宏基因二代測序技術(shù)輔助診斷波氏假阿利什霉肺部感染1例報告

單玉璋， 蘇 逸， 姚雨濛， 胡必杰*

1. 復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院檢驗科，上海 200032 2. 復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院感染病科，上海 200032

波氏假阿利什霉(Pseudallescheriaboydii)最早發(fā)現(xiàn)于1922年，既往被認為是尖端賽多胞(Scedosporiumapiospermum)的有性階段，同屬于賽多胞屬。近年來隨著DNA序列分析在微生物分子系統(tǒng)學(xué)的應(yīng)用，尖端賽多胞和波氏假性阿利什霉被分為不同的種，并將后者的無性階段稱為波氏賽多胞(Scedosporiumboydii)[1]。假阿利什霉復(fù)合群常見于土壤和污水中，對于免疫功能正常的個體，可在創(chuàng)傷或手術(shù)后引起局部感染；在免疫功能受損的個體中，引起嚴重的播散性疾病[2]。呼吸道感染波氏假阿利什霉的首發(fā)癥狀常包括發(fā)熱、咳嗽、咳痰、胸痛、呼吸急促等，其肺部感染影像學(xué)表現(xiàn)與曲霉屬感染無明顯差異[3]。

由于假阿利什霉屬和曲霉屬對真菌的藥物敏感性不同，因此菌種鑒定對指導(dǎo)臨床治療意義重大。常規(guī)微生物培養(yǎng)法是傳統(tǒng)診斷的金標(biāo)準(zhǔn)，但需要幾天甚至一周時間。近年來，隨著診斷技術(shù)的快速發(fā)展，質(zhì)譜鑒定和宏基因二代測序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)技術(shù)成為輔助診斷感染性疾病的有效方法，能在48 h內(nèi)得到鑒定結(jié)果，縮短實驗室檢驗周期的同時提高了臨床對疑難感染的診斷效率。本研究首次對1例波氏假阿利什霉肺部感染病例采用mNGS和質(zhì)譜輔助診斷，旨在為相關(guān)疑難感染提供新的診斷思路。

1 病例資料

1.1 既往資料 患者，女，74歲，4年前因小細胞癌行左肺上葉切除術(shù)，術(shù)后接受4周期化療與28次放療，末次放化療于2016年6月結(jié)束，此后定期復(fù)查胸部CT。2018年10月出現(xiàn)咳嗽、咳黃痰，胸部增強CT示術(shù)區(qū)實變灶伴厚壁空洞并少量胸腔積液，使用頭孢菌素治療1個月無明顯好轉(zhuǎn)。2018年12月起患者癥狀加重，肺功能示重度阻塞性通氣功能障礙，予布地奈德福莫特羅吸入，癥狀無明顯緩解。2019年2月15日復(fù)查胸部CT，示左肺空洞灶較前增大，予以阿奇霉素0.5 g qd間斷口服，3月29日因癥狀進一步加重，收治入院。

1.2 入院及治療過程 因“反復(fù)咳嗽、咳黃痰伴胸悶半年，加重4月”于2019年3月29日入院。患者入院后體格檢查：體溫36.3℃，脈搏84次/min，呼吸頻率20次/min，血壓118/68 mmHg；白細胞5.32×109/L，血沉70 mm/h，超敏C-反應(yīng)蛋白48.9 mg/L；免疫球蛋白IgE 122 IU/mL，結(jié)核菌感染T細胞斑點試驗(T-SPOT) A/B 0/0，腫瘤標(biāo)志物CA 72 419 U/mL(<10.0); 胃泌素釋放肽前體、鱗癌抗原、甲胎蛋白、癌胚抗原、糖類抗原CA19-9、糖類抗原CA724、前列腺特異抗原等均陰性；半乳甘露聚糖試驗0.46 μg/mL，煙曲霉IgG抗體342.79 AU/mL, 煙曲霉IgM抗體<31.25 AU/mL；痰微生物培養(yǎng)未見致病菌生長；胸部CT(圖1A、1B)示左肺術(shù)后改變,見斑片條索影,局部見空洞(箭頭示),內(nèi)見氣液平。考慮肺空洞病灶合并普通細菌感染不除外，予哌拉西林他唑巴坦3 g q8h+左氧氟沙星0.6 g qd治療4 d。因患者要求出院，予帶頭孢地尼0.1 g q8h+左氧氟沙星0.4 g qd口服抗感染。

