胞內是細胞組分中unigenes數量最多的兩個類別,占比分別是10.38%和6.11%。圖2
雙斑長跗螢葉甲觸角轉錄組中有10 014條unigenes在KEGG數據庫中得到注釋,參與了5大類代謝通路分支,即細胞過程、環境信息處理、遺傳信息處理、代謝和有機系統,第二層級包括34小類,在第三層級中包括231個代謝通路。其中被注釋在信號轉導通路中的基因數目最多,為1 146條(11.44%),占比11.44%;其次注釋unigenes數目較多的通路依次是轉錄681條(6.80%),運輸和代謝672條(6.71%),氨基酸代謝627條(6.26%),折疊、分類和降解565條(5.64%),內分泌系統526條(5.25%),免疫系統451條(4.50%)。圖3
雙斑長跗螢葉甲觸角轉錄組中的7 554條unigenes在KOG數據庫中得到注釋,分為25類。在R類(一般功能預測)中注釋的unigenes數目最多,有1 203個,占比15.92%;其次是O類(翻譯后修飾,蛋白質翻譯,分子伴侶)中有881條unigenes被注釋,占比1.66%;在T類(信號轉導機制)有859條unigenes被注釋,占比11.37%;在S類(未知功能)中有569條unigenes被注釋,占比7.53%,在U類(胞內運輸,分泌和囊泡運輸)有496條unigenes獲得注釋,占比6.57%。圖4
2.4 差異表達基因
研究表明,與雌蟲觸角相比,雄蟲觸角的轉錄組中篩選有395個差異表達基因,其中288個基因上調表達,107個基因下調表達。圖5
99個上調表達基因被注釋到GO的3大功能類別中,共獲得806條功能注釋。在生物學過程中,最多有48個基因(48.50%)注釋到細胞過程,其次是39個基因(39.40%)注釋到代謝過程,29個基因(29.30%)被注釋到有機物代謝過程;在分子功能中,最多有48個基因(48.50%)注釋到結合,其次有33個基因(33.30%)為催化活性;在細胞組分中,有27個基因(27.30%)注釋為細胞膜,剩余的功能條目注釋基因均不超過20個。64個下調基因被注釋到GO的3大功能類別中,在生物學過程中,最多有35個基因(54.70%)注釋到細胞過程,其次有27個基因(42.20%)注釋到代謝過程;分子功能類別中29個基因(45.30%)注釋到催化活性,27個基因(42.20%)注釋到結合;細胞組分中有23個基因(35.90%)注釋到細胞膜,剩余的功能條目注釋基因均不超過20個。選擇富集最顯著的20個GO term在氣泡圖中展示。圖6
95個差異表達基因主要參與了59個代謝途徑,288個上調表達基因中有43個基因(14.90%)參與了29個代謝通路,107個下調表達基因中有52個基因(48.60%)被富集到38個代謝通路中。95個差異表達基因中富集到谷胱甘肽代謝中的基因數目最多,富集也最顯著;其次富集顯著的是腎素-血管緊張素系統和造血細胞譜系。選擇富集最顯著的20個KEGG代謝通路在氣泡中展示。圖7
2.5 氣味結合蛋白基因表達水平
研究表明,OBP基因在雙斑長跗螢葉甲雌、雄蟲觸角中穩定表達,其中MsigOBP2、MsigOBP6、MsigOBP15、MsigOBP18、MsigOBP20和MsigOBP21在雙斑長跗螢葉甲雌蟲觸角中的相對表達水平顯著高于雄蟲觸角,MsigOBP3和MsigOBP6在雄蟲觸角中的表達水平顯著高于雌蟲觸角,MsigOBP5在雌、雄蟲觸角中的相對表達水平沒有顯著差異。OBP基因在雌、雄蟲觸角中的相對表達水平或變化趨勢與轉錄組測序結果一致,觸角是OBP基因發揮作用的主要場所。圖9
3 討 論
3.1
雙斑長跗螢葉甲為多食性昆蟲,可取食多種農作物[14]。試驗利用RT-qPCR技術對篩選出的OBP基因進行了檢測,結果表明以上基因均能夠在雙斑長跗螢葉甲雌、雄蟲觸角中穩定表達,印證了觸角是氣味結合蛋白作用的主要場所。
3.2
