星形膠質(zhì)細(xì)胞外顯子組中A-to-I RNA 編輯位點(diǎn)的高通量測(cè)序鑒定

王海濤 周海紅 閔建平 王濤 王蘭 郭歡 張永東 蘇海翔

甘肅省醫(yī)學(xué)科學(xué)研究院，甘肅 蘭州730050

RNA 編輯是一種重要的轉(zhuǎn)錄后修飾機(jī)制，通過(guò)堿基的替換、插入或缺失，改變核苷酸序列，進(jìn)而導(dǎo)致氨基酸序列的改變，影響基因表達(dá)、可變剪接、RNA 穩(wěn)定性等［1］。RNA 編輯增大了轉(zhuǎn)錄多樣性，進(jìn)而增加了蛋白質(zhì)的種類，使生物體能夠更好地適應(yīng)生存環(huán)境［2］。同時(shí)，RNA 編輯也進(jìn)一步擴(kuò)充了中心法則，增進(jìn)人類對(duì)生物遺傳規(guī)律的認(rèn)知［3］。A-to-I RNA 編輯是最普遍的一種RNA 編輯，是在雙鏈RNA 腺苷脫氨酶（adenosine deaminases acting on RNA，ADARs）作用下，腺苷A 的C6 位氨基水解脫氨形成次黃苷I 的過(guò)程，而后者在逆轉(zhuǎn)錄和翻譯過(guò)程中被識(shí)別為鳥苷G［4］。A-to-I RNA 編輯廣泛存在于哺乳動(dòng)物中樞神經(jīng)系統(tǒng)中，研究表明，其對(duì)于維持中樞神經(jīng)系統(tǒng)的穩(wěn)態(tài)和機(jī)體正常的生理功能必不可少，是神經(jīng)發(fā)育、神經(jīng)系統(tǒng)功能以及神經(jīng)系統(tǒng)疾病發(fā)生的重要因素［5-7］。

隨著分子生物學(xué)技術(shù)的不斷發(fā)展，對(duì)生命、疾病的研究已不再局限于某個(gè)基因位點(diǎn)。高通量測(cè)序技術(shù)的出現(xiàn)和發(fā)展，為研究RNA 編輯提供了新的技術(shù)平臺(tái)，為全基因組或全外顯組范圍內(nèi)的RNA 編輯位點(diǎn)的研究提供了可能［8］。RNA-Seq 技術(shù)的發(fā)展為RNA 編輯提供了更便利的條件［9］。本研究以星形膠質(zhì)細(xì)胞作為研究對(duì)象，運(yùn)用高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)其外顯組和轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行深度測(cè)序，通過(guò)對(duì)二者測(cè)序結(jié)果的精確比對(duì)，鑒定出神經(jīng)系統(tǒng)外顯子組中的A-to-I RNA 編輯靶點(diǎn)。

1 材料與方法

1.1 材料及試劑 1800-P 人星形膠質(zhì)細(xì)胞系（中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)研究所細(xì)胞中心）；……