黍稷高基元EST-SSR標記開發及200份核心種質資源遺傳多樣性分析

王 倩 張立媛 許 月 李 海 劉少雄 薛亞鵬 陸 平 王瑞云 劉敏軒,*

研究簡報

黍稷高基元EST-SSR標記開發及200份核心種質資源遺傳多樣性分析

王 倩1,2張立媛3許 月4李 海5劉少雄2薛亞鵬1,2陸 平2王瑞云1,*劉敏軒2,*

1山西農業大學農學院, 山西太谷 030801;2中國農業科學院作物科學研究所, 北京 100081;3赤峰市農牧科學研究所, 內蒙古赤峰 024031;4吉林大學生命科學學院, 吉林長春 130012;5山西農業大學高寒區作物研究所, 山西大同 037008

為搞清黍稷核心種質資源的遺傳背景, 開發新的高基元EST-SSR標記用以評估國內不同生態區資源的遺傳多樣性, 為加快黍稷育種進程和挖掘優異種質提供依據。本研究基于轉錄組測序開發了200個高基元EST-SSR標記并進行多態性篩選, 利用篩選到的多態性標記評價200份黍稷核心種質資源的遺傳多樣性。結果表明, 200個標記在6份地理來源差異顯著的黍稷材料中有52個呈多態性, 開發效率為26%, 其中四、五和六堿基重復多態性標記分別為17個(32.7%)、17個(32.7%)和18個(34.6%)。利用52個高基元EST-SSR多態性標記對200份核心資源進行檢測, 共得到129個觀測等位變異, 每個位點檢測到2～3個; Shannon多樣性指數為0.3093～1.0910, 平均為0.7277; 多態性信息含量為0.1948～0.8211, 平均為0.5104。基于UPGMA將200份資源劃分為6個群組。基于Structure的遺傳結構(=7)將資源劃分為7個類群, 黍稷資源主要來自4個(東北地區、華北地區、黃土高原和北方地區)基因庫。基于主成分分析將材料聚為6個類群, 與其地理來源一致。構建了52個四–六堿基重復EST-SSR標記, 開發率為26%; 用其分析材料的遺傳差異發現黍稷地方核心種質遺傳多樣性較為豐富。……