研究中雙斑長跗螢葉甲觸角轉錄組的測序和拼接效果良好,組裝優化后得到73 050條unigenes。與和綠豆象Callosobruchus chinensis的觸角轉錄組得到69 847條unigenes處于同一數量水平上[33]。將unigenes與獲得的7大數據庫比對,有46.86%的unigenes至少在1個數據庫中得到注釋,基于雙斑長跗螢葉甲觸角轉錄組在NR數據庫中的注釋信息,比對得知匹配雙斑長跗螢葉甲unigenes最多的物種是玉米根螢葉甲,玉米根螢葉甲的基因組信息已獲得[34]。與多數昆蟲轉錄組測序結果表明注釋到的unigenes均與基因組信息已知的親緣關系較近的物種相似性序列最多相一致,如紅脂大小蠹Dendroctonus valens的在NR注釋中有69.1%的基因與鞘翅目模式昆蟲赤擬谷盜Tribolium castaneum相似性高[35]。
3.3
基于GO數據庫功能注釋,雙斑長跗螢葉甲觸角轉錄組共有19 135條unigenes分別注釋于生物過程、分子功能和細胞成分3大類,在這3大類中分別注釋到細胞過程、結合和代謝過程的unigenes數量最多,這和七星瓢蟲Coccinella septempunctata[36]觸角轉錄組在GO數據庫分子功能大類中注釋到催化活性的unigenes數量多于結合存在差異,但與花椒窄吉丁Agrilus zanthoxylumi[37]成蟲觸角在GO數據庫注釋得到的結果一致,雙斑長跗螢葉甲的觸角中也存在大量具有與化學信息物質結合的功能蛋白,例如OBPs。在KEGG數據庫中注釋到信號轉導unigenes數量最多,有1146條,占總注釋基因的11.4%,觸角在雙斑長跗螢葉甲在信號轉導過程中發揮重要作用。與大多數昆蟲相似,雙斑長跗螢葉甲觸角unigenes在KOG數據庫中注釋到一般功能預測的數量最多[38-40]。
3.4
某些基因的表達情況在不同性別昆蟲或者同性別昆蟲的不同組織間存在一定差異,例如鱗翅目中茶谷蛾Agriophara rhombata雌、雄蟲觸角中篩選得到1 307個差異表達基因,其中474個基因在雄性茶谷蛾觸角中上調表達,833個基因在雌性茶谷蛾觸角中上調表達[41],大蠟螟Galleria mellonella雌、雄成蟲觸角中鑒定出了114個差異表達基因,66個基因在雌蟲觸角中高表達,48個基因在雄蟲觸角中高表達[42]。鞘翅目中眉斑并脊天牛Glenea cantor Fabricius的雌、雄蟲觸角轉錄組中篩選得到了488個差異表達基因,其中268個基因上調表達,220個基因下調表達[43]。雙斑長跗螢葉甲雌、雄蟲觸角中篩選得到395個差異表達基因。以雌蟲觸角為對照組,在雄蟲觸角中上調表達的基因有288個,下調表達的基因有107個,少于花椒窄吉丁雌、雄成蟲觸角中的726個差異表達基因[44],多于不同性別四紋豆象Callosobruchus maculatus (F.)觸角中的231個差異表達基因[45]。與花椒窄吉丁相似的是,雙斑長跗螢葉甲在雄蟲觸角中上調表達的基因數量高于雌蟲觸角,與前期用掃描電鏡觀察得知雄蟲觸角上的感器數量明顯多于雌蟲觸角相印證[20]。根據GO功能富集結果可知,雙斑長跗螢葉甲雌、雄蟲觸角的差異表達基因最顯著富集的功能為氣味結合和嗅覺受體活性,這些差異基因是導致雌蟲、雄蟲氣味感知差異的關鍵靶標基因。395個差異表達基因只有95個基因在KEGG數據庫中獲得代謝途徑富集,而大部分差異表達基因涉及的代謝通路是未知的,該未知通路的基因有待于進一步研究。
4 結 論
對雙斑長跗螢葉甲成蟲觸角進行了轉錄組測序并構建了cDNA文庫,46.86%的unigenes在至少一個數據庫中得到注釋信息。在雌蟲、雄蟲觸角中篩選出395個差異表達基因,與雌蟲觸角相比,288個基因在雄蟲觸角中上調表達,107個基因下調表達。預測到雙斑長跗螢葉甲雌、雄蟲中的差異表達基因主要涉及該葉甲的氣味識別過程。所選的氣味結合蛋白基因可在雙斑長跗螢葉甲觸角中穩定表達。
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