基于轉錄組測序的陳山紅心杉EST-SSR 開發及應用

陳興彬，何龍燕,2，肖復明，婁永峰，徐海寧，孫世武

（1. 江西省林業科學院 江西省植物生物技術重點實驗室，江西 南昌 330013；2． 廈門市江平生物基質技術股份有限公司，福建 廈門 361000；3. 青原區白云山林場，江西 吉安 343000）

分子標記是以DNA 序列變異為基礎的遺傳標記，能在分子水平上反映個體間的差異。簡單重復序列（SSR）在真核生物基因組中分布廣泛，具有高度的多態性。與其它分子標記相比，SSR 標記具有可靠性強、共顯性遺傳、信息含量高、操作簡單等特點，廣泛用于譜系地理學和遺傳多樣性分析等方面[1-2]。根據來源不同，SSR 標記可分為基于基因組開發的g-SSR 和基于表達序列標簽開發的EST-SSR，開發g-SSR 操作繁瑣，難度高，效率低。EST-SSR 標記源于基因的轉錄區，與gSSR 標記相比，免去了文庫構建，開發時間短，無效等位基因頻率低，種間通用性更好[3-4]。同時，由于ESTSSR 是基因轉錄本的一部分，因此可作為功能基因直接鑒定的重要依據[5]。目前，基于轉錄組數據，火炬松Pinus taeda[6]、桉樹Eucalyptus[7-8]、橡膠樹Hevea brasiliensis[9]、日本落葉松Larix kaempferi[10]等樹種已開發了大量多態性EST-SSR 標記。

杉木Cunninghamia lanceolata是我國南方重要的速生用材樹種，廣泛分布于我國亞熱帶地區。由于長期自然和人工選擇以及分布區內氣候、土壤和地形地貌差異導致的生殖隔離等，杉木種源間存在顯著的遺傳差異。陳山紅心杉是具有江西地方特色的杉木優良種源，其近髓心的木質部為高比例的油亮的栗褐色，紅心香溢，材質優良，堅韌耐腐[11]，是工藝建筑和室內裝潢極為寶貴的天然材料，且在浙江、福建、四川等地栽植表現良好[12-13]。……