瓦氏黃顙魚全基因組微衛星的分布特征及其定位的初步研究

彭 冶，李 杰，王 濤，張 凱，寧先會，暨 杰，尹紹武

南京師范大學 海洋科學與工程學院/江蘇省特色水產育種與綠色高效養殖技術工程研究中心，江蘇 南京 210023

微衛星 (Microsatellite) 又稱簡單重復序列(Simple sequence repeats, SSRs)，是指以少數幾個核苷酸 (1～6個) 為基本單位串聯重復的DNA序列。在真核生物和原核生物基因組中均有分布[1-3]，甚至在病毒基因組中也有發現[4]。利用微衛星核心序列的差異性以及側翼序列的保守性設計特異性引物，通過PCR擴增出多態性微衛星片段，可篩選出功能分子標記或探究種間以及種內不同群體的遺傳多樣性[5]。微衛星在群體中通常表現出高多態性、呈共顯性遺傳及雜合率高等特點，目前在遺傳圖譜的構建[6]、親緣關系的鑒定[7]、遺傳多樣性分析以及標記輔助育種[8]等研究中得到廣泛應用。

瓦氏黃顙魚 (Pelteobagrus vachelli) 隸屬于鲇形目、鲿科、黃顙魚屬，又名江黃顙魚，主要生活在我國長江水系及與其干流相通的附屬湖泊、河流中，具有生長速度顯著快于普通黃顙魚、體型大、肉質鮮嫩、無肌間刺等優點，深受養殖者和消費者的喜愛[9-11]。國內外關于黃顙魚屬的微衛星相關研究主要集中在微衛星標記的開發及其遺傳連鎖圖譜的構建[12]、不同地理群體的遺傳多樣性和親緣關系分析[13]等。在瓦氏黃顙魚中主要集中在線粒體基因組分析[14]、群體遺傳多樣性分析[15]等。隨著二代測序技術的發展，越來越多的在物種全基因組基礎上的微衛星研究相繼被報道[16-18]。微衛星篩選搜索軟件MISA (MIcroSAtellite identification tool) 作為近年來使用較為快捷和高效的工具，具有指令簡單、運行時間短、無需聯網等優點，目前已在多種水生生物中得到廣泛應用[19-21]。……