基于ddGBS的桉樹SNP挖掘和系統進化分析

賈翠蓉，朱顯亮，王 莉，周長品，翁啟杰，甘四明，李發根

（1.中國林業科學研究院 a.熱帶林業研究所；b.熱帶林業研究國家林業和草原局重點實驗室，廣東 廣州 510520；2.南京林業大學 林學院，江蘇 南京 210037）

桉樹隸屬于桃金娘科Myrtaceae，主要包括三大屬：桉屬Eucalyptus、杯果木屬Angophora和傘房屬Corymbia，主要分布于澳大利亞，有808 個種和137 個變種[1]。大部分桉樹具有雄蕊先熟、花期不遇和地理隔離的特征，這使其自交或近交概率極低，但在重疊鄰接的桉樹自然分布區或引種栽培區有可能產生自然或人工雜種[2-4]。桉樹經過世代的遺傳變異和自然選擇，逐步演化出種類龐雜的桉樹體系[5]，因此，需要借助分子標記的手段來研究其系統進化歷程。

單核苷酸多態性（Single nucleotide polymorphism, SNP）由于其在基因組上分布廣泛、易于高通量檢測和分型等優點廣泛應用于資源評價和遺傳圖譜構建等研究[6-7]。隨著高通量測序技術的發展，測序成本大幅降低。對于群體遺傳研究而言，僅需要分布均勻且一定數量的SNP 標記即可，基于測序的基因分型（Genotyping by sequencing,GBS）技術成本低、操作簡便和高通量等特點使其成為SNP 挖掘的有效方法[8]。ddGBS（Double digest GBS）主要利用雙酶切降低基因組的復雜度，使用標簽序列區別樣本，實現了大量樣本的測序分型[9]，廣泛應用于種質資源的遺傳結構和系統進化分析[10-11]。ddGBS 技術在有或無參考基因組的情況下，均可通過對測序結果進行拼接組裝，開發度SNP 標記[12-13]。

多種分子標記技術已應用于桉樹群體遺傳和系統進化研究，如隨機擴增多態性（Random amplified polymorphic DNA, RAPD）、簡單重復序……