一種新型生物反應(yīng)器的基因測(cè)序分析

杜 巍 王 坤 蘆旭飛 葉天彤

（北京京環(huán)新能環(huán)境科技有限公司，北京 100020）

0 引言

垃圾填埋滲瀝液通常指填埋過程中及雨水滲漏產(chǎn)生的液體。基因測(cè)序是指通過對(duì)微生物的遺傳基因進(jìn)行測(cè)定來確定環(huán)境中微生物的種類和濃度的一種分子生物學(xué)分析方法。16S核糖核酸（ribonucleic acid，RNA）測(cè)序是一種特殊的基因測(cè)序方式，其中16S指的是細(xì)菌RNA的沉降系數(shù)，即顆粒在單位離心力場(chǎng)中粒子的移動(dòng)速度，對(duì)大分子物質(zhì)沉降系數(shù)通常在10 s~13 s左右。對(duì)細(xì)菌的基因組織進(jìn)行離心沉降后，按照沉降系數(shù)可分為3種，即5S、16S和23S。細(xì)菌的16S RNA高變區(qū)具有明顯的細(xì)菌種屬特征，便于區(qū)分不同細(xì)菌。因此對(duì)細(xì)菌16S RNA高變區(qū)的擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行高通量測(cè)序，再將所得結(jié)果與數(shù)據(jù)庫(kù)比較，可以得到樣品中細(xì)菌的菌群結(jié)構(gòu)和多樣性及分布特征。

胡小松等對(duì)復(fù)齒鼯鼠干燥糞便樣品中微生物16S RNA基因進(jìn)行測(cè)序，發(fā)現(xiàn)厚壁菌門（87.68%±2.68%）、擬桿菌門（7.62%±3.74%）為優(yōu)勢(shì)菌門。李俊峰基于16S RNA分析流程找出了在胃炎病人和健康人中豐度顯著差異的物種。郝兵兵從膜生物反應(yīng)器（membrane bio-reactor，MBR）反應(yīng)器中分離純化、篩選出一株假單胞菌，該菌株對(duì)水產(chǎn)養(yǎng)殖廢水中的硝酸鹽有較好去除效果。

1 材料與方法

1.1 測(cè)試方法與流程說明

1.2 樣品分組與多樣性分析方法

該研究將對(duì)接種菌種樣品、實(shí)際生物反應(yīng)器樣品、曝氣池樣品3類樣品進(jìn)行16S RNA基因測(cè)序，得到樣品信息庫(kù)，最終根據(jù)結(jié)果進(jìn)行多樣性分析。

對(duì)所測(cè)樣品根據(jù)其來源分為A、B、C共3組，其中A組為接種菌種樣品組，B組為實(shí)際生物反應(yīng)器樣品組，C組為曝氣池樣品組。……