1.3 痰mNGS和常規(guī)微生物培養(yǎng)結(jié)果 2019年4月4日，患者痰mNGS檢測結(jié)果(4月2日送檢)：少量波氏假阿利什霉(波氏賽多孢子菌)，屬嚴格序列數(shù)5。同時痰微生物培養(yǎng)結(jié)果(3月31日送檢)(圖2)顯示，SDA平板生長多個白色棉花狀菌落，菌落背面呈褐色。酚棉蘭染色及真菌熒光染色鏡下，菌絲較粗、分隔，分生孢子卵圓形，單個著生于分生孢子梗頂端，符合典型的波氏假阿利什霉/尖端賽多胞復(fù)合物特征。采用梅里埃基質(zhì)輔助激光解析電離飛行時間質(zhì)譜(MALDI-TOF MS)(數(shù)據(jù)庫3.0)鑒定為波氏假阿利什霉。

1.4 治療效果 綜合痰mNGS和培養(yǎng)結(jié)果，考慮肺部空洞病灶為波氏假阿利什霉感染所致，肺腫瘤合并波氏假阿利什霉感染不完全除外，告知患者病原學(xué)檢查結(jié)果，并于4月11日起采用伏立康唑單藥抗真菌治療。4月18日復(fù)查痰培養(yǎng)(4月11日送檢)仍提示波氏假阿利什霉生長。患者咳嗽、咳痰、胸悶有所好轉(zhuǎn)，隨訪血沉及超敏C-反應(yīng)蛋白好轉(zhuǎn)，5月29日隨訪胸部CT(圖1C、1D)示肺內(nèi)病灶有所吸收。

圖1 患者治療前后胸部CT掃描結(jié)果

2 討 論

波氏假阿利什霉是一種侵襲性較強的條件致病菌，假阿利什霉復(fù)合群在醫(yī)學(xué)真菌學(xué)中常被鑒定錯誤，主要由于復(fù)合群內(nèi)各種表型差異較大，可表現(xiàn)為與假阿利什霉完全不相關(guān)的屬的形態(tài)。由于目前開展絲狀真菌的藥敏工作較為困難，臨床一般根據(jù)絲狀真菌的鑒定結(jié)果，結(jié)合天然耐藥來決定治療方案。近年來隨著絲狀真菌感染越來越受到臨床關(guān)注，質(zhì)譜鑒定已成為微生物實驗室工作必不可少的選擇。豐富的數(shù)據(jù)庫和正確的前處理流程是質(zhì)譜技術(shù)實現(xiàn)絲狀真菌高效鑒定的關(guān)鍵因素[4]。研究[5]顯示，使用梅里埃Vitek MS(數(shù)據(jù)庫3.0)對波氏假阿利什霉鑒定的準(zhǔn)確率達90%(9/10)，使用改進SARAMIS數(shù)據(jù)庫鑒定的準(zhǔn)確率為100%。

mNGS已廣泛用于臨床疑難感染病例的診斷，已有不少文獻報道了其在細菌、真菌感染方面的診斷價值，但截至目前尚未有mNGS輔助診斷波氏假阿利什霉感染的報道。在通過肺組織標(biāo)本診斷肺部感染病原體中，mNGS的特異性(100%)和陽性預(yù)測值(100%)均明顯高于病理學(xué)[6]。研究[7]顯示，mNGS診斷感染性疾病的靈敏度和特異度優(yōu)于傳統(tǒng)培養(yǎng)，尤其是結(jié)核分枝桿菌、病毒、厭氧菌和真菌。重要的是，對于常規(guī)方法無法鑒定而mNGS陽性的病例，58%的病原體未被經(jīng)驗性治療覆蓋，61%的病例改變診斷。mNGS作為一種新型快速的病原學(xué)診斷工具，可在48 h內(nèi)精確鑒定到種，較傳統(tǒng)實驗室培養(yǎng)方法更加快速，提高了臨床醫(yī)生的診斷速度，盡早改善患者預(yù)后。

可參照美國CLSI絲狀真菌藥敏指南M38A2，使用肉湯稀釋法檢測假阿利什霉屬伏立康唑、泊沙康唑、伊曲康唑和兩性霉素B的MIC值。伏立康唑是唯一對波氏假阿利什霉復(fù)合群MIC值較低(MIC90≤2 g/mL)的抗真菌藥物[8]。我國的一項研究[9]顯示，假阿利什霉復(fù)合群中不同種對伏立康唑、泊沙康唑、伊曲康唑和兩性霉素B的靈敏度未見明顯差異，其中，對伏立康唑最為敏感(0.25～1 μg/mL),兩性霉素B的效果最差。本研究中，由于實驗室受條件限制未能進行藥敏試驗，但臨床采用伏立康唑經(jīng)驗性治療取得了良好的治療效